98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0544 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  100 
 
 		 361 aa  723    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  71 
 
 		 369 aa  520  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  69.86 
 
 		 365 aa  518  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  69.04 
 
 		 353 aa  498  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  68.75 
 
 		 342 aa  495  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  67.4 
 
 		 354 aa  488  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  67.4 
 
 		 354 aa  488  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  67.39 
 
 		 348 aa  491  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  66.49 
 
 		 359 aa  484  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  66.76 
 
 		 356 aa  482  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  65.48 
 
 		 346 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  65.3 
 
 		 342 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  64.48 
 
 		 353 aa  448  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  62.23 
 
 		 342 aa  449  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  63.86 
 
 		 344 aa  436  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  60.43 
 
 		 347 aa  436  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  54.81 
 
 		 354 aa  372  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  51.07 
 
 		 354 aa  365  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  51.07 
 
 		 354 aa  367  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  53.21 
 
 		 354 aa  364  1e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  50.8 
 
 		 354 aa  363  2e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  52.15 
 
 		 352 aa  362  6e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  51.64 
 
 		 347 aa  359  3e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  51.64 
 
 		 372 aa  360  3e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  51.87 
 
 		 354 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  52.27 
 
 		 354 aa  355  1e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  51.87 
 
 		 354 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  52.53 
 
 		 354 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  50 
 
 		 355 aa  346  3e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  49.86 
 
 		 351 aa  332  5e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  43.4 
 
 		 338 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  35.36 
 
 		 346 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  35.16 
 
 		 349 aa  170  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  34.08 
 
 		 346 aa  169  7e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  32.78 
 
 		 351 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  33.51 
 
 		 345 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  30.57 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  32.21 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  28.85 
 
 		 340 aa  141  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  30.25 
 
 		 314 aa  137  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  30.29 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  30.16 
 
 		 308 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  31.29 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  36.04 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  30.97 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  30.43 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  30.72 
 
 		 321 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  31.65 
 
 		 313 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  31.65 
 
 		 314 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  29.87 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  29.87 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  30 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  26.42 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  27.4 
 
 		 316 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  25.61 
 
 		 302 aa  90.5  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  23.84 
 
 		 345 aa  84.3  0.000000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  29.81 
 
 		 362 aa  81.6  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  27.12 
 
 		 367 aa  73.6  0.000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  26.95 
 
 		 339 aa  73.2  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  24.62 
 
 		 342 aa  67  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  24.91 
 
 		 338 aa  55.5  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  28.47 
 
 		 354 aa  53.1  0.000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000227625  unclonable  3.1886500000000004e-18 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  25.14 
 
 		 336 aa  52.4  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  24.51 
 
 		 349 aa  52.8  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  27.67 
 
 		 356 aa  51.2  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2038  porin  23.81 
 
 		 360 aa  50.8  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  24.44 
 
 		 336 aa  50.4  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  28.72 
 
 		 361 aa  50.4  0.00005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000050808  unclonable  0.0000817359 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  30.22 
 
 		 363 aa  50.1  0.00006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  27.31 
 
 		 356 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  27.31 
 
 		 356 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1463  porin  31.11 
 
 		 376 aa  48.9  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000881778  normal  0.0418658 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  27.31 
 
 		 356 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  31.34 
 
 		 367 aa  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  24.01 
 
 		 357 aa  47.4  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  27.47 
 
 		 369 aa  47.4  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  22 
 
 		 366 aa  47.4  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  21.89 
 
 		 374 aa  46.6  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  27.24 
 
 		 350 aa  46.6  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0884  porin  29.31 
 
 		 362 aa  46.2  0.0008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.273334  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2050  porin  23.33 
 
 		 376 aa  45.4  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.946286  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  32.69 
 
 		 344 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  32.69 
 
 		 344 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  31.37 
 
 		 344 aa  45.4  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  23.61 
 
 		 394 aa  45.1  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  23.23 
 
 		 370 aa  44.3  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3020  outer membrane protein (porin)  24.75 
 
 		 365 aa  44.7  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.377594 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2270  putative outer membrane porin  28.16 
 
 		 362 aa  43.5  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1583  putative outer membrane porin  28.16 
 
 		 362 aa  43.5  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0360665  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  27.21 
 
 		 365 aa  43.5  0.006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000869717  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0743  outer membrane porin, putative  28.16 
 
 		 362 aa  43.5  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000425296  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1091  putative outer membrane porin  28.16 
 
 		 363 aa  43.5  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.432467  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1086  putative outer membrane porin  28.16 
 
 		 362 aa  43.5  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.420468  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3014  putative outer membrane porin  28.16 
 
 		 362 aa  43.5  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000144829  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1244  porin  28.16 
 
 		 362 aa  43.5  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.289233  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2074  porin  29.22 
 
 		 360 aa  43.1  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1474  porin  23.53 
 
 		 311 aa  43.1  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1141  porin  25.65 
 
 		 327 aa  42.7  0.009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.259275 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>