More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1889 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1889  triosephosphate isomerase  100 
 
 		 252 aa  500  1e-141  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3166  Triose-phosphate isomerase  66.27 
 
 		 250 aa  322  3e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136531  normal  0.155629 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1835  triosephosphate isomerase  61.81 
 
 		 250 aa  301  5.000000000000001e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.83515  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1736  triosephosphate isomerase  62.6 
 
 		 250 aa  300  2e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5400  Triose-phosphate isomerase  64.11 
 
 		 253 aa  294  1e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2471  triosephosphate isomerase  60.39 
 
 		 257 aa  291  5e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0885036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2826  triosephosphate isomerase  58.73 
 
 		 257 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.14857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5571  triosephosphate isomerase  61.18 
 
 		 253 aa  282  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2795  triosephosphate isomerase  58.33 
 
 		 261 aa  281  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0343  Triose-phosphate isomerase  61.79 
 
 		 245 aa  278  5e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3233  Triose-phosphate isomerase  57.71 
 
 		 258 aa  278  5e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1947  triosephosphate isomerase  60.91 
 
 		 245 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0598  Triose-phosphate isomerase  59.76 
 
 		 245 aa  276  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.441113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4480  triosephosphate isomerase  57.37 
 
 		 251 aa  276  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0764  triosephosphate isomerase  60.4 
 
 		 246 aa  268  8e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.641907 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4380  Triose-phosphate isomerase  56.13 
 
 		 254 aa  267  1e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1067  triosephosphate isomerase  54.88 
 
 		 256 aa  267  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.331655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1733  triosephosphate isomerase  58.54 
 
 		 248 aa  263  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0214124  normal  0.405156 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3104  Triose-phosphate isomerase  55.47 
 
 		 253 aa  263  3e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  0.622943 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4666  Triose-phosphate isomerase  55.51 
 
 		 254 aa  259  3e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5129  Triose-phosphate isomerase  55.51 
 
 		 254 aa  259  3e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.246161 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5206  Triose-phosphate isomerase  55.87 
 
 		 254 aa  259  4e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1236  Triose-phosphate isomerase  56.52 
 
 		 253 aa  258  6e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2051  triosephosphate isomerase  52.96 
 
 		 254 aa  256  3e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1636  triosephosphate isomerase  56.97 
 
 		 254 aa  255  6e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2769  Triose-phosphate isomerase  55.06 
 
 		 262 aa  253  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.216684  hitchhiker  0.00002221 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4305  Triose-phosphate isomerase  60.08 
 
 		 247 aa  253  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1450  Triose-phosphate isomerase  54.85 
 
 		 252 aa  251  5.000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10934  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1138  triosephosphate isomerase  52.85 
 
 		 254 aa  251  9.000000000000001e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1097  triosephosphate isomerase  52.85 
 
 		 254 aa  251  9.000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1834  triosephosphate isomerase  53.66 
 
 		 256 aa  249  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.113682  normal  0.0103278 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2078  triosephosphate isomerase  54.88 
 
 		 247 aa  249  4e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2031  triosephosphate isomerase  53.25 
 
 		 256 aa  246  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2230  triosephosphate isomerase  54.4 
 
 		 256 aa  246  3e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0528  triosephosphate isomerase  50.61 
 
 		 254 aa  245  6e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2350  triosephosphate isomerase  58.06 
 
 		 250 aa  236  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0508  Triose-phosphate isomerase  50.2 
 
 		 263 aa  235  4e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1923  triosephosphate isomerase  51.39 
 
 		 250 aa  232  4.0000000000000004e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2019  triosephosphate isomerase  58.17 
 
 		 256 aa  231  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  48.82 
 
 		 255 aa  228  5e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  48.82 
 
 		 271 aa  228  9e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1401  triosephosphate isomerase  51.81 
 
 		 251 aa  227  1e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0615206  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0264  triosephosphate isomerase  50.4 
 
 		 249 aa  226  2e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1893  triosephosphate isomerase  48.02 
 
 		 248 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3323  Triose-phosphate isomerase  50.4 
 
 		 263 aa  226  3e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000945528 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3825  Triose-phosphate isomerase  48.24 
 
 		 256 aa  225  6e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0712505  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0154  Triose-phosphate isomerase  47.56 
 
 		 247 aa  224  8e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0612145 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0959  triosephosphate isomerase  48.99 
 
 		 245 aa  224  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1405  triosephosphate isomerase  59.11 
 
 		 256 aa  224  1e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.194664  hitchhiker  0.0000346461 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2064  triosephosphate isomerase  47.62 
 
 		 248 aa  223  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0168982  normal  0.648241 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3096  Triose-phosphate isomerase  49.6 
 
 		 263 aa  224  2e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.119937  normal  0.0717859 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2216  triosephosphate isomerase  46.83 
 
 		 248 aa  223  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.596842 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0499  Triose-phosphate isomerase  49 
 
 		 251 aa  223  2e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0927  triosephosphate isomerase  49 
 
 		 250 aa  222  3e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.908857 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1499  Triose-phosphate isomerase  50.99 
 
 		 248 aa  221  7e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0165539 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1172  triosephosphate isomerase  54.22 
 
 		 248 aa  221  9e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.323144 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2280  triosephosphate isomerase  51.6 
 
 		 253 aa  220  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815023  normal  0.394565 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3268  triosephosphate isomerase  46.64 
 
 		 257 aa  219  3e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0193189 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0908  triosephosphate isomerase  44.98 
 
 		 250 aa  218  6e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.842553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13130  triosephosphate isomerase  49.81 
 
 		 263 aa  218  6e-56  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.751982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0991  triosephosphate isomerase  49.2 
 
 		 254 aa  218  7e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1615  triosephosphate isomerase  48.16 
 
 		 255 aa  218  7.999999999999999e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3813  triosephosphate isomerase  48.81 
 
 		 254 aa  217  1e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.491163 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0925  triosephosphate isomerase  47.37 
 
 		 245 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0737109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3935  triosephosphate isomerase  47.01 
 
 		 251 aa  216  2e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00010757  normal  0.914781 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1885  triosephosphate isomerase  48.4 
 
 		 255 aa  216  2.9999999999999998e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000744734  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1308  triosephosphate isomerase  44.4 
 
 		 248 aa  214  9e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2989  Triose-phosphate isomerase  46.03 
 
 		 250 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.292891  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1562  triosephosphate isomerase  44.98 
 
 		 252 aa  214  9.999999999999999e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000611161  hitchhiker  0.000778836 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1532  triosephosphate isomerase  50.79 
 
 		 253 aa  213  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.743336  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15890  triosephosphate isomerase  49.59 
 
 		 261 aa  212  3.9999999999999995e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.388365  normal  0.839835 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1520  triosephosphate isomerase  48.16 
 
 		 248 aa  212  3.9999999999999995e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.436921 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1639  triosephosphate isomerase  47.81 
 
 		 251 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000200734  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2251  triosephosphate isomerase  47.81 
 
 		 251 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000102764  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0304  Triose-phosphate isomerase  49.2 
 
 		 257 aa  212  5.999999999999999e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  49.6 
 
 		 250 aa  211  5.999999999999999e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2060  triosephosphate isomerase  47.37 
 
 		 250 aa  212  5.999999999999999e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183985  normal  0.399765 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1026  triosephosphate isomerase  48.59 
 
 		 251 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00133267  normal  0.306303 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2275  triosephosphate isomerase  47.41 
 
 		 251 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000308196  normal  0.102184 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0984  Triose-phosphate isomerase  46 
 
 		 253 aa  210  2e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356329  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0151  Triose-phosphate isomerase  46.61 
 
 		 252 aa  210  2e-53  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2059  triosephosphate isomerase  44.22 
 
 		 251 aa  209  4e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000160979  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3277  triosephosphate isomerase  44.22 
 
 		 251 aa  209  4e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49910  triosephosphate isomerase  47.2 
 
 		 246 aa  208  6e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.258147  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2566  triosephosphate isomerase  44.4 
 
 		 250 aa  208  8e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.566971  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1966  triosephosphate isomerase  45.45 
 
 		 256 aa  208  8e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000820066  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5579  triosephosphate isomerase  47.81 
 
 		 251 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000123744  normal  0.0751441 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1948  triosephosphate isomerase  45.38 
 
 		 251 aa  207  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000540949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0562  Triose-phosphate isomerase  45.42 
 
 		 254 aa  207  2e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.525761 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1464  triosephosphate isomerase  45.38 
 
 		 250 aa  206  2e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.11594  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1078  triosephosphate isomerase  44.63 
 
 		 298 aa  207  2e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1740  triosephosphate isomerase  51.03 
 
 		 245 aa  206  4e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3352  Triose-phosphate isomerase  45.53 
 
 		 252 aa  205  5e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1476  triosephosphate isomerase  46.56 
 
 		 249 aa  205  6e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2049  triosephosphate isomerase  47.66 
 
 		 257 aa  205  7e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1574  triosephosphate isomerase  42.97 
 
 		 249 aa  205  7e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0183532  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3008  triosephosphate isomerase  47.22 
 
 		 258 aa  204  9e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0301778 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0134  Triose-phosphate isomerase  43.43 
 
 		 250 aa  204  9e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1639  triosephosphate isomerase  49.61 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.766552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1618  triosephosphate isomerase  43.6 
 
 		 251 aa  204  1e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000123397  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>