More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4480 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4480  triosephosphate isomerase  100 
 
 		 251 aa  507  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2826  triosephosphate isomerase  72.91 
 
 		 257 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.14857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2471  triosephosphate isomerase  72.27 
 
 		 257 aa  374  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0885036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2795  triosephosphate isomerase  72.11 
 
 		 261 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1736  triosephosphate isomerase  72.95 
 
 		 250 aa  362  3e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1835  triosephosphate isomerase  70.61 
 
 		 250 aa  357  9e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.83515  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3233  Triose-phosphate isomerase  70.63 
 
 		 258 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3166  Triose-phosphate isomerase  67.62 
 
 		 250 aa  332  4e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136531  normal  0.155629 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5400  Triose-phosphate isomerase  65.16 
 
 		 253 aa  310  2e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1067  triosephosphate isomerase  61.6 
 
 		 256 aa  305  5.0000000000000004e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.331655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1947  triosephosphate isomerase  63.49 
 
 		 245 aa  300  1e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0598  Triose-phosphate isomerase  62.6 
 
 		 245 aa  300  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.441113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5571  triosephosphate isomerase  64.34 
 
 		 253 aa  299  3e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1138  triosephosphate isomerase  61.6 
 
 		 254 aa  297  1e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1097  triosephosphate isomerase  61.6 
 
 		 254 aa  297  1e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2051  triosephosphate isomerase  61.6 
 
 		 254 aa  296  2e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4380  Triose-phosphate isomerase  61.22 
 
 		 254 aa  293  1e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0343  Triose-phosphate isomerase  62.5 
 
 		 245 aa  293  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1834  triosephosphate isomerase  57.37 
 
 		 256 aa  290  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.113682  normal  0.0103278 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2031  triosephosphate isomerase  57.37 
 
 		 256 aa  286  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2230  triosephosphate isomerase  59.27 
 
 		 256 aa  284  8e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1636  triosephosphate isomerase  60.64 
 
 		 254 aa  276  3e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0764  triosephosphate isomerase  58.58 
 
 		 246 aa  275  5e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.641907 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5206  Triose-phosphate isomerase  55.92 
 
 		 254 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0528  triosephosphate isomerase  53.6 
 
 		 254 aa  271  6e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5129  Triose-phosphate isomerase  55.51 
 
 		 254 aa  268  5e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.246161 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4666  Triose-phosphate isomerase  55.51 
 
 		 254 aa  268  5e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3104  Triose-phosphate isomerase  54.73 
 
 		 253 aa  267  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  0.622943 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1450  Triose-phosphate isomerase  54.39 
 
 		 252 aa  265  4e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4305  Triose-phosphate isomerase  57.74 
 
 		 247 aa  264  1e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1889  triosephosphate isomerase  57.37 
 
 		 252 aa  260  1e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1733  triosephosphate isomerase  56.49 
 
 		 248 aa  258  5.0000000000000005e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0214124  normal  0.405156 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2769  Triose-phosphate isomerase  57.44 
 
 		 262 aa  258  9e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.216684  hitchhiker  0.00002221 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2078  triosephosphate isomerase  60.08 
 
 		 247 aa  257  1e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0508  Triose-phosphate isomerase  54.84 
 
 		 263 aa  246  2e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1236  Triose-phosphate isomerase  56.22 
 
 		 253 aa  245  6e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2350  triosephosphate isomerase  58.13 
 
 		 250 aa  237  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0154  Triose-phosphate isomerase  47.97 
 
 		 247 aa  225  5.0000000000000005e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0612145 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1172  triosephosphate isomerase  50.41 
 
 		 248 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.323144 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0264  triosephosphate isomerase  47.54 
 
 		 249 aa  211  1e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1405  triosephosphate isomerase  53.72 
 
 		 256 aa  210  2e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.194664  hitchhiker  0.0000346461 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1923  triosephosphate isomerase  49.4 
 
 		 250 aa  209  3e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1885  triosephosphate isomerase  46.61 
 
 		 255 aa  203  2e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000744734  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  44.58 
 
 		 255 aa  202  5e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  44.58 
 
 		 271 aa  201  7e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1615  triosephosphate isomerase  45.64 
 
 		 255 aa  201  9.999999999999999e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2280  triosephosphate isomerase  49.19 
 
 		 253 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815023  normal  0.394565 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0959  triosephosphate isomerase  46.72 
 
 		 245 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  47.76 
 
 		 250 aa  200  1.9999999999999998e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3825  Triose-phosphate isomerase  44.49 
 
 		 256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0712505  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1333  triosephosphate isomerase  44.94 
 
 		 252 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000254673  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0499  Triose-phosphate isomerase  47.15 
 
 		 251 aa  199  5e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3935  triosephosphate isomerase  44.35 
 
 		 251 aa  198  5e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00010757  normal  0.914781 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1852  triosephosphate isomerase  44.44 
 
 		 249 aa  199  5e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1549  triosephosphate isomerase  44.94 
 
 		 252 aa  198  6e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.42091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1639  triosephosphate isomerase  46.03 
 
 		 251 aa  197  9e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000200734  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2251  triosephosphate isomerase  46.03 
 
 		 251 aa  197  9e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000102764  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0927  triosephosphate isomerase  47.37 
 
 		 250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.908857 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2989  Triose-phosphate isomerase  44.94 
 
 		 250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.292891  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2019  triosephosphate isomerase  50 
 
 		 256 aa  197  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15810  Triose-phosphate isomerase  43.9 
 
 		 250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.187277  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1893  triosephosphate isomerase  46.56 
 
 		 248 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1568  triosephosphate isomerase  41.37 
 
 		 254 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.384591  normal  0.243152 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1532  triosephosphate isomerase  48.37 
 
 		 253 aa  196  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.743336  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1444  bifunctional phosphoglycerate kinase/triosephosphate isomerase  42.04 
 
 		 655 aa  196  4.0000000000000005e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1401  triosephosphate isomerase  46.43 
 
 		 251 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0615206  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0984  Triose-phosphate isomerase  45.6 
 
 		 253 aa  195  6e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356329  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2275  triosephosphate isomerase  45.63 
 
 		 251 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000308196  normal  0.102184 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2216  triosephosphate isomerase  46.15 
 
 		 248 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.596842 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1618  triosephosphate isomerase  44.94 
 
 		 251 aa  194  2e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000123397  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0925  triosephosphate isomerase  46.15 
 
 		 245 aa  193  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0737109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2011  triosephosphate isomerase  45.6 
 
 		 259 aa  193  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000187443  normal  0.448479 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1410  Triose-phosphate isomerase  43.32 
 
 		 251 aa  193  2e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3216  triosephosphate isomerase  46.03 
 
 		 258 aa  192  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00012954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0986  triosephosphate isomerase  39.6 
 
 		 260 aa  192  3e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000192621  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3243  triosephosphate isomerase  40 
 
 		 260 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000257421  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3284  triosephosphate isomerase  40 
 
 		 260 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371764  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0151  Triose-phosphate isomerase  42.63 
 
 		 252 aa  192  4e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4929  triosephosphate isomerase  43.09 
 
 		 251 aa  192  4e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000863193  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1003  triosephosphate isomerase  40 
 
 		 260 aa  192  4e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0343606  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1124  triosephosphate isomerase  40 
 
 		 260 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000121721  unclonable  0.00000000000528037 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2838  triosephosphate isomerase  40 
 
 		 260 aa  192  4e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000084878  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1966  triosephosphate isomerase  43.78 
 
 		 256 aa  192  4e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000820066  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3612  triosephosphate isomerase  46.56 
 
 		 251 aa  192  4e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3421  triosephosphate isomerase  40 
 
 		 260 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000876569  decreased coverage  0.000110965 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4494  triosephosphate isomerase  43.95 
 
 		 251 aa  192  5e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.321001  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2059  triosephosphate isomerase  42.11 
 
 		 251 aa  192  6e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000160979  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0497  triosephosphate isomerase  43.9 
 
 		 252 aa  192  6e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1476  triosephosphate isomerase  45.34 
 
 		 249 aa  192  6e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1022  triosephosphate isomerase  40 
 
 		 260 aa  192  6e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000178614  hitchhiker  0.000431545 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49910  triosephosphate isomerase  46.94 
 
 		 246 aa  191  8e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.258147  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2831  triosephosphate isomerase  39.6 
 
 		 260 aa  191  9e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000042953  hitchhiker  0.00389109 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1767  triosephosphate isomerase  47.98 
 
 		 249 aa  191  9e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.91306  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1200  triosephosphate isomerase  40 
 
 		 260 aa  191  9e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1087  triosephosphate isomerase  40 
 
 		 260 aa  191  9e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00059681  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1026  triosephosphate isomerase  40 
 
 		 260 aa  191  9e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000672651  hitchhiker  0.0000521404 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2064  triosephosphate isomerase  46.56 
 
 		 248 aa  191  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0168982  normal  0.648241 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3813  triosephosphate isomerase  47.15 
 
 		 254 aa  191  1e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.491163 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1574  triosephosphate isomerase  41.39 
 
 		 249 aa  191  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0183532  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4184  triosephosphate isomerase  43.95 
 
 		 251 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.572392 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>