More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3233 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3233  Triose-phosphate isomerase  100 
 
 		 258 aa  513  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2795  triosephosphate isomerase  82.95 
 
 		 261 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2826  triosephosphate isomerase  82.56 
 
 		 257 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.14857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2471  triosephosphate isomerase  73.62 
 
 		 257 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0885036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1835  triosephosphate isomerase  72.29 
 
 		 250 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.83515  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4480  triosephosphate isomerase  70.63 
 
 		 251 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1736  triosephosphate isomerase  71.49 
 
 		 250 aa  354  6.999999999999999e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3166  Triose-phosphate isomerase  65.73 
 
 		 250 aa  325  4.0000000000000003e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136531  normal  0.155629 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5400  Triose-phosphate isomerase  66.8 
 
 		 253 aa  314  7e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5571  triosephosphate isomerase  68 
 
 		 253 aa  310  1e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1947  triosephosphate isomerase  62.4 
 
 		 245 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0598  Triose-phosphate isomerase  62.86 
 
 		 245 aa  306  3e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.441113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1067  triosephosphate isomerase  60.32 
 
 		 256 aa  301  7.000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.331655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0343  Triose-phosphate isomerase  61.2 
 
 		 245 aa  299  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2051  triosephosphate isomerase  58.73 
 
 		 254 aa  295  6e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2230  triosephosphate isomerase  59.92 
 
 		 256 aa  291  7e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0764  triosephosphate isomerase  59.84 
 
 		 246 aa  290  1e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.641907 
 
 
-
 
NC_004310  BR1138  triosephosphate isomerase  57.94 
 
 		 254 aa  288  6e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1097  triosephosphate isomerase  57.94 
 
 		 254 aa  288  6e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0528  triosephosphate isomerase  56.57 
 
 		 254 aa  286  2e-76  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4380  Triose-phosphate isomerase  58.89 
 
 		 254 aa  285  4e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1834  triosephosphate isomerase  57.54 
 
 		 256 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.113682  normal  0.0103278 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2031  triosephosphate isomerase  57.14 
 
 		 256 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4305  Triose-phosphate isomerase  61.13 
 
 		 247 aa  280  2e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1733  triosephosphate isomerase  57.43 
 
 		 248 aa  270  2e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0214124  normal  0.405156 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1636  triosephosphate isomerase  58.66 
 
 		 254 aa  269  4e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3104  Triose-phosphate isomerase  57.6 
 
 		 253 aa  267  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  0.622943 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5206  Triose-phosphate isomerase  57.26 
 
 		 254 aa  267  1e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5129  Triose-phosphate isomerase  57.26 
 
 		 254 aa  265  7e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.246161 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4666  Triose-phosphate isomerase  57.26 
 
 		 254 aa  265  7e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2078  triosephosphate isomerase  59.2 
 
 		 247 aa  263  2e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2769  Triose-phosphate isomerase  56.22 
 
 		 262 aa  261  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.216684  hitchhiker  0.00002221 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1889  triosephosphate isomerase  57.71 
 
 		 252 aa  259  3e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1236  Triose-phosphate isomerase  56.69 
 
 		 253 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1450  Triose-phosphate isomerase  54.94 
 
 		 252 aa  251  8.000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0508  Triose-phosphate isomerase  52.61 
 
 		 263 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2350  triosephosphate isomerase  59.36 
 
 		 250 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1172  triosephosphate isomerase  52.23 
 
 		 248 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.323144 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0154  Triose-phosphate isomerase  47.62 
 
 		 247 aa  219  3e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0612145 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1405  triosephosphate isomerase  56 
 
 		 256 aa  218  1e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.194664  hitchhiker  0.0000346461 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0264  triosephosphate isomerase  46.99 
 
 		 249 aa  213  2.9999999999999995e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  43.7 
 
 		 255 aa  205  7e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  43.7 
 
 		 271 aa  204  9e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  49.2 
 
 		 250 aa  204  9e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1923  triosephosphate isomerase  48.03 
 
 		 250 aa  202  5e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1532  triosephosphate isomerase  47.84 
 
 		 253 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.743336  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2019  triosephosphate isomerase  49.41 
 
 		 256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1333  triosephosphate isomerase  44 
 
 		 252 aa  199  3e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000254673  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1885  triosephosphate isomerase  44.92 
 
 		 255 aa  199  3.9999999999999996e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000744734  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2989  Triose-phosphate isomerase  44.57 
 
 		 250 aa  199  5e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.292891  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3268  triosephosphate isomerase  43.55 
 
 		 257 aa  199  5e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0193189 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2831  triosephosphate isomerase  41.9 
 
 		 260 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000042953  hitchhiker  0.00389109 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1615  triosephosphate isomerase  45.75 
 
 		 255 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3825  Triose-phosphate isomerase  46.85 
 
 		 256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0712505  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5468  triosephosphate isomerase  48.61 
 
 		 251 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.50496  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2275  triosephosphate isomerase  47.37 
 
 		 251 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000308196  normal  0.102184 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3064  triosephosphate isomerase  42.23 
 
 		 260 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000137173  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1003  triosephosphate isomerase  43.03 
 
 		 260 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0343606  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15810  Triose-phosphate isomerase  45.28 
 
 		 250 aa  194  9e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.187277  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1639  triosephosphate isomerase  48.18 
 
 		 251 aa  194  9e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000200734  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62830  triosephosphate isomerase  48.21 
 
 		 251 aa  194  9e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1287  triosephosphate isomerase  48.18 
 
 		 266 aa  194  9e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2251  triosephosphate isomerase  48.18 
 
 		 251 aa  194  9e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000102764  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3284  triosephosphate isomerase  42.63 
 
 		 260 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371764  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3565  triosephosphate isomerase  41.5 
 
 		 260 aa  194  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147919  hitchhiker  0.00000496067 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2838  triosephosphate isomerase  42.63 
 
 		 260 aa  194  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000084878  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3216  triosephosphate isomerase  47.18 
 
 		 258 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00012954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3243  triosephosphate isomerase  42.63 
 
 		 260 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000257421  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1124  triosephosphate isomerase  42.63 
 
 		 260 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000121721  unclonable  0.00000000000528037 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3421  triosephosphate isomerase  42.63 
 
 		 260 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000876569  decreased coverage  0.000110965 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4494  triosephosphate isomerase  45.02 
 
 		 251 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.321001  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2168  triosephosphate isomerase  48.18 
 
 		 251 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00524142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1022  triosephosphate isomerase  42.63 
 
 		 260 aa  193  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000178614  hitchhiker  0.000431545 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2289  triosephosphate isomerase  48.18 
 
 		 251 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000785898  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2011  triosephosphate isomerase  46.48 
 
 		 259 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000187443  normal  0.448479 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2199  triosephosphate isomerase  40.64 
 
 		 250 aa  193  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468925  normal  0.243836 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1618  triosephosphate isomerase  42.8 
 
 		 251 aa  192  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000123397  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1200  triosephosphate isomerase  42.23 
 
 		 260 aa  192  4e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3612  triosephosphate isomerase  46.8 
 
 		 251 aa  192  4e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3393  triosephosphate isomerase  41.5 
 
 		 260 aa  192  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000164415  hitchhiker  0.0003141 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1087  triosephosphate isomerase  42.23 
 
 		 260 aa  192  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00059681  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1026  triosephosphate isomerase  42.23 
 
 		 260 aa  192  4e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000672651  hitchhiker  0.0000521404 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0957  triosephosphate isomerase  42.29 
 
 		 260 aa  192  4e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0345759  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3352  Triose-phosphate isomerase  44.53 
 
 		 252 aa  192  4e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0986  triosephosphate isomerase  42.23 
 
 		 260 aa  192  5e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000192621  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1767  triosephosphate isomerase  47.45 
 
 		 249 aa  192  6e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.91306  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2335  triosephosphate isomerase  48.63 
 
 		 253 aa  192  7e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.549293  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2423  triosephosphate isomerase  48.63 
 
 		 253 aa  192  7e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00789739  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1499  Triose-phosphate isomerase  47.39 
 
 		 248 aa  191  9e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0165539 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1341  triosephosphate isomerase  47.18 
 
 		 259 aa  191  9e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000463974  normal  0.0307092 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1852  triosephosphate isomerase  44.44 
 
 		 249 aa  190  1e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0984  Triose-phosphate isomerase  45.24 
 
 		 253 aa  190  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356329  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1401  triosephosphate isomerase  47.18 
 
 		 251 aa  190  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0615206  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1628  bifunctional phosphoglycerate kinase/triosephosphate isomerase  46.43 
 
 		 654 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00657054  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1476  triosephosphate isomerase  44.31 
 
 		 249 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1670  triosephosphate isomerase  44.53 
 
 		 251 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.895843  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15890  triosephosphate isomerase  44.32 
 
 		 261 aa  189  2.9999999999999997e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.388365  normal  0.839835 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3680  triosephosphate isomerase  42.23 
 
 		 251 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000293066  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1122  triosephosphate isomerase  42.63 
 
 		 251 aa  189  2.9999999999999997e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000274179  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3096  Triose-phosphate isomerase  45.63 
 
 		 263 aa  189  5e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.119937  normal  0.0717859 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>