More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2078 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2078  triosephosphate isomerase  100 
 
 		 247 aa  490  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1733  triosephosphate isomerase  68.7 
 
 		 248 aa  317  2e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0214124  normal  0.405156 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1947  triosephosphate isomerase  67.62 
 
 		 245 aa  312  2.9999999999999996e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0598  Triose-phosphate isomerase  67.62 
 
 		 245 aa  311  5.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.441113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0343  Triose-phosphate isomerase  67.21 
 
 		 245 aa  309  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0764  triosephosphate isomerase  66.26 
 
 		 246 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.641907 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3166  Triose-phosphate isomerase  62.04 
 
 		 250 aa  293  2e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136531  normal  0.155629 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1835  triosephosphate isomerase  61.38 
 
 		 250 aa  291  7e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.83515  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4305  Triose-phosphate isomerase  63.93 
 
 		 247 aa  291  7e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1736  triosephosphate isomerase  60.16 
 
 		 250 aa  285  5.999999999999999e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2471  triosephosphate isomerase  59.2 
 
 		 257 aa  278  8e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0885036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3233  Triose-phosphate isomerase  59.2 
 
 		 258 aa  274  9e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2795  triosephosphate isomerase  59.44 
 
 		 261 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4480  triosephosphate isomerase  60.49 
 
 		 251 aa  272  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2826  triosephosphate isomerase  59.44 
 
 		 257 aa  271  7e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.14857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5400  Triose-phosphate isomerase  59.76 
 
 		 253 aa  268  7e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5571  triosephosphate isomerase  60.57 
 
 		 253 aa  267  1e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4380  Triose-phosphate isomerase  56.33 
 
 		 254 aa  262  4e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2051  triosephosphate isomerase  56.38 
 
 		 254 aa  255  5e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1067  triosephosphate isomerase  56.1 
 
 		 256 aa  253  3e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.331655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1834  triosephosphate isomerase  55.28 
 
 		 256 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.113682  normal  0.0103278 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1097  triosephosphate isomerase  54.73 
 
 		 254 aa  248  5e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1138  triosephosphate isomerase  54.73 
 
 		 254 aa  248  5e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0508  Triose-phosphate isomerase  57.09 
 
 		 263 aa  248  5e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2031  triosephosphate isomerase  54.88 
 
 		 256 aa  247  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1450  Triose-phosphate isomerase  55.13 
 
 		 252 aa  245  4.9999999999999997e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4666  Triose-phosphate isomerase  54.25 
 
 		 254 aa  243  3e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5129  Triose-phosphate isomerase  54.25 
 
 		 254 aa  243  3e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.246161 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1636  triosephosphate isomerase  55.24 
 
 		 254 aa  243  3e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5206  Triose-phosphate isomerase  53.85 
 
 		 254 aa  241  7e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1889  triosephosphate isomerase  55.87 
 
 		 252 aa  241  7e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0528  triosephosphate isomerase  51.44 
 
 		 254 aa  240  2e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3104  Triose-phosphate isomerase  53.85 
 
 		 253 aa  240  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  0.622943 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2230  triosephosphate isomerase  53.88 
 
 		 256 aa  239  4e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2350  triosephosphate isomerase  63.22 
 
 		 250 aa  237  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2769  Triose-phosphate isomerase  55.51 
 
 		 262 aa  229  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.216684  hitchhiker  0.00002221 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1405  triosephosphate isomerase  52.24 
 
 		 256 aa  224  9e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.194664  hitchhiker  0.0000346461 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1172  triosephosphate isomerase  55.1 
 
 		 248 aa  223  2e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.323144 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3825  Triose-phosphate isomerase  46.59 
 
 		 256 aa  216  2e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0712505  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1236  Triose-phosphate isomerase  48.59 
 
 		 253 aa  211  7.999999999999999e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1476  triosephosphate isomerase  48.57 
 
 		 249 aa  208  7e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1885  triosephosphate isomerase  45.85 
 
 		 255 aa  207  9e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000744734  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0154  Triose-phosphate isomerase  47.56 
 
 		 247 aa  203  2e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0612145 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0499  Triose-phosphate isomerase  45.53 
 
 		 251 aa  199  1.9999999999999998e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0264  triosephosphate isomerase  47.15 
 
 		 249 aa  200  1.9999999999999998e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2989  Triose-phosphate isomerase  44.76 
 
 		 250 aa  198  7e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.292891  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0497  triosephosphate isomerase  44.35 
 
 		 252 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1615  triosephosphate isomerase  47.11 
 
 		 255 aa  196  3e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1464  triosephosphate isomerase  44.62 
 
 		 250 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.11594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2019  triosephosphate isomerase  51.38 
 
 		 256 aa  194  8.000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0908  triosephosphate isomerase  43.2 
 
 		 250 aa  194  1e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.842553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2059  triosephosphate isomerase  42.11 
 
 		 251 aa  194  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000160979  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1923  triosephosphate isomerase  46.15 
 
 		 250 aa  193  2e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1767  triosephosphate isomerase  49 
 
 		 249 aa  193  2e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.91306  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1333  triosephosphate isomerase  43.32 
 
 		 252 aa  192  3e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000254673  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1740  triosephosphate isomerase  51.64 
 
 		 245 aa  192  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0100  triosephosphate isomerase  40.16 
 
 		 249 aa  192  6e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1618  triosephosphate isomerase  44.4 
 
 		 251 aa  191  8e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000123397  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0986  triosephosphate isomerase  42.69 
 
 		 260 aa  191  8e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000192621  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2831  triosephosphate isomerase  43.58 
 
 		 260 aa  190  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000042953  hitchhiker  0.00389109 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1852  triosephosphate isomerase  43.95 
 
 		 249 aa  191  1e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2838  triosephosphate isomerase  42.69 
 
 		 260 aa  190  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000084878  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3421  triosephosphate isomerase  42.69 
 
 		 260 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000876569  decreased coverage  0.000110965 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1003  triosephosphate isomerase  42.69 
 
 		 260 aa  190  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0343606  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3284  triosephosphate isomerase  42.69 
 
 		 260 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371764  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1124  triosephosphate isomerase  42.69 
 
 		 260 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000121721  unclonable  0.00000000000528037 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1022  triosephosphate isomerase  42.69 
 
 		 260 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000178614  hitchhiker  0.000431545 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3243  triosephosphate isomerase  42.69 
 
 		 260 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000257421  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1200  triosephosphate isomerase  42.69 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5608  triosephosphate isomerase  40.87 
 
 		 254 aa  189  2.9999999999999997e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3135  triosephosphate isomerase  43.31 
 
 		 253 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1087  triosephosphate isomerase  42.69 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00059681  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1026  triosephosphate isomerase  42.69 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000672651  hitchhiker  0.0000521404 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4008  triosephosphate isomerase  43.09 
 
 		 241 aa  189  5e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0608629 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1568  triosephosphate isomerase  39.53 
 
 		 254 aa  188  5e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.384591  normal  0.243152 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2049  triosephosphate isomerase  44 
 
 		 257 aa  189  5e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3268  triosephosphate isomerase  45.02 
 
 		 257 aa  188  7e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0193189 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3393  triosephosphate isomerase  41.96 
 
 		 260 aa  188  8e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000164415  hitchhiker  0.0003141 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1779  triosephosphate isomerase  43.55 
 
 		 251 aa  188  8e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.906694  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0957  triosephosphate isomerase  44.22 
 
 		 260 aa  188  8e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0345759  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3680  triosephosphate isomerase  43.14 
 
 		 251 aa  188  9e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000293066  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0815  triosephosphate isomerase  43.65 
 
 		 253 aa  188  9e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000244559  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1562  triosephosphate isomerase  43.03 
 
 		 252 aa  187  1e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000611161  hitchhiker  0.000778836 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1893  triosephosphate isomerase  45.68 
 
 		 248 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3565  triosephosphate isomerase  42.19 
 
 		 260 aa  187  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147919  hitchhiker  0.00000496067 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1882  triosephosphate isomerase  44.35 
 
 		 251 aa  187  1e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2633  triosephosphate isomerase  47.6 
 
 		 257 aa  187  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4929  triosephosphate isomerase  43.8 
 
 		 251 aa  187  2e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000863193  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3290  triosephosphate isomerase  44.31 
 
 		 241 aa  186  2e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1122  triosephosphate isomerase  40.08 
 
 		 251 aa  187  2e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000274179  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0959  triosephosphate isomerase  45.31 
 
 		 245 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5701  triosephosphate isomerase  43.53 
 
 		 251 aa  186  4e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000644486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1410  Triose-phosphate isomerase  45.06 
 
 		 251 aa  186  4e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  45.12 
 
 		 255 aa  186  4e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5240  triosephosphate isomerase  43.14 
 
 		 251 aa  185  5e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0117313  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  44.94 
 
 		 250 aa  185  5e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  45.12 
 
 		 271 aa  185  6e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4987  triosephosphate isomerase  43.14 
 
 		 251 aa  185  7e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0363802  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5366  triosephosphate isomerase  43.14 
 
 		 251 aa  185  7e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000572833  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5222  triosephosphate isomerase  43.14 
 
 		 251 aa  185  7e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>