More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1067 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1067  triosephosphate isomerase  100 
 
 		 256 aa  521  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.331655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2230  triosephosphate isomerase  80.86 
 
 		 256 aa  415  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1834  triosephosphate isomerase  78.91 
 
 		 256 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.113682  normal  0.0103278 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2031  triosephosphate isomerase  78.52 
 
 		 256 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1138  triosephosphate isomerase  63.78 
 
 		 254 aa  330  1e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1097  triosephosphate isomerase  63.78 
 
 		 254 aa  330  1e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2051  triosephosphate isomerase  63.78 
 
 		 254 aa  330  2e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5571  triosephosphate isomerase  66.26 
 
 		 253 aa  325  6e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2471  triosephosphate isomerase  65.22 
 
 		 257 aa  324  7e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0885036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1835  triosephosphate isomerase  63.41 
 
 		 250 aa  315  4e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.83515  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1736  triosephosphate isomerase  63.79 
 
 		 250 aa  315  4e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5400  Triose-phosphate isomerase  63.41 
 
 		 253 aa  311  4.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3166  Triose-phosphate isomerase  64.37 
 
 		 250 aa  310  1e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136531  normal  0.155629 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2826  triosephosphate isomerase  62.4 
 
 		 257 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.14857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2795  triosephosphate isomerase  61.6 
 
 		 261 aa  308  5e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4480  triosephosphate isomerase  61.6 
 
 		 251 aa  305  5.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3233  Triose-phosphate isomerase  60.32 
 
 		 258 aa  301  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1636  triosephosphate isomerase  61.51 
 
 		 254 aa  299  3e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0528  triosephosphate isomerase  56.69 
 
 		 254 aa  296  2e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5206  Triose-phosphate isomerase  60.08 
 
 		 254 aa  291  7e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0764  triosephosphate isomerase  61.63 
 
 		 246 aa  288  7e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.641907 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0343  Triose-phosphate isomerase  60.16 
 
 		 245 aa  285  5e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1947  triosephosphate isomerase  61.13 
 
 		 245 aa  284  8e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0598  Triose-phosphate isomerase  60.73 
 
 		 245 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.441113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3104  Triose-phosphate isomerase  58.94 
 
 		 253 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  0.622943 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4666  Triose-phosphate isomerase  59.11 
 
 		 254 aa  282  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5129  Triose-phosphate isomerase  59.11 
 
 		 254 aa  282  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.246161 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4380  Triose-phosphate isomerase  56.8 
 
 		 254 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1450  Triose-phosphate isomerase  54.58 
 
 		 252 aa  261  8e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1733  triosephosphate isomerase  53.47 
 
 		 248 aa  254  8e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0214124  normal  0.405156 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4305  Triose-phosphate isomerase  55.38 
 
 		 247 aa  249  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1889  triosephosphate isomerase  54.88 
 
 		 252 aa  249  4e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0508  Triose-phosphate isomerase  53.01 
 
 		 263 aa  248  8e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2078  triosephosphate isomerase  56.1 
 
 		 247 aa  242  5e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1236  Triose-phosphate isomerase  51.6 
 
 		 253 aa  238  8e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2769  Triose-phosphate isomerase  53.44 
 
 		 262 aa  234  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.216684  hitchhiker  0.00002221 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0154  Triose-phosphate isomerase  47.81 
 
 		 247 aa  219  3.9999999999999997e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0612145 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2350  triosephosphate isomerase  56.38 
 
 		 250 aa  218  8.999999999999998e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1405  triosephosphate isomerase  53.06 
 
 		 256 aa  217  2e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.194664  hitchhiker  0.0000346461 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0984  Triose-phosphate isomerase  46.61 
 
 		 253 aa  209  5e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356329  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3825  Triose-phosphate isomerase  47.24 
 
 		 256 aa  208  6e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0712505  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1885  triosephosphate isomerase  46 
 
 		 255 aa  202  3e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000744734  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15810  Triose-phosphate isomerase  43.03 
 
 		 250 aa  202  5e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.187277  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  45.93 
 
 		 255 aa  202  5e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  45.93 
 
 		 271 aa  201  7e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0264  triosephosphate isomerase  45.08 
 
 		 249 aa  201  8e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0562  Triose-phosphate isomerase  45.53 
 
 		 254 aa  200  9.999999999999999e-51  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.525761 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0959  triosephosphate isomerase  46.12 
 
 		 245 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1333  triosephosphate isomerase  44.98 
 
 		 252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000254673  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1532  triosephosphate isomerase  48.16 
 
 		 253 aa  199  3e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.743336  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0947  triosephosphate isomerase  47.18 
 
 		 249 aa  199  5e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.144972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1476  triosephosphate isomerase  47.58 
 
 		 249 aa  198  7e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  46.77 
 
 		 250 aa  198  7e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0925  triosephosphate isomerase  46.94 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0737109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0927  triosephosphate isomerase  46.8 
 
 		 250 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.908857 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2059  triosephosphate isomerase  43.82 
 
 		 251 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000160979  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1670  triosephosphate isomerase  46.94 
 
 		 251 aa  196  3e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.895843  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1893  triosephosphate isomerase  45.6 
 
 		 248 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1568  triosephosphate isomerase  44 
 
 		 254 aa  195  5.000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.384591  normal  0.243152 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3813  triosephosphate isomerase  46.37 
 
 		 254 aa  195  5.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.491163 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1923  triosephosphate isomerase  45.97 
 
 		 250 aa  195  8.000000000000001e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3268  triosephosphate isomerase  45.56 
 
 		 257 aa  194  9e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0193189 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4494  triosephosphate isomerase  45.06 
 
 		 251 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.321001  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1172  triosephosphate isomerase  48.16 
 
 		 248 aa  194  1e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.323144 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1618  triosephosphate isomerase  42.8 
 
 		 251 aa  194  2e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000123397  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2216  triosephosphate isomerase  45.2 
 
 		 248 aa  193  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.596842 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2019  triosephosphate isomerase  49.4 
 
 		 256 aa  193  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62830  triosephosphate isomerase  44.66 
 
 		 251 aa  192  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1852  triosephosphate isomerase  46.22 
 
 		 249 aa  193  3e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1133  triosephosphate isomerase  40.96 
 
 		 249 aa  193  3e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2566  triosephosphate isomerase  43.55 
 
 		 250 aa  192  4e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.566971  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2275  triosephosphate isomerase  45.31 
 
 		 251 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000308196  normal  0.102184 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4716  triosephosphate isomerase  45.2 
 
 		 251 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5468  triosephosphate isomerase  44.8 
 
 		 251 aa  191  7e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.50496  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1023  Triose-phosphate isomerase  42.28 
 
 		 249 aa  191  8e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00613564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1499  Triose-phosphate isomerase  47.81 
 
 		 248 aa  191  9e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0165539 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4480  triosephosphate isomerase  42.57 
 
 		 255 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.975487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1401  triosephosphate isomerase  47.15 
 
 		 251 aa  191  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0615206  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1966  triosephosphate isomerase  43.55 
 
 		 256 aa  190  1e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000820066  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5579  triosephosphate isomerase  45.31 
 
 		 251 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000123744  normal  0.0751441 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1574  triosephosphate isomerase  42.62 
 
 		 249 aa  191  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0183532  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0499  Triose-phosphate isomerase  44.67 
 
 		 251 aa  191  1e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0103  triosephosphate isomerase  43.48 
 
 		 256 aa  190  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4184  triosephosphate isomerase  44.88 
 
 		 251 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0717  triosephosphate isomerase  43.6 
 
 		 251 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.119458 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0497  triosephosphate isomerase  44.31 
 
 		 252 aa  190  2e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4412  triosephosphate isomerase  42.57 
 
 		 255 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0292909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4297  triosephosphate isomerase  42.57 
 
 		 255 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4410  triosephosphate isomerase  42.57 
 
 		 255 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.909919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1022  triosephosphate isomerase  42.46 
 
 		 260 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000178614  hitchhiker  0.000431545 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1122  triosephosphate isomerase  44.18 
 
 		 251 aa  190  2e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000274179  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4052  triosephosphate isomerase  42.17 
 
 		 255 aa  190  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4327  triosephosphate isomerase  42.57 
 
 		 255 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4715  triosephosphate isomerase  45.06 
 
 		 251 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151784  hitchhiker  0.00871946 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1200  triosephosphate isomerase  42.46 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3323  Triose-phosphate isomerase  43.23 
 
 		 263 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000945528 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4581  triosephosphate isomerase  45.06 
 
 		 251 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.299699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1087  triosephosphate isomerase  42.46 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00059681  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1026  triosephosphate isomerase  42.46 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000672651  hitchhiker  0.0000521404 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2199  triosephosphate isomerase  40.82 
 
 		 250 aa  189  2.9999999999999997e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468925  normal  0.243836 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>