More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0508 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0508  Triose-phosphate isomerase  100 
 
 		 263 aa  530  1e-149  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1835  triosephosphate isomerase  61.73 
 
 		 250 aa  295  4e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.83515  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1450  Triose-phosphate isomerase  59.4 
 
 		 252 aa  272  5.000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1736  triosephosphate isomerase  56.97 
 
 		 250 aa  271  6e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3166  Triose-phosphate isomerase  55.6 
 
 		 250 aa  263  3e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136531  normal  0.155629 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2471  triosephosphate isomerase  55.02 
 
 		 257 aa  262  4e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0885036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5400  Triose-phosphate isomerase  57.32 
 
 		 253 aa  260  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_004310  BR1138  triosephosphate isomerase  53.63 
 
 		 254 aa  258  6e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1097  triosephosphate isomerase  53.63 
 
 		 254 aa  258  6e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4480  triosephosphate isomerase  56.05 
 
 		 251 aa  258  7e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2051  triosephosphate isomerase  53.23 
 
 		 254 aa  256  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0598  Triose-phosphate isomerase  58.2 
 
 		 245 aa  254  9e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.441113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5571  triosephosphate isomerase  56.91 
 
 		 253 aa  254  9e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1067  triosephosphate isomerase  53.01 
 
 		 256 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.331655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1947  triosephosphate isomerase  57.79 
 
 		 245 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2795  triosephosphate isomerase  54.44 
 
 		 261 aa  252  3e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2826  triosephosphate isomerase  54.03 
 
 		 257 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.14857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3104  Triose-phosphate isomerase  54.98 
 
 		 253 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  0.622943 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4380  Triose-phosphate isomerase  54.47 
 
 		 254 aa  251  7e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0343  Triose-phosphate isomerase  57.38 
 
 		 245 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5206  Triose-phosphate isomerase  54.22 
 
 		 254 aa  250  1e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1636  triosephosphate isomerase  53.04 
 
 		 254 aa  250  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3233  Triose-phosphate isomerase  52.21 
 
 		 258 aa  249  4e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4666  Triose-phosphate isomerase  54.66 
 
 		 254 aa  248  9e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5129  Triose-phosphate isomerase  54.66 
 
 		 254 aa  248  9e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.246161 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0528  triosephosphate isomerase  50.4 
 
 		 254 aa  247  1e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0764  triosephosphate isomerase  55.87 
 
 		 246 aa  245  6e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.641907 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2230  triosephosphate isomerase  52.02 
 
 		 256 aa  243  3e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2078  triosephosphate isomerase  55.33 
 
 		 247 aa  241  1e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1733  triosephosphate isomerase  53.72 
 
 		 248 aa  238  5.999999999999999e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0214124  normal  0.405156 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1834  triosephosphate isomerase  51.37 
 
 		 256 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.113682  normal  0.0103278 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2031  triosephosphate isomerase  50.6 
 
 		 256 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4305  Triose-phosphate isomerase  53.11 
 
 		 247 aa  224  8e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1889  triosephosphate isomerase  50.81 
 
 		 252 aa  223  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2350  triosephosphate isomerase  55.79 
 
 		 250 aa  216  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1236  Triose-phosphate isomerase  50 
 
 		 253 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1405  triosephosphate isomerase  53.09 
 
 		 256 aa  214  9.999999999999999e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.194664  hitchhiker  0.0000346461 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2769  Triose-phosphate isomerase  51.42 
 
 		 262 aa  214  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.216684  hitchhiker  0.00002221 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1172  triosephosphate isomerase  51.44 
 
 		 248 aa  206  3e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.323144 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0264  triosephosphate isomerase  47.58 
 
 		 249 aa  204  1e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1923  triosephosphate isomerase  46.96 
 
 		 250 aa  202  7e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3813  triosephosphate isomerase  46.99 
 
 		 254 aa  201  9.999999999999999e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.491163 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1885  triosephosphate isomerase  43.95 
 
 		 255 aa  201  9.999999999999999e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000744734  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1618  triosephosphate isomerase  44.98 
 
 		 251 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000123397  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3825  Triose-phosphate isomerase  45.75 
 
 		 256 aa  197  1.0000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0712505  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1695  triosephosphate isomerase  45.53 
 
 		 251 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00252562  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15810  Triose-phosphate isomerase  42.74 
 
 		 250 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.187277  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0815  triosephosphate isomerase  43.9 
 
 		 253 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000244559  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0991  triosephosphate isomerase  47.01 
 
 		 254 aa  196  4.0000000000000005e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1023  Triose-phosphate isomerase  42.04 
 
 		 249 aa  195  5.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00613564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1767  triosephosphate isomerase  48.79 
 
 		 249 aa  193  2e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.91306  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1089  triosephosphate isomerase  43.31 
 
 		 253 aa  193  2e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0815  triosephosphate isomerase  42.63 
 
 		 253 aa  192  4e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0799  triosephosphate isomerase  42.63 
 
 		 253 aa  192  4e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.522052  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0927  triosephosphate isomerase  46.18 
 
 		 250 aa  192  5e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.908857 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2831  triosephosphate isomerase  42.35 
 
 		 260 aa  192  5e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000042953  hitchhiker  0.00389109 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2989  Triose-phosphate isomerase  44.53 
 
 		 250 aa  192  6e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.292891  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3935  triosephosphate isomerase  43.95 
 
 		 251 aa  191  8e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00010757  normal  0.914781 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0706  triosephosphate isomerase  45.83 
 
 		 255 aa  190  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.423457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1003  triosephosphate isomerase  42.25 
 
 		 260 aa  190  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0343606  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2059  Triose-phosphate isomerase  45.42 
 
 		 254 aa  190  2e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  41.7 
 
 		 271 aa  189  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3284  triosephosphate isomerase  42.25 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371764  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2838  triosephosphate isomerase  42.25 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000084878  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1124  triosephosphate isomerase  42.25 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000121721  unclonable  0.00000000000528037 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  41.7 
 
 		 255 aa  189  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3243  triosephosphate isomerase  42.25 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000257421  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3421  triosephosphate isomerase  42.25 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000876569  decreased coverage  0.000110965 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0986  triosephosphate isomerase  42.35 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000192621  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1022  triosephosphate isomerase  42.25 
 
 		 260 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000178614  hitchhiker  0.000431545 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1200  triosephosphate isomerase  42.25 
 
 		 260 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0154  Triose-phosphate isomerase  45.34 
 
 		 247 aa  189  5.999999999999999e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0612145 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0984  Triose-phosphate isomerase  45.31 
 
 		 253 aa  188  5.999999999999999e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356329  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1087  triosephosphate isomerase  42.25 
 
 		 260 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00059681  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1026  triosephosphate isomerase  42.25 
 
 		 260 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000672651  hitchhiker  0.0000521404 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3393  triosephosphate isomerase  41.96 
 
 		 260 aa  188  7e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000164415  hitchhiker  0.0003141 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3565  triosephosphate isomerase  41.96 
 
 		 260 aa  188  8e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147919  hitchhiker  0.00000496067 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0763  triosephosphate isomerase  41.37 
 
 		 252 aa  187  2e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.0077962  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3680  triosephosphate isomerase  43.15 
 
 		 251 aa  187  2e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000293066  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2216  triosephosphate isomerase  43.09 
 
 		 248 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.596842 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0957  triosephosphate isomerase  41.47 
 
 		 260 aa  187  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0345759  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1476  triosephosphate isomerase  45.53 
 
 		 249 aa  186  3e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2060  triosephosphate isomerase  45.34 
 
 		 250 aa  186  3e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183985  normal  0.399765 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2019  triosephosphate isomerase  49.4 
 
 		 256 aa  186  3e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1852  triosephosphate isomerase  45.71 
 
 		 249 aa  186  3e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1893  triosephosphate isomerase  43.09 
 
 		 248 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3064  triosephosphate isomerase  41.57 
 
 		 260 aa  186  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000137173  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1464  triosephosphate isomerase  43.37 
 
 		 250 aa  186  4e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.11594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2059  triosephosphate isomerase  41.46 
 
 		 251 aa  185  5e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000160979  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0525  triosephosphate isomerase  40.4 
 
 		 252 aa  185  5e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2064  triosephosphate isomerase  42.21 
 
 		 250 aa  185  6e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3277  triosephosphate isomerase  40.87 
 
 		 251 aa  185  6e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1562  triosephosphate isomerase  43.03 
 
 		 252 aa  185  6e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000611161  hitchhiker  0.000778836 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0134  Triose-phosphate isomerase  42.11 
 
 		 250 aa  185  8e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1520  triosephosphate isomerase  46 
 
 		 248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.436921 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1779  triosephosphate isomerase  44.9 
 
 		 251 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.906694  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0444  triosephosphate isomerase  41.83 
 
 		 253 aa  184  2.0000000000000003e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4987  triosephosphate isomerase  42.29 
 
 		 251 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0363802  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5366  triosephosphate isomerase  42.29 
 
 		 251 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000572833  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5701  triosephosphate isomerase  41.34 
 
 		 251 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000644486  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>