More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3166 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3166  Triose-phosphate isomerase  100 
 
 		 250 aa  496  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136531  normal  0.155629 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1835  triosephosphate isomerase  67.2 
 
 		 250 aa  337  1.9999999999999998e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.83515  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5400  Triose-phosphate isomerase  68.67 
 
 		 253 aa  335  5e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1736  triosephosphate isomerase  66 
 
 		 250 aa  332  3e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4480  triosephosphate isomerase  67.62 
 
 		 251 aa  332  4e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2471  triosephosphate isomerase  66 
 
 		 257 aa  328  6e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0885036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5571  triosephosphate isomerase  68.67 
 
 		 253 aa  328  6e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2795  triosephosphate isomerase  65.18 
 
 		 261 aa  328  7e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2826  triosephosphate isomerase  65.59 
 
 		 257 aa  328  7e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.14857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3233  Triose-phosphate isomerase  65.73 
 
 		 258 aa  325  3e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0343  Triose-phosphate isomerase  65.32 
 
 		 245 aa  315  3e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1947  triosephosphate isomerase  67.07 
 
 		 245 aa  312  2.9999999999999996e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0764  triosephosphate isomerase  64.8 
 
 		 246 aa  311  4.999999999999999e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.641907 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0598  Triose-phosphate isomerase  67.07 
 
 		 245 aa  311  5.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.441113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1067  triosephosphate isomerase  64.37 
 
 		 256 aa  310  1e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.331655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4305  Triose-phosphate isomerase  64.63 
 
 		 247 aa  307  1.0000000000000001e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1889  triosephosphate isomerase  66.27 
 
 		 252 aa  301  8.000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0528  triosephosphate isomerase  57.09 
 
 		 254 aa  293  2e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3104  Triose-phosphate isomerase  61.94 
 
 		 253 aa  293  3e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  0.622943 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1733  triosephosphate isomerase  59.76 
 
 		 248 aa  292  4e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0214124  normal  0.405156 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5206  Triose-phosphate isomerase  61.79 
 
 		 254 aa  291  7e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4666  Triose-phosphate isomerase  61.79 
 
 		 254 aa  290  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5129  Triose-phosphate isomerase  61.79 
 
 		 254 aa  290  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.246161 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2031  triosephosphate isomerase  61.04 
 
 		 256 aa  288  5.0000000000000004e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2078  triosephosphate isomerase  62.04 
 
 		 247 aa  286  1e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1236  Triose-phosphate isomerase  60.16 
 
 		 253 aa  285  5.999999999999999e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2051  triosephosphate isomerase  59.11 
 
 		 254 aa  283  1.0000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1138  triosephosphate isomerase  59.11 
 
 		 254 aa  282  3.0000000000000004e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4380  Triose-phosphate isomerase  59.18 
 
 		 254 aa  283  3.0000000000000004e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1097  triosephosphate isomerase  59.11 
 
 		 254 aa  282  3.0000000000000004e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1636  triosephosphate isomerase  60.57 
 
 		 254 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1834  triosephosphate isomerase  59.44 
 
 		 256 aa  281  6.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.113682  normal  0.0103278 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2230  triosephosphate isomerase  60.08 
 
 		 256 aa  278  4e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2769  Triose-phosphate isomerase  56.56 
 
 		 262 aa  273  2.0000000000000002e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.216684  hitchhiker  0.00002221 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0508  Triose-phosphate isomerase  54.88 
 
 		 263 aa  256  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1450  Triose-phosphate isomerase  52.14 
 
 		 252 aa  252  4.0000000000000004e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2350  triosephosphate isomerase  62.55 
 
 		 250 aa  249  4e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0264  triosephosphate isomerase  50.41 
 
 		 249 aa  232  5e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1405  triosephosphate isomerase  56.85 
 
 		 256 aa  231  7.000000000000001e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.194664  hitchhiker  0.0000346461 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2019  triosephosphate isomerase  55.2 
 
 		 256 aa  229  3e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0154  Triose-phosphate isomerase  48.37 
 
 		 247 aa  228  5e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0612145 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1172  triosephosphate isomerase  54.4 
 
 		 248 aa  222  4e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.323144 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2989  Triose-phosphate isomerase  47.98 
 
 		 250 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.292891  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  48 
 
 		 255 aa  221  9.999999999999999e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1615  triosephosphate isomerase  49.79 
 
 		 255 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  48 
 
 		 271 aa  220  1.9999999999999999e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1885  triosephosphate isomerase  45.56 
 
 		 255 aa  219  3.9999999999999997e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000744734  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3825  Triose-phosphate isomerase  48.62 
 
 		 256 aa  218  5e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0712505  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1923  triosephosphate isomerase  51.01 
 
 		 250 aa  218  6e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0151  Triose-phosphate isomerase  46.22 
 
 		 252 aa  218  1e-55  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0497  triosephosphate isomerase  48.39 
 
 		 252 aa  217  1e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1476  triosephosphate isomerase  48.79 
 
 		 249 aa  215  5e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1618  triosephosphate isomerase  48.15 
 
 		 251 aa  215  5.9999999999999996e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000123397  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0870  triosephosphate isomerase  51.39 
 
 		 250 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695096  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2059  triosephosphate isomerase  46.75 
 
 		 251 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000160979  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0499  Triose-phosphate isomerase  47.76 
 
 		 251 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3935  triosephosphate isomerase  47.18 
 
 		 251 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00010757  normal  0.914781 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1670  triosephosphate isomerase  50 
 
 		 251 aa  212  3.9999999999999995e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.895843  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2338  triosephosphate isomerase  47.98 
 
 		 251 aa  211  5.999999999999999e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000215074  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1882  triosephosphate isomerase  47.98 
 
 		 251 aa  210  1e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1562  triosephosphate isomerase  47.15 
 
 		 252 aa  211  1e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000611161  hitchhiker  0.000778836 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3813  triosephosphate isomerase  49.8 
 
 		 254 aa  210  2e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.491163 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1532  triosephosphate isomerase  52.4 
 
 		 253 aa  210  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.743336  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1893  triosephosphate isomerase  47.72 
 
 		 248 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1499  Triose-phosphate isomerase  49.8 
 
 		 248 aa  209  3e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0165539 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1639  triosephosphate isomerase  51.37 
 
 		 308 aa  209  3e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.766552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1852  triosephosphate isomerase  47.58 
 
 		 249 aa  209  3e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3352  Triose-phosphate isomerase  45.97 
 
 		 252 aa  209  3e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0955  triosephosphate isomerase  51 
 
 		 250 aa  208  6e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000301152 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15810  Triose-phosphate isomerase  44.44 
 
 		 250 aa  208  7e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.187277  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49910  triosephosphate isomerase  48.57 
 
 		 246 aa  208  7e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.258147  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1078  triosephosphate isomerase  45.49 
 
 		 298 aa  208  8e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0134  Triose-phosphate isomerase  45.97 
 
 		 250 aa  207  1e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2216  triosephosphate isomerase  46.89 
 
 		 248 aa  207  1e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.596842 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  49.6 
 
 		 250 aa  207  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0908  triosephosphate isomerase  44.31 
 
 		 250 aa  207  2e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.842553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2566  triosephosphate isomerase  44.26 
 
 		 250 aa  206  3e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.566971  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2831  triosephosphate isomerase  43.19 
 
 		 260 aa  206  3e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000042953  hitchhiker  0.00389109 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0562  Triose-phosphate isomerase  45.85 
 
 		 254 aa  206  4e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.525761 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3243  triosephosphate isomerase  42.8 
 
 		 260 aa  204  9e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000257421  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3421  triosephosphate isomerase  42.8 
 
 		 260 aa  204  9e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000876569  decreased coverage  0.000110965 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3284  triosephosphate isomerase  42.8 
 
 		 260 aa  204  9e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371764  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1124  triosephosphate isomerase  42.8 
 
 		 260 aa  204  9e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000121721  unclonable  0.00000000000528037 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2838  triosephosphate isomerase  42.8 
 
 		 260 aa  204  9e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000084878  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0991  triosephosphate isomerase  48.57 
 
 		 254 aa  204  9e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1628  bifunctional phosphoglycerate kinase/triosephosphate isomerase  48.57 
 
 		 654 aa  204  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00657054  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2064  triosephosphate isomerase  46.89 
 
 		 248 aa  204  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0168982  normal  0.648241 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0815  triosephosphate isomerase  46.64 
 
 		 253 aa  204  1e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000244559  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1022  triosephosphate isomerase  42.8 
 
 		 260 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000178614  hitchhiker  0.000431545 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1200  triosephosphate isomerase  42.8 
 
 		 260 aa  203  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2335  triosephosphate isomerase  52.8 
 
 		 253 aa  203  2e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.549293  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1777  triosephosphate isomerase  46.69 
 
 		 257 aa  203  2e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2423  triosephosphate isomerase  52.4 
 
 		 253 aa  203  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00789739  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1740  triosephosphate isomerase  49.59 
 
 		 245 aa  203  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1087  triosephosphate isomerase  42.8 
 
 		 260 aa  203  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00059681  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1026  triosephosphate isomerase  42.8 
 
 		 260 aa  203  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000672651  hitchhiker  0.0000521404 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2065  triosephosphate isomerase  48.22 
 
 		 270 aa  203  3e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl504  triosephosphate isomerase  45.56 
 
 		 275 aa  203  3e-51  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0959  triosephosphate isomerase  44.86 
 
 		 245 aa  202  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1948  triosephosphate isomerase  44.9 
 
 		 251 aa  203  3e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000540949  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>