More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2826 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2826  triosephosphate isomerase  100 
 
 		 257 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.14857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2795  triosephosphate isomerase  92.22 
 
 		 261 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3233  Triose-phosphate isomerase  82.56 
 
 		 258 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2471  triosephosphate isomerase  76.77 
 
 		 257 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0885036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4480  triosephosphate isomerase  72.91 
 
 		 251 aa  377  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1736  triosephosphate isomerase  72.18 
 
 		 250 aa  360  9e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1835  triosephosphate isomerase  69.35 
 
 		 250 aa  350  1e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.83515  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3166  Triose-phosphate isomerase  65.59 
 
 		 250 aa  328  8e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136531  normal  0.155629 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5400  Triose-phosphate isomerase  67.07 
 
 		 253 aa  318  6e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5571  triosephosphate isomerase  67.87 
 
 		 253 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1067  triosephosphate isomerase  62.4 
 
 		 256 aa  309  2.9999999999999997e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.331655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1947  triosephosphate isomerase  63.2 
 
 		 245 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0598  Triose-phosphate isomerase  63.27 
 
 		 245 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.441113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0343  Triose-phosphate isomerase  60.64 
 
 		 245 aa  298  5e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2230  triosephosphate isomerase  61.6 
 
 		 256 aa  292  4e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2051  triosephosphate isomerase  57.6 
 
 		 254 aa  290  1e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2031  triosephosphate isomerase  59.2 
 
 		 256 aa  288  7e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4380  Triose-phosphate isomerase  59.13 
 
 		 254 aa  287  9e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1834  triosephosphate isomerase  58.8 
 
 		 256 aa  287  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.113682  normal  0.0103278 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0764  triosephosphate isomerase  60.89 
 
 		 246 aa  286  2e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.641907 
 
 
-
 
NC_004310  BR1138  triosephosphate isomerase  56.8 
 
 		 254 aa  284  8e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1097  triosephosphate isomerase  56.8 
 
 		 254 aa  284  8e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0528  triosephosphate isomerase  55.6 
 
 		 254 aa  280  2e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4305  Triose-phosphate isomerase  59.2 
 
 		 247 aa  276  3e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1636  triosephosphate isomerase  58.73 
 
 		 254 aa  271  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1889  triosephosphate isomerase  58.73 
 
 		 252 aa  267  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1733  triosephosphate isomerase  57.26 
 
 		 248 aa  266  2e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0214124  normal  0.405156 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3104  Triose-phosphate isomerase  56.22 
 
 		 253 aa  263  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  0.622943 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2078  triosephosphate isomerase  59.44 
 
 		 247 aa  261  6.999999999999999e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5129  Triose-phosphate isomerase  56.28 
 
 		 254 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.246161 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4666  Triose-phosphate isomerase  56.28 
 
 		 254 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5206  Triose-phosphate isomerase  55.87 
 
 		 254 aa  260  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1450  Triose-phosphate isomerase  53.17 
 
 		 252 aa  252  4.0000000000000004e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1236  Triose-phosphate isomerase  57.31 
 
 		 253 aa  249  3e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2769  Triose-phosphate isomerase  52.02 
 
 		 262 aa  247  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.216684  hitchhiker  0.00002221 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0508  Triose-phosphate isomerase  54.03 
 
 		 263 aa  247  2e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2350  triosephosphate isomerase  59.6 
 
 		 250 aa  241  9e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0154  Triose-phosphate isomerase  49.19 
 
 		 247 aa  228  9e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0612145 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1405  triosephosphate isomerase  56.91 
 
 		 256 aa  221  9.999999999999999e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.194664  hitchhiker  0.0000346461 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0264  triosephosphate isomerase  48.79 
 
 		 249 aa  215  5e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1172  triosephosphate isomerase  50.41 
 
 		 248 aa  215  7e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.323144 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1923  triosephosphate isomerase  49.4 
 
 		 250 aa  209  2e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1615  triosephosphate isomerase  46.31 
 
 		 255 aa  207  1e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2989  Triose-phosphate isomerase  45.49 
 
 		 250 aa  206  3e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.292891  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1885  triosephosphate isomerase  45.88 
 
 		 255 aa  205  7e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000744734  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1532  triosephosphate isomerase  49.4 
 
 		 253 aa  204  9e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.743336  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  44.66 
 
 		 271 aa  204  1e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  44.66 
 
 		 255 aa  204  1e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0986  triosephosphate isomerase  43.65 
 
 		 260 aa  203  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000192621  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1618  triosephosphate isomerase  45.56 
 
 		 251 aa  203  2e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000123397  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2831  triosephosphate isomerase  42.13 
 
 		 260 aa  202  4e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000042953  hitchhiker  0.00389109 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  48.39 
 
 		 250 aa  202  4e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2838  triosephosphate isomerase  42.63 
 
 		 260 aa  202  6e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000084878  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3243  triosephosphate isomerase  42.63 
 
 		 260 aa  202  6e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000257421  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1124  triosephosphate isomerase  42.63 
 
 		 260 aa  202  6e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000121721  unclonable  0.00000000000528037 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3284  triosephosphate isomerase  42.63 
 
 		 260 aa  202  6e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371764  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3421  triosephosphate isomerase  42.63 
 
 		 260 aa  202  6e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000876569  decreased coverage  0.000110965 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1022  triosephosphate isomerase  42.63 
 
 		 260 aa  201  7e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000178614  hitchhiker  0.000431545 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1003  triosephosphate isomerase  43.03 
 
 		 260 aa  201  8e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0343606  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1200  triosephosphate isomerase  42.23 
 
 		 260 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1087  triosephosphate isomerase  42.23 
 
 		 260 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00059681  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1026  triosephosphate isomerase  42.23 
 
 		 260 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000672651  hitchhiker  0.0000521404 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3825  Triose-phosphate isomerase  45.38 
 
 		 256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0712505  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1639  triosephosphate isomerase  47.56 
 
 		 251 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000200734  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2251  triosephosphate isomerase  47.56 
 
 		 251 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000102764  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1767  triosephosphate isomerase  47.39 
 
 		 249 aa  199  3e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.91306  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2275  triosephosphate isomerase  47.56 
 
 		 251 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000308196  normal  0.102184 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0957  triosephosphate isomerase  42.69 
 
 		 260 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0345759  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3565  triosephosphate isomerase  41.73 
 
 		 260 aa  199  5e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147919  hitchhiker  0.00000496067 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1852  triosephosphate isomerase  45.82 
 
 		 249 aa  199  5e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1401  triosephosphate isomerase  48 
 
 		 251 aa  198  6e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0615206  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3393  triosephosphate isomerase  41.73 
 
 		 260 aa  198  7e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000164415  hitchhiker  0.0003141 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1333  triosephosphate isomerase  44.98 
 
 		 252 aa  198  7e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000254673  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2280  triosephosphate isomerase  49.61 
 
 		 253 aa  198  7e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815023  normal  0.394565 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3064  triosephosphate isomerase  42.29 
 
 		 260 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000137173  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0562  Triose-phosphate isomerase  43.08 
 
 		 254 aa  197  1.0000000000000001e-49  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.525761 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0304  Triose-phosphate isomerase  46.8 
 
 		 257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1078  triosephosphate isomerase  44 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1670  triosephosphate isomerase  46.34 
 
 		 251 aa  196  3e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.895843  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15810  Triose-phosphate isomerase  45.24 
 
 		 250 aa  196  3e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.187277  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0959  triosephosphate isomerase  45.78 
 
 		 245 aa  195  5.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0925  triosephosphate isomerase  47.39 
 
 		 245 aa  195  7e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0737109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13130  triosephosphate isomerase  47.62 
 
 		 263 aa  195  8.000000000000001e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.751982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2335  triosephosphate isomerase  49.8 
 
 		 253 aa  194  9e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.549293  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0497  triosephosphate isomerase  44.35 
 
 		 252 aa  194  9e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2423  triosephosphate isomerase  49.8 
 
 		 253 aa  194  9e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00789739  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2168  triosephosphate isomerase  47.15 
 
 		 251 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00524142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0134  Triose-phosphate isomerase  44 
 
 		 250 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2289  triosephosphate isomerase  47.15 
 
 		 251 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000785898  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1499  Triose-phosphate isomerase  46.37 
 
 		 248 aa  193  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0165539 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0927  triosephosphate isomerase  46 
 
 		 250 aa  193  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.908857 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2833  triosephosphate isomerase  44.72 
 
 		 251 aa  192  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.091999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1948  triosephosphate isomerase  42.91 
 
 		 251 aa  192  3e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000540949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3268  triosephosphate isomerase  42.68 
 
 		 257 aa  193  3e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0193189 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3813  triosephosphate isomerase  45.49 
 
 		 254 aa  192  5e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.491163 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5579  triosephosphate isomerase  46.77 
 
 		 251 aa  192  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000123744  normal  0.0751441 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1740  triosephosphate isomerase  49.59 
 
 		 245 aa  192  6e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1591  triosephosphate isomerase  42.8 
 
 		 255 aa  192  6e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2199  triosephosphate isomerase  40.96 
 
 		 250 aa  192  6e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468925  normal  0.243836 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2049  triosephosphate isomerase  45.2 
 
 		 257 aa  191  8e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>