More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0925 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0925  triosephosphate isomerase  100 
 
 		 245 aa  491  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0737109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0959  triosephosphate isomerase  89.39 
 
 		 245 aa  448  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1893  triosephosphate isomerase  82.04 
 
 		 248 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2064  triosephosphate isomerase  80.82 
 
 		 248 aa  398  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0168982  normal  0.648241 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2216  triosephosphate isomerase  80.41 
 
 		 248 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.596842 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5579  triosephosphate isomerase  66.94 
 
 		 251 aa  316  3e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000123744  normal  0.0751441 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1287  triosephosphate isomerase  65.71 
 
 		 266 aa  313  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1639  triosephosphate isomerase  66.12 
 
 		 251 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000200734  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2251  triosephosphate isomerase  66.12 
 
 		 251 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000102764  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1026  triosephosphate isomerase  66.53 
 
 		 251 aa  311  3.9999999999999997e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00133267  normal  0.306303 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2168  triosephosphate isomerase  66.12 
 
 		 251 aa  310  1e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00524142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2275  triosephosphate isomerase  65.71 
 
 		 251 aa  310  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000308196  normal  0.102184 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2289  triosephosphate isomerase  66.12 
 
 		 251 aa  310  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000785898  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0947  triosephosphate isomerase  65.59 
 
 		 249 aa  302  4.0000000000000003e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.144972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1296  triosephosphate isomerase  65.71 
 
 		 266 aa  300  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1127  triosephosphate isomerase  65.71 
 
 		 266 aa  300  1e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.324732  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0410  triosephosphate isomerase  65.71 
 
 		 266 aa  300  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3216  triosephosphate isomerase  62.9 
 
 		 258 aa  300  1e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00012954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0740  triosephosphate isomerase  65.71 
 
 		 266 aa  300  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.211243  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1832  triosephosphate isomerase  65.71 
 
 		 251 aa  300  2e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1341  triosephosphate isomerase  62.5 
 
 		 259 aa  300  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000463974  normal  0.0307092 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1432  triosephosphate isomerase  65.71 
 
 		 251 aa  298  4e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.515426  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1058  triosephosphate isomerase  64.49 
 
 		 251 aa  296  3e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00483785  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2011  triosephosphate isomerase  61.63 
 
 		 259 aa  296  3e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000187443  normal  0.448479 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2566  triosephosphate isomerase  57.66 
 
 		 250 aa  291  5e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.566971  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1499  Triose-phosphate isomerase  63.22 
 
 		 248 aa  288  6e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0165539 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1089  triosephosphate isomerase  58.47 
 
 		 253 aa  287  1e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1401  triosephosphate isomerase  61.79 
 
 		 251 aa  285  7e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0615206  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0984  Triose-phosphate isomerase  59.27 
 
 		 253 aa  280  2e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356329  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0870  triosephosphate isomerase  63.11 
 
 		 250 aa  273  1.0000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695096  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0955  triosephosphate isomerase  63.11 
 
 		 250 aa  271  5.000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000301152 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1740  triosephosphate isomerase  62.08 
 
 		 245 aa  271  8.000000000000001e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1140  triosephosphate isomerase  63.67 
 
 		 248 aa  270  2e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.766646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1491  triosephosphate isomerase  59.43 
 
 		 247 aa  266  2e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020715  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2815  triosephosphate isomerase  59.35 
 
 		 270 aa  263  2e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  54.88 
 
 		 255 aa  262  4e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  54.66 
 
 		 271 aa  261  6e-69  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3512  triosephosphate isomerase  61.79 
 
 		 261 aa  261  6e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1053  triosephosphate isomerase  53.36 
 
 		 252 aa  261  6.999999999999999e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0815  triosephosphate isomerase  52.21 
 
 		 253 aa  260  1e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000244559  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49910  triosephosphate isomerase  59.18 
 
 		 246 aa  259  3e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.258147  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45770  triosephosphate isomerase  59.24 
 
 		 251 aa  258  7e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49960  triosephosphate isomerase  59.24 
 
 		 251 aa  258  7e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1023  Triose-phosphate isomerase  49.79 
 
 		 249 aa  256  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00613564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1520  triosephosphate isomerase  56.73 
 
 		 272 aa  256  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0128427  decreased coverage  0.0000834169 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0674  triosephosphate isomerase  51.23 
 
 		 250 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.260735  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2064  triosephosphate isomerase  52.02 
 
 		 250 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0819  triosephosphate isomerase  51.38 
 
 		 252 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1261  triosephosphate isomerase  60.16 
 
 		 251 aa  253  3e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168128 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2199  triosephosphate isomerase  52.65 
 
 		 250 aa  253  3e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468925  normal  0.243836 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1767  triosephosphate isomerase  55.69 
 
 		 249 aa  251  6e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.91306  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2280  triosephosphate isomerase  55.51 
 
 		 253 aa  250  1e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815023  normal  0.394565 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5182  triosephosphate isomerase  59.59 
 
 		 248 aa  250  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.735069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3808  triosephosphate isomerase  51.84 
 
 		 255 aa  246  3e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.102844  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0103  triosephosphate isomerase  51.43 
 
 		 256 aa  245  4e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01285  triosephosphate isomerase  52.61 
 
 		 251 aa  244  8e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.300976  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5468  triosephosphate isomerase  54.44 
 
 		 251 aa  244  9e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.50496  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4716  triosephosphate isomerase  53.47 
 
 		 251 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1966  triosephosphate isomerase  50.81 
 
 		 256 aa  243  1.9999999999999999e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000820066  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2060  triosephosphate isomerase  50.61 
 
 		 250 aa  243  1.9999999999999999e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183985  normal  0.399765 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1923  triosephosphate isomerase  52.85 
 
 		 250 aa  243  3e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0096  triosephosphate isomerase  50.61 
 
 		 255 aa  242  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0095  triosephosphate isomerase  50.61 
 
 		 255 aa  242  3e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4118  triosephosphate isomerase  50.61 
 
 		 255 aa  242  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0706  triosephosphate isomerase  54.85 
 
 		 255 aa  242  3.9999999999999997e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.423457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2833  triosephosphate isomerase  52.89 
 
 		 251 aa  242  3.9999999999999997e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.091999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1476  triosephosphate isomerase  52.07 
 
 		 249 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62830  triosephosphate isomerase  54.03 
 
 		 251 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4581  triosephosphate isomerase  53.06 
 
 		 251 aa  240  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.299699  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4715  triosephosphate isomerase  53.06 
 
 		 251 aa  240  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151784  hitchhiker  0.00871946 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0154  triosephosphate isomerase  51.02 
 
 		 255 aa  240  2e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0169  triosephosphate isomerase  51.02 
 
 		 255 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.543601  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0717  triosephosphate isomerase  52.65 
 
 		 251 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.119458 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0264  triosephosphate isomerase  51.63 
 
 		 249 aa  237  1e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1532  triosephosphate isomerase  53.88 
 
 		 253 aa  237  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.743336  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  54.62 
 
 		 250 aa  237  1e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4805  triosephosphate isomerase  50.61 
 
 		 255 aa  237  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000667098 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3612  triosephosphate isomerase  54.03 
 
 		 251 aa  236  3e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3825  Triose-phosphate isomerase  51.81 
 
 		 256 aa  235  4e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0712505  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0908  triosephosphate isomerase  50 
 
 		 250 aa  235  4e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.842553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1591  triosephosphate isomerase  48.77 
 
 		 255 aa  236  4e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0991  triosephosphate isomerase  49.8 
 
 		 254 aa  234  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0775  triosephosphate isomerase  51.02 
 
 		 251 aa  232  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000354266  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1562  triosephosphate isomerase  50.2 
 
 		 252 aa  231  5e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000611161  hitchhiker  0.000778836 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2717  triosephosphate isomerase  47.18 
 
 		 246 aa  231  6e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0490631  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4494  triosephosphate isomerase  52.24 
 
 		 251 aa  230  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.321001  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2335  triosephosphate isomerase  53.88 
 
 		 253 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.549293  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2423  triosephosphate isomerase  53.88 
 
 		 253 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00789739  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1520  triosephosphate isomerase  48.16 
 
 		 248 aa  231  1e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.436921 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4184  triosephosphate isomerase  52.24 
 
 		 251 aa  229  3e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3813  triosephosphate isomerase  47.56 
 
 		 254 aa  226  2e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.491163 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2989  Triose-phosphate isomerase  48.57 
 
 		 250 aa  226  2e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.292891  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0267  triosephosphate isomerase  48.99 
 
 		 249 aa  226  4e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1574  triosephosphate isomerase  47.52 
 
 		 249 aa  226  4e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0183532  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0134  Triose-phosphate isomerase  47.35 
 
 		 250 aa  224  7e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4052  triosephosphate isomerase  48.57 
 
 		 255 aa  224  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1422  triosephosphate isomerase  58.82 
 
 		 242 aa  223  2e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0238  triosephosphate isomerase  48.99 
 
 		 249 aa  223  2e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2243  triosephosphate isomerase  47.7 
 
 		 265 aa  223  2e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0304  Triose-phosphate isomerase  49.59 
 
 		 257 aa  223  3e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>