More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4065 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  86.77 
 
 
393 aa  671    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
391 aa  798    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  80.44 
 
 
389 aa  624  1e-178  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  71.69 
 
 
389 aa  575  1.0000000000000001e-163  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  72.5 
 
 
397 aa  562  1.0000000000000001e-159  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  33.92 
 
 
397 aa  197  2.0000000000000003e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
397 aa  189  1e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  30.71 
 
 
394 aa  160  3e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.09 
 
 
410 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  28.97 
 
 
385 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.9 
 
 
403 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.3 
 
 
420 aa  122  7e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  26.34 
 
 
443 aa  104  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  25.54 
 
 
408 aa  101  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  26.92 
 
 
402 aa  98.2  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  26.39 
 
 
437 aa  96.7  6e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.49 
 
 
426 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.95 
 
 
438 aa  94.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  25.99 
 
 
444 aa  91.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  25.23 
 
 
441 aa  91.3  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  25.23 
 
 
441 aa  90.9  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.36 
 
 
424 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 
403 aa  90.1  7e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 
387 aa  89.7  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 
385 aa  89.7  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 
385 aa  89.7  9e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.5 
 
 
426 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  25.33 
 
 
442 aa  87.8  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  25.41 
 
 
427 aa  87.4  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 
387 aa  86.7  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  25.63 
 
 
426 aa  86.7  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.56 
 
 
429 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.37 
 
 
404 aa  85.9  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  25.43 
 
 
428 aa  84.3  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 
411 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
411 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  22.84 
 
 
429 aa  84  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.91 
 
 
425 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  24.07 
 
 
441 aa  83.2  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  22.84 
 
 
429 aa  82.8  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 
390 aa  82.8  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
384 aa  82.4  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  32.43 
 
 
406 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
459 aa  80.5  0.00000000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
411 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 
376 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.33 
 
 
407 aa  79  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  22.49 
 
 
399 aa  78.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  23.59 
 
 
426 aa  78.6  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.95 
 
 
444 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  24.06 
 
 
392 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  25.57 
 
 
443 aa  77  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  25.48 
 
 
440 aa  77  0.0000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
411 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  25.73 
 
 
386 aa  76.3  0.0000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 
386 aa  76.3  0.0000000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  23.42 
 
 
444 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  27.97 
 
 
444 aa  75.9  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  24.58 
 
 
410 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  21.74 
 
 
388 aa  75.5  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.78 
 
 
392 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  25 
 
 
409 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 
364 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  24.54 
 
 
438 aa  75.1  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  23.67 
 
 
445 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
392 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 
410 aa  75.5  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  24.06 
 
 
389 aa  75.5  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  31.89 
 
 
406 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  22.44 
 
 
415 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  26.51 
 
 
426 aa  74.7  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  32.1 
 
 
409 aa  74.3  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
409 aa  74.7  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  22.25 
 
 
414 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  27.44 
 
 
409 aa  73.9  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  23.16 
 
 
446 aa  73.9  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  23.67 
 
 
445 aa  73.6  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  25.77 
 
 
382 aa  73.6  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  32.72 
 
 
406 aa  73.6  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  23.51 
 
 
444 aa  73.6  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
407 aa  73.2  0.000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  27.8 
 
 
409 aa  73.2  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 
401 aa  73.2  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
377 aa  73.2  0.000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  24.26 
 
 
410 aa  72.8  0.000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
453 aa  72.8  0.00000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  24.68 
 
 
426 aa  72.4  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  21.59 
 
 
415 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 
406 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  24.3 
 
 
386 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  23.38 
 
 
402 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  22.14 
 
 
408 aa  71.6  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 
398 aa  71.6  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4013  extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 
391 aa  71.2  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  24.3 
 
 
449 aa  70.9  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  23.23 
 
 
441 aa  71.2  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
406 aa  71.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  24.26 
 
 
401 aa  71.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  21.92 
 
 
418 aa  71.2  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  25.31 
 
 
410 aa  71.2  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.112312 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>