More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4852 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 262 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  97.33 
 
 		 262 aa  507  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  88.55 
 
 		 262 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  72.9 
 
 		 262 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  56.18 
 
 		 270 aa  299  3e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  51.63 
 
 		 252 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 		 483 aa  126  4.0000000000000003e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  39.16 
 
 		 264 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  28.37 
 
 		 259 aa  96.3  5e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  32.51 
 
 		 260 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  28.34 
 
 		 262 aa  95.1  9e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  35.26 
 
 		 260 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.98 
 
 		 243 aa  92.8  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  31.89 
 
 		 251 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  27.52 
 
 		 258 aa  91.3  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 		 258 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.42 
 
 		 255 aa  90.5  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 		 457 aa  89.4  6e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  27.98 
 
 		 252 aa  89  7e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2573  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 		 280 aa  85.9  6e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000612077  hitchhiker  0.000188073 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 		 270 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  26.05 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  29.52 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  29.44 
 
 		 254 aa  82.8  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 258 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  26.15 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  29.38 
 
 		 264 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  28.49 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  25.61 
 
 		 264 aa  78.6  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 265 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  30.05 
 
 		 288 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  27.07 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  30.3 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  32.93 
 
 		 258 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 269 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  28.51 
 
 		 247 aa  75.5  0.0000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  32.34 
 
 		 258 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  30.17 
 
 		 257 aa  75.1  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 		 236 aa  74.7  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  29.7 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.48 
 
 		 262 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  29.02 
 
 		 264 aa  72.8  0.000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  26.26 
 
 		 264 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  26.26 
 
 		 264 aa  72.4  0.000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0527  hypothetical protein  27.8 
 
 		 261 aa  72.4  0.000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 246 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  26.26 
 
 		 264 aa  72.4  0.000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3391  putative PAS/PAC sensor protein  23.46 
 
 		 1301 aa  71.6  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0258089  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  24.52 
 
 		 270 aa  72  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  24.14 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  29.89 
 
 		 247 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  26.26 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0594  hypothetical protein  29.89 
 
 		 245 aa  70.1  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.744113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0574  putative cation efflux protein  22.18 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0793473  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  27.93 
 
 		 266 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 		 272 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1047  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 		 256 aa  69.3  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.519655  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  28.8 
 
 		 255 aa  69.3  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.73 
 
 		 266 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 		 272 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  28.51 
 
 		 248 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 		 272 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 		 266 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.87 
 
 		 263 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54230  hypothetical protein  28.23 
 
 		 250 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.638501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2779  amino acid ABC transporter  23.92 
 
 		 269 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 		 286 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  31.93 
 
 		 312 aa  66.6  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  26.04 
 
 		 264 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1503  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  22.84 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 		 245 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 		 256 aa  64.7  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1419  hypothetical protein  29.31 
 
 		 268 aa  65.1  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1329  extracellular solute-binding protein  20.82 
 
 		 253 aa  64.7  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 		 275 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  21.99 
 
 		 251 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2926  extracellular solute-binding protein  23.01 
 
 		 258 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.441987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 262 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2283  ABC transporter  29.08 
 
 		 250 aa  62.4  0.000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  26.59 
 
 		 293 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2873  hypothetical protein  28.48 
 
 		 267 aa  62.4  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0466901  normal  0.646305 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0526  hypothetical protein  24.35 
 
 		 268 aa  62  0.000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.130395 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1574  ABC transporter  26.97 
 
 		 259 aa  62  0.000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00475707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 241 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  24.53 
 
 		 273 aa  61.6  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1339  extracellular solute-binding protein  19.18 
 
 		 253 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1741  conserved hypothetical ABC transporter protein  28.22 
 
 		 248 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497041  hitchhiker  0.00104039 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2644  ABC transporter  28.22 
 
 		 248 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.99 
 
 		 265 aa  62  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2719  ABC transporter  28.22 
 
 		 248 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.860262 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2605  ABC transporter  28.71 
 
 		 248 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0388  hypothetical protein  32.64 
 
 		 274 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.333934 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.73 
 
 		 245 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  28.19 
 
 		 245 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 258 aa  61.2  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  20.58 
 
 		 253 aa  60.8  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0201  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 266 aa  60.8  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.87 
 
 		 253 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2944  hypothetical protein  28.12 
 
 		 246 aa  60.8  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3338  amino acid ABC transporter  25.12 
 
 		 260 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>