109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4250 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 		 251 aa  507  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  81.28 
 
 		 250 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  80.95 
 
 		 250 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  70.12 
 
 		 251 aa  377  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  66 
 
 		 269 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  67.21 
 
 		 251 aa  350  1e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  61.35 
 
 		 251 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  58.96 
 
 		 251 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  58.96 
 
 		 251 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  54.95 
 
 		 248 aa  275  7e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  54.95 
 
 		 248 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  51.68 
 
 		 244 aa  265  5e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  43.87 
 
 		 248 aa  199  3e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  34.89 
 
 		 252 aa  162  5.0000000000000005e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  37.1 
 
 		 247 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  37.84 
 
 		 242 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  34.44 
 
 		 254 aa  146  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  34.25 
 
 		 256 aa  119  6e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  31.5 
 
 		 248 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  32.71 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  35.81 
 
 		 483 aa  112  6e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  31.71 
 
 		 321 aa  106  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.08 
 
 		 247 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  29.7 
 
 		 632 aa  102  7e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 		 260 aa  101  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  30.04 
 
 		 238 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  32.44 
 
 		 236 aa  100  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  30.04 
 
 		 237 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 		 255 aa  98.6  9e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.48 
 
 		 255 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  26.22 
 
 		 257 aa  95.5  7e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 257 aa  94.7  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  26.79 
 
 		 255 aa  93.6  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  25.89 
 
 		 257 aa  94  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  25.89 
 
 		 257 aa  93.6  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 		 262 aa  93.2  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28.24 
 
 		 228 aa  93.6  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 255 aa  92  7e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 		 275 aa  91.7  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  28.02 
 
 		 251 aa  90.9  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 		 265 aa  89.4  5e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 257 aa  89.4  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  29.22 
 
 		 265 aa  88.2  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  27.64 
 
 		 258 aa  87.8  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  24.31 
 
 		 255 aa  85.9  6e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  28.75 
 
 		 271 aa  85.5  7e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 		 238 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  28.84 
 
 		 268 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 		 255 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  28.82 
 
 		 248 aa  82  0.000000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 		 265 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 		 244 aa  80.9  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  28.84 
 
 		 252 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  28.84 
 
 		 265 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.46 
 
 		 235 aa  77.4  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 263 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  27.84 
 
 		 264 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  27.63 
 
 		 264 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  27.84 
 
 		 264 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  27.78 
 
 		 264 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2027  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.65 
 
 		 275 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.360228 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  28.63 
 
 		 264 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 244 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.89 
 
 		 401 aa  67.8  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  28.21 
 
 		 264 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  27.19 
 
 		 264 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  27.59 
 
 		 248 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  24.34 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  24.89 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  27.6 
 
 		 251 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.89 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  25 
 
 		 254 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  23.28 
 
 		 259 aa  55.5  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  20.44 
 
 		 295 aa  55.5  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.67 
 
 		 1047 aa  54.7  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  22.32 
 
 		 262 aa  55.1  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  22.36 
 
 		 260 aa  53.9  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.32 
 
 		 1047 aa  54.3  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  22.04 
 
 		 269 aa  52.8  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 		 262 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  25.7 
 
 		 570 aa  52.8  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 		 263 aa  52  0.000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.4 
 
 		 255 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0123  hypothetical protein  24.84 
 
 		 263 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.289179 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  23.68 
 
 		 286 aa  51.2  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  21.6 
 
 		 262 aa  49.3  0.00006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 252 aa  48.1  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  21.17 
 
 		 275 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1454  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.96 
 
 		 265 aa  47.4  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00353635  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1645  metal dependent phosphohydrolase  21.05 
 
 		 615 aa  47.4  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1688  metal dependent phosphohydrolase  26.7 
 
 		 648 aa  47.4  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 		 252 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  22.48 
 
 		 268 aa  45.8  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2275  cellulose-binding family II protein  23.84 
 
 		 405 aa  45.8  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.423052 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  23.05 
 
 		 251 aa  45.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 		 270 aa  45.4  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2954  hypothetical protein  24.88 
 
 		 244 aa  44.7  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.88 
 
 		 1055 aa  44.3  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1574  ABC transporter  26.42 
 
 		 259 aa  44.3  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00475707  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>