More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2152 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  49.64 
 
 		 763 aa  660    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  100 
 
 		 720 aa  1461    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  47.89 
 
 		 759 aa  666    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  48.11 
 
 		 763 aa  677    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  49.24 
 
 		 777 aa  653    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  48.31 
 
 		 737 aa  627  1e-178  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  49.05 
 
 		 752 aa  623  1e-177  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  47.75 
 
 		 737 aa  619  1e-176  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  42.9 
 
 		 758 aa  575  1.0000000000000001e-162  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  42.43 
 
 		 762 aa  574  1.0000000000000001e-162  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  40.03 
 
 		 814 aa  549  1e-155  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  40.69 
 
 		 716 aa  549  1e-155  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  42.17 
 
 		 706 aa  549  1e-155  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  39.6 
 
 		 806 aa  547  1e-154  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  39.75 
 
 		 808 aa  547  1e-154  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  39.75 
 
 		 804 aa  548  1e-154  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  39.75 
 
 		 810 aa  547  1e-154  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  39.75 
 
 		 806 aa  548  1e-154  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  39.75 
 
 		 808 aa  547  1e-154  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  39.6 
 
 		 806 aa  546  1e-154  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  39.89 
 
 		 812 aa  548  1e-154  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  39.6 
 
 		 808 aa  547  1e-154  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  41.44 
 
 		 828 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  39.46 
 
 		 792 aa  541  9.999999999999999e-153  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  39.94 
 
 		 751 aa  533  1e-150  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  42.02 
 
 		 937 aa  531  1e-149  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  39.51 
 
 		 751 aa  529  1e-149  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  40.29 
 
 		 877 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  42.67 
 
 		 1055 aa  522  1e-147  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  40.19 
 
 		 801 aa  521  1e-146  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  40.89 
 
 		 861 aa  516  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  40.61 
 
 		 906 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  40.08 
 
 		 877 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  40.44 
 
 		 876 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  40.65 
 
 		 907 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  42.78 
 
 		 886 aa  512  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  42.78 
 
 		 812 aa  512  1e-144  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  42.78 
 
 		 896 aa  513  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  40.66 
 
 		 818 aa  513  1e-144  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  42.78 
 
 		 838 aa  514  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  42.78 
 
 		 838 aa  514  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  40.06 
 
 		 788 aa  514  1e-144  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  42.78 
 
 		 838 aa  514  1e-144  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  42.78 
 
 		 896 aa  513  1e-144  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  37.95 
 
 		 706 aa  510  1e-143  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  41.19 
 
 		 726 aa  509  1e-143  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  41.19 
 
 		 726 aa  510  1e-143  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  42.92 
 
 		 895 aa  511  1e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  40.54 
 
 		 722 aa  512  1e-143  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  41.58 
 
 		 864 aa  511  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  37.31 
 
 		 792 aa  506  9.999999999999999e-143  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  41.32 
 
 		 755 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  41.17 
 
 		 871 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  41.07 
 
 		 840 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  39.4 
 
 		 757 aa  503  1e-141  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  39.94 
 
 		 857 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  41.67 
 
 		 715 aa  504  1e-141  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  42.14 
 
 		 827 aa  504  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  42.07 
 
 		 848 aa  504  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  42.14 
 
 		 827 aa  504  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  42.14 
 
 		 827 aa  504  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  39.94 
 
 		 857 aa  502  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  39.94 
 
 		 857 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  42 
 
 		 828 aa  501  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  42.26 
 
 		 803 aa  499  1e-140  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  40.83 
 
 		 833 aa  499  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  40.08 
 
 		 859 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  39.69 
 
 		 805 aa  496  1e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  41.17 
 
 		 817 aa  498  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  41.39 
 
 		 833 aa  496  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  37.27 
 
 		 790 aa  496  1e-139  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  41.86 
 
 		 817 aa  495  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  39.43 
 
 		 829 aa  496  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  39.46 
 
 		 705 aa  496  1e-139  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  41.86 
 
 		 817 aa  496  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  37.27 
 
 		 790 aa  496  1e-139  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  39.19 
 
 		 808 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  40.55 
 
 		 735 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  42.42 
 
 		 818 aa  495  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  38.9 
 
 		 808 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  39.19 
 
 		 808 aa  495  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  40.22 
 
 		 870 aa  489  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  38.61 
 
 		 817 aa  489  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  39.5 
 
 		 876 aa  489  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  37.39 
 
 		 736 aa  490  1e-137  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  40.42 
 
 		 815 aa  487  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  39.34 
 
 		 807 aa  487  1e-136  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  39.77 
 
 		 722 aa  486  1e-136  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  37.94 
 
 		 749 aa  486  1e-136  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  39.04 
 
 		 809 aa  488  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  39.03 
 
 		 807 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  40.58 
 
 		 758 aa  485  1e-135  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  38.71 
 
 		 826 aa  483  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  39.17 
 
 		 807 aa  485  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  39.17 
 
 		 807 aa  485  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  39.01 
 
 		 810 aa  483  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  39.05 
 
 		 824 aa  483  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  39.45 
 
 		 758 aa  483  1e-135  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  39.17 
 
 		 807 aa  485  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  38.46 
 
 		 819 aa  484  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>