More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mflv_1828 on replicon NC_009338
Organism: Mycobacterium gilvum PYR-GCK



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  52.06 
 
 		 831 aa  752    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  47.88 
 
 		 797 aa  712    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  81.83 
 
 		 758 aa  1257    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  68.38 
 
 		 759 aa  1065    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.45 
 
 		 778 aa  732    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 766 aa  1553    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  48.59 
 
 		 816 aa  664    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  81.83 
 
 		 758 aa  1257    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  84.11 
 
 		 763 aa  1319    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  81.83 
 
 		 758 aa  1257    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  45.14 
 
 		 852 aa  622  1e-177  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.03 
 
 		 858 aa  606  9.999999999999999e-173  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  42.25 
 
 		 847 aa  594  1e-168  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  43.2 
 
 		 878 aa  570  1e-161  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  41.57 
 
 		 828 aa  564  1.0000000000000001e-159  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  41.39 
 
 		 845 aa  559  1e-158  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  46.15 
 
 		 495 aa  384  1e-105  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  44.4 
 
 		 477 aa  351  3e-95  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  42.04 
 
 		 815 aa  339  9.999999999999999e-92  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  37.5 
 
 		 863 aa  290  9e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  36.67 
 
 		 867 aa  282  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  35.78 
 
 		 861 aa  281  3e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  35.92 
 
 		 877 aa  278  3e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  37.07 
 
 		 837 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  36.43 
 
 		 834 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  35.02 
 
 		 855 aa  275  2.0000000000000002e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  36.74 
 
 		 840 aa  273  7e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  37.64 
 
 		 871 aa  271  2.9999999999999997e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  36.24 
 
 		 871 aa  270  8e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  48.64 
 
 		 304 aa  268  2e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  37.27 
 
 		 837 aa  269  2e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  35.9 
 
 		 872 aa  264  4e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  38.02 
 
 		 436 aa  263  1e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  36.55 
 
 		 847 aa  262  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  35.18 
 
 		 815 aa  261  2e-68  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  35.54 
 
 		 851 aa  260  8e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  36.33 
 
 		 847 aa  260  8e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  35.21 
 
 		 818 aa  259  2e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  34.41 
 
 		 833 aa  253  7e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  33.01 
 
 		 813 aa  253  1e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  34.34 
 
 		 833 aa  251  5e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  35.71 
 
 		 534 aa  249  1e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  35.01 
 
 		 848 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  33.4 
 
 		 833 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  33.27 
 
 		 822 aa  243  1e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.37 
 
 		 303 aa  242  2e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  34.14 
 
 		 825 aa  241  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  36.01 
 
 		 846 aa  239  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  33.65 
 
 		 832 aa  237  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  32.42 
 
 		 865 aa  235  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  43.41 
 
 		 321 aa  234  3e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  45.42 
 
 		 302 aa  234  5e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  44.07 
 
 		 302 aa  234  5e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  43.05 
 
 		 303 aa  232  2e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.67 
 
 		 302 aa  228  4e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  34.48 
 
 		 868 aa  228  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  34.67 
 
 		 868 aa  226  1e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  34.46 
 
 		 896 aa  221  3.9999999999999997e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  33.08 
 
 		 817 aa  213  7.999999999999999e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  40.48 
 
 		 305 aa  211  3e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  42.21 
 
 		 293 aa  211  3e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  38.7 
 
 		 352 aa  210  8e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  39.52 
 
 		 306 aa  209  2e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  41.18 
 
 		 292 aa  204  4e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  32.12 
 
 		 825 aa  204  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  43.38 
 
 		 316 aa  201  3.9999999999999996e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  40.85 
 
 		 656 aa  196  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  31.64 
 
 		 837 aa  195  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  38.57 
 
 		 301 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  36.72 
 
 		 376 aa  189  2e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  42.41 
 
 		 305 aa  189  2e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  38.2 
 
 		 608 aa  188  3e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2121  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.54 
 
 		 306 aa  188  3e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.368093  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  35.94 
 
 		 896 aa  187  9e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  39.52 
 
 		 644 aa  184  4.0000000000000006e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  41.56 
 
 		 313 aa  184  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  41.23 
 
 		 313 aa  184  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  41.23 
 
 		 313 aa  181  4e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  38.41 
 
 		 351 aa  181  4.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  39.02 
 
 		 684 aa  178  4e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  38.28 
 
 		 895 aa  176  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  39.24 
 
 		 856 aa  173  1e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  36.73 
 
 		 316 aa  173  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  38.25 
 
 		 658 aa  172  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  40.83 
 
 		 1001 aa  172  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  39.3 
 
 		 683 aa  170  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  40.07 
 
 		 954 aa  169  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  36.66 
 
 		 311 aa  169  2e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  33.65 
 
 		 902 aa  169  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  34.15 
 
 		 882 aa  168  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  40.28 
 
 		 940 aa  168  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  37.46 
 
 		 845 aa  168  4e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  41.16 
 
 		 312 aa  167  5e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  39.68 
 
 		 313 aa  167  5e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  38.98 
 
 		 311 aa  167  8e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  37.5 
 
 		 350 aa  167  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  36.66 
 
 		 883 aa  167  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  37 
 
 		 603 aa  166  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  36.64 
 
 		 658 aa  166  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  33.68 
 
 		 303 aa  165  3e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>