144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0227 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  100 
 
 
395 aa  815  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  49.74 
 
 
428 aa  205  1e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  33.98 
 
 
399 aa  199  9e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  38.44 
 
 
413 aa  167  4e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  32.1 
 
 
394 aa  156  7e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  48.82 
 
 
590 aa  155  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.89 
 
 
401 aa  155  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  28.81 
 
 
400 aa  150  5e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.03 
 
 
419 aa  144  3e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  31.05 
 
 
395 aa  143  5e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  33.23 
 
 
500 aa  134  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  33.68 
 
 
363 aa  130  5e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  36.99 
 
 
392 aa  122  8e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  24.84 
 
 
501 aa  96.3  9e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.32 
 
 
408 aa  92.8  9e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  23.79 
 
 
453 aa  92  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  24.89 
 
 
587 aa  90.1  7e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.95 
 
 
477 aa  89.7  8e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  27.52 
 
 
364 aa  89  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  23.21 
 
 
402 aa  88.2  2e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.91 
 
 
388 aa  87.4  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  22.22 
 
 
396 aa  85.9  1e-15  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  6.81459e-08  hitchhiker  1.69581e-06 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  25.12 
 
 
397 aa  85.5  1e-15  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  24.04 
 
 
426 aa  84.3  3e-15  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  24.56 
 
 
390 aa  81.6  2e-14  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  2.69296e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  23.08 
 
 
456 aa  81.6  2e-14  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  26.47 
 
 
422 aa  80.1  6e-14  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  22.12 
 
 
438 aa  77  5e-13  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.17 
 
 
417 aa  76.6  7e-13  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.83293e-08 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.01 
 
 
442 aa  75.1  2e-12  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  22.81 
 
 
460 aa  74.3  3e-12  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  22.6 
 
 
495 aa  73.6  5e-12  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.86 
 
 
457 aa  73.6  7e-12  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.11 
 
 
520 aa  72  2e-11  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  24.45 
 
 
476 aa  72  2e-11  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  24.77 
 
 
834 aa  69.3  1e-10  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  19.34 
 
 
418 aa  69.3  1e-10  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.98 
 
 
406 aa  69.3  1e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.89 
 
 
422 aa  68.6  2e-10  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  24.64 
 
 
425 aa  67.4  4e-10  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  23.48 
 
 
477 aa  66.6  7e-10  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.46 
 
 
427 aa  66.2  1e-09  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  25.48 
 
 
364 aa  66.2  1e-09  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.94 
 
 
453 aa  65.5  1e-09  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.23 
 
 
565 aa  65.1  2e-09  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  21.73 
 
 
427 aa  65.5  2e-09  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  23.81 
 
 
437 aa  63.9  5e-09  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.61 
 
 
413 aa  63.9  5e-09  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  24.31 
 
 
420 aa  62  2e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.49 
 
 
237 aa  60.8  4e-08  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  21.63 
 
 
432 aa  60.8  4e-08  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  22.22 
 
 
417 aa  60.5  5e-08  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  22.54 
 
 
363 aa  60.5  5e-08  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  1.24976e-07  hitchhiker  5.73897e-07 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  26.32 
 
 
616 aa  60.1  7e-08  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  26.94 
 
 
391 aa  59.7  8e-08  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  23.94 
 
 
382 aa  59.7  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  21.38 
 
 
444 aa  59.3  1e-07  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  24.03 
 
 
447 aa  58.9  1e-07  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  22.97 
 
 
846 aa  58.9  1e-07  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  21.55 
 
 
393 aa  58.5  2e-07  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  24.15 
 
 
403 aa  58.9  2e-07  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  1.92379e-05 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  24.66 
 
 
368 aa  58.9  2e-07  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  22.27 
 
 
456 aa  58.9  2e-07  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.66 
 
 
423 aa  57.4  4e-07  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  23.08 
 
 
435 aa  56.6  7e-07  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.85 
 
 
424 aa  56.6  7e-07  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  22.01 
 
 
439 aa  56.6  7e-07  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  23.53 
 
 
387 aa  56.6  8e-07  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  23.56 
 
 
557 aa  55.8  1e-06  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  24.42 
 
 
450 aa  56.2  1e-06  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.09 
 
 
464 aa  56.2  1e-06  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  23.38 
 
 
435 aa  55.8  1e-06  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  1.59098e-06 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1851  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27.27 
 
 
194 aa  55.5  2e-06  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  21.61 
 
 
392 aa  55.1  2e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  22.98 
 
 
439 aa  55.5  2e-06  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  26.29 
 
 
511 aa  54.7  3e-06  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.73 
 
 
401 aa  54.3  3e-06  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  24.76 
 
 
400 aa  54.7  3e-06  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  25.64 
 
 
411 aa  54.3  3e-06  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1852  anti-codon nuclease masking agent  28.19 
 
 
165 aa  54.3  3e-06  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  26.09 
 
 
410 aa  54.3  4e-06  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  22.6 
 
 
441 aa  53.9  5e-06  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  23.66 
 
 
418 aa  53.5  6e-06  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  24.72 
 
 
414 aa  53.5  6e-06  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  23.21 
 
 
385 aa  52.4  1e-05  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  21.43 
 
 
492 aa  52.8  1e-05  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.41 
 
 
400 aa  52  2e-05  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  26.78 
 
 
416 aa  52  2e-05  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  25.11 
 
 
556 aa  51.2  3e-05  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  22.41 
 
 
393 aa  51.6  3e-05  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  25.57 
 
 
402 aa  51.2  3e-05  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  36.99 
 
 
392 aa  50.8  4e-05  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  28.41 
 
 
528 aa  50.8  4e-05  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1411  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.14 
 
 
382 aa  50.4  5e-05  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.202691  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.62 
 
 
495 aa  50.1  6e-05  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  20.06 
 
 
549 aa  50.1  7e-05  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.72 
 
 
388 aa  49.7  8e-05  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  19.81 
 
 
433 aa  49.7  8e-05  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  20.76 
 
 
420 aa  49.7  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25.42 
 
 
436 aa  49.3  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>