More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4876 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  35.99 
 
 		 1148 aa  671    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  35.99 
 
 		 1164 aa  669    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  36.48 
 
 		 1148 aa  637    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  42.44 
 
 		 1157 aa  822    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1399  transcription-repair coupling factor  37.28 
 
 		 1171 aa  639    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.779162  normal  0.977146 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1561  transcription repair coupling factor  38.17 
 
 		 1160 aa  645    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.224407  normal  0.305942 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  36.8 
 
 		 1168 aa  667    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  37.51 
 
 		 1147 aa  672    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  40.35 
 
 		 1246 aa  690    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  43.23 
 
 		 1176 aa  653    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  34.68 
 
 		 1207 aa  665    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  35.77 
 
 		 1148 aa  672    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  34.71 
 
 		 1164 aa  662    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3640  transcription-repair coupling factor  37.34 
 
 		 1170 aa  673    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  43.23 
 
 		 1176 aa  652    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  43.23 
 
 		 1178 aa  652    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  43.23 
 
 		 1176 aa  652    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1500  transcription-repair coupling factor  37.43 
 
 		 1163 aa  650    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0625318 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  36.09 
 
 		 1153 aa  678    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.51 
 
 		 1153 aa  688    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  43.89 
 
 		 1176 aa  667    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1484  transcription-repair coupling factor  35.24 
 
 		 1243 aa  644    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.704172  normal  0.0864414 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  36.07 
 
 		 1147 aa  653    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2619  transcription-repair coupling factor  38.04 
 
 		 1155 aa  679    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  35.61 
 
 		 1160 aa  673    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1636  transcription-repair coupling factor  34.81 
 
 		 1271 aa  645    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000538763  hitchhiker  0.00597332 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  37.9 
 
 		 1146 aa  660    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  37.54 
 
 		 1174 aa  672    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  38.2 
 
 		 1169 aa  727    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1155 aa  677    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  37.08 
 
 		 1158 aa  684    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  35.25 
 
 		 1179 aa  672    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2850  transcription-repair coupling factor (helicase)  37.94 
 
 		 1165 aa  657    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.74664  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  40.02 
 
 		 1161 aa  805    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  43.59 
 
 		 1176 aa  651    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4359  transcription-repair coupling factor  37.46 
 
 		 1174 aa  677    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281858  normal  0.0471962 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1443  transcription-repair coupling factor  37.94 
 
 		 1165 aa  655    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0802912 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  41.91 
 
 		 1158 aa  870    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1598  transcription-repair coupling factor  35.52 
 
 		 1148 aa  644    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000129728  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  34.98 
 
 		 1159 aa  673    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  43.23 
 
 		 1176 aa  652    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1569  transcription-repair coupling factor  38.54 
 
 		 1184 aa  684    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.878317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  35.46 
 
 		 1163 aa  657    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  35.76 
 
 		 1156 aa  675    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1726  transcription-repair coupling factor  37.27 
 
 		 1177 aa  652    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  35.02 
 
 		 1165 aa  708    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  37.34 
 
 		 1171 aa  695    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4332  transcription-repair coupling factor  41.84 
 
 		 1241 aa  795    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0186143  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  35.99 
 
 		 1148 aa  670    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  37.36 
 
 		 1171 aa  681    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  37.54 
 
 		 1164 aa  671    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  37.68 
 
 		 1176 aa  674    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3081  transcription-repair coupling factor  38.68 
 
 		 1171 aa  660    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195799  normal  0.080304 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  35.75 
 
 		 1153 aa  679    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  37.68 
 
 		 1172 aa  669    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  36.3 
 
 		 1134 aa  686    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.32 
 
 		 1157 aa  693    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  37.44 
 
 		 1174 aa  774    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  36.51 
 
 		 1179 aa  653    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 		 1172 aa  687    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  36.6 
 
 		 1150 aa  668    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  37.83 
 
 		 1173 aa  671    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1664  transcription-repair coupling factor  35.15 
 
 		 1243 aa  646    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200808 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1706  transcription-repair coupling factor  35.44 
 
 		 1148 aa  642    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.43136  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.32 
 
 		 1157 aa  694    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  37.92 
 
 		 1149 aa  650    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  35.71 
 
 		 1178 aa  708    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  36.49 
 
 		 1137 aa  657    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  35.65 
 
 		 1157 aa  652    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  37.71 
 
 		 1173 aa  688    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  35.05 
 
 		 1160 aa  664    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  38.09 
 
 		 1167 aa  636    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  35.82 
 
 		 1162 aa  637    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  32.89 
 
 		 1162 aa  701    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  33.25 
 
 		 1162 aa  704    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  35.99 
 
 		 1148 aa  668    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2511  transcription-repair coupling factor  36.08 
 
 		 1165 aa  640    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00100471  normal  0.47703 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  34.73 
 
 		 1160 aa  659    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  34.66 
 
 		 1160 aa  660    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  38.33 
 
 		 1166 aa  691    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  34.69 
 
 		 1178 aa  641    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  38.51 
 
 		 1147 aa  677    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  38.44 
 
 		 1172 aa  696    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  41.19 
 
 		 1159 aa  867    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  36.13 
 
 		 1162 aa  638    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000829473  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4163  transcription-repair coupling factor  37.56 
 
 		 1196 aa  669    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  35.14 
 
 		 1162 aa  663    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  41.53 
 
 		 1179 aa  639    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  35.65 
 
 		 1176 aa  648    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4478  transcription-repair coupling factor  42.91 
 
 		 1229 aa  823    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.419935 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  35.96 
 
 		 1148 aa  640    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  39.88 
 
 		 1189 aa  758    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  38.71 
 
 		 1198 aa  723    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  34.58 
 
 		 1160 aa  660    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  38.56 
 
 		 1265 aa  667    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  40.59 
 
 		 1177 aa  868    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2864  transcription-repair coupling factor  35.44 
 
 		 1148 aa  643    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0829666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  38.21 
 
 		 1224 aa  657    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  36.84 
 
 		 1155 aa  664    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  34.33 
 
 		 1157 aa  638    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>