More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0278 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2360  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  76.8 
 
 
446 aa  707  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.28939 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0278  WD40 domain-containing protein  100 
 
 
463 aa  948  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  6.05867e-06  unclonable  1.00324e-05 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0858  WD40 domain protein beta Propeller  64.03 
 
 
439 aa  570  1e-161  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  3.15652e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3632  tolB protein, putative  55.91 
 
 
441 aa  522  1e-147  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  2.31281e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0588  WD40 domain protein beta Propeller  46.68 
 
 
439 aa  396  1e-109  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000301748  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1585  WD40 domain protein beta Propeller  44.06 
 
 
437 aa  388  1e-106  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.637887  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  28.64 
 
 
443 aa  204  3e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0614  TolB protein, putative  28.99 
 
 
449 aa  176  7e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00377452  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2210  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  29.52 
 
 
438 aa  169  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  7.69838e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0747  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  27.27 
 
 
444 aa  166  8e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  2.57607e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0750  WD40 domain protein beta Propeller  32.37 
 
 
441 aa  165  1e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  2.57042e-08  normal  0.0548288 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  29.35 
 
 
440 aa  160  6e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2161  WD40 domain protein beta Propeller  28.57 
 
 
440 aa  159  9e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  4.1437e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  28.16 
 
 
427 aa  156  8e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  3.81605e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0859  WD40 domain-containing protein  29.57 
 
 
442 aa  155  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.318178  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  29.2 
 
 
457 aa  152  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  26.16 
 
 
432 aa  141  2e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1711  WD40 domain protein beta Propeller  28.91 
 
 
444 aa  140  7e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  7.50977e-07  decreased coverage  9.15698e-05 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  26.94 
 
 
441 aa  137  3e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  26.73 
 
 
407 aa  136  6e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  26.98 
 
 
430 aa  136  6e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  26.13 
 
 
407 aa  135  1e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  2.66488e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0133  WD40 domain protein beta Propeller  31.87 
 
 
445 aa  134  4e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  27.95 
 
 
429 aa  133  8e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.0948e-15  normal 
 
 
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  25.28 
 
 
425 aa  131  2e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  25.85 
 
 
438 aa  131  2e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  28.24 
 
 
432 aa  130  6e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  3.36659e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  26.52 
 
 
443 aa  130  6e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  26.52 
 
 
440 aa  129  1e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  24.7 
 
 
435 aa  128  2e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  4.01957e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  25.6 
 
 
421 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  25.75 
 
 
429 aa  127  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  28.79 
 
 
435 aa  126  8e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  25.34 
 
 
426 aa  124  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  30.5 
 
 
442 aa  124  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.37237e-05  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  30.5 
 
 
442 aa  124  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  7.51795e-08  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  26.12 
 
 
428 aa  124  4e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  30.5 
 
 
442 aa  124  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.71266e-07  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  28.41 
 
 
436 aa  123  6e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  27.27 
 
 
450 aa  123  7e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0694  TolB domain protein  26.12 
 
 
434 aa  122  9e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659148  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0693  TolB domain protein  26.12 
 
 
434 aa  122  2e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.180783  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0659  TolB-like protein  25.86 
 
 
434 aa  121  2e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.481566  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  29.09 
 
 
441 aa  121  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  8.32022e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3889  translocation protein TolB  27.16 
 
 
431 aa  121  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.53422  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0694  translocation protein TolB  26.87 
 
 
431 aa  121  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125399  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  29.18 
 
 
442 aa  120  4e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  26.96 
 
 
421 aa  120  4e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  29.79 
 
 
442 aa  120  4e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  1.08344e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0677  translocation protein TolB  26.87 
 
 
431 aa  120  4e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0769  translocation protein TolB  26.87 
 
 
431 aa  120  4e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103724  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  27.91 
 
 
403 aa  120  5e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1394  translocation protein TolB  29.08 
 
 
442 aa  120  6e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.03609e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0800  translocation protein TolB  26.57 
 
 
431 aa  119  8e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665253  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2692  translocation protein TolB  25.4 
 
 
408 aa  119  1e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2587  translocation protein TolB  25.97 
 
 
431 aa  118  2e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  28.72 
 
 
442 aa  118  2e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  9.78843e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  28.72 
 
 
442 aa  118  2e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.49314e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  28.72 
 
 
442 aa  118  2e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  7.14613e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  28.72 
 
 
442 aa  118  2e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.86682e-08  hitchhiker  1.62747e-05 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  27.64 
 
 
424 aa  117  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  26.56 
 
 
422 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  26.56 
 
 
422 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0317  translocation protein TolB  26.27 
 
 
431 aa  117  4e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0520547  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  28.47 
 
 
442 aa  117  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  26.4 
 
 
442 aa  117  6e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  27.68 
 
 
430 aa  116  7e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  24.66 
 
 
439 aa  116  8e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  28.45 
 
 
430 aa  116  1e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  27.4 
 
 
430 aa  116  1e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  24.92 
 
 
427 aa  116  1e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2529  translocation protein TolB  27.4 
 
 
445 aa  114  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  3.20948e-10  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2717  translocation protein TolB  27.38 
 
 
450 aa  114  3e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.599754  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2217  translocation protein TolB  25.36 
 
 
436 aa  114  4e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  29.08 
 
 
441 aa  114  4e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  5.40509e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  25.36 
 
 
432 aa  113  8e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1311  translocation protein TolB  28.4 
 
 
444 aa  113  9e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  25.35 
 
 
428 aa  112  1e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  28.18 
 
 
446 aa  112  1e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  26.77 
 
 
450 aa  112  1e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  27.76 
 
 
440 aa  112  2e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  8.66572e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01564  translocation protein TolB  25.24 
 
 
439 aa  111  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188797  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  25.29 
 
 
432 aa  110  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  28.11 
 
 
442 aa  110  7e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  4.3993e-06 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1068  translocation protein TolB  23.45 
 
 
439 aa  109  9e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.360403  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  28.18 
 
 
451 aa  109  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  25.71 
 
 
415 aa  109  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  4.1462e-08  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  25.44 
 
 
437 aa  108  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  25.31 
 
 
437 aa  108  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  24.6 
 
 
427 aa  108  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0703  TolB domain-containing protein  24.93 
 
 
437 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.408363  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3241  translocation protein TolB  25.07 
 
 
430 aa  107  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.786429  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  25.86 
 
 
434 aa  107  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3203  translocation protein TolB  25.07 
 
 
430 aa  107  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.95129  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3256  translocation protein TolB  25.07 
 
 
463 aa  107  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0949  translocation protein TolB  23.22 
 
 
474 aa  107  7e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.400419  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2322  translocation protein TolB  30.99 
 
 
444 aa  106  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0205331  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0669  translocation protein TolB  30.99 
 
 
444 aa  106  8e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303969  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  25.29 
 
 
441 aa  106  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2661  translocation protein TolB  25.07 
 
 
431 aa  106  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.622452  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>