More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3329 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  100 
 
 		 245 aa  495  1e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  47.7 
 
 		 287 aa  229  3e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  47.08 
 
 		 287 aa  228  7e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  47.28 
 
 		 287 aa  228  7e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  47.28 
 
 		 287 aa  228  7e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  51.9 
 
 		 250 aa  228  9e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  53.57 
 
 		 235 aa  221  6e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  45.31 
 
 		 275 aa  221  7e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  46.03 
 
 		 284 aa  219  3e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  46.03 
 
 		 284 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  46.03 
 
 		 284 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  42.21 
 
 		 256 aa  216  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  45.56 
 
 		 293 aa  216  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  43.72 
 
 		 285 aa  216  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 284 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  45.34 
 
 		 258 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  47.92 
 
 		 270 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  43.51 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  46.19 
 
 		 273 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  42.4 
 
 		 252 aa  210  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  43.46 
 
 		 278 aa  208  5e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  40.24 
 
 		 255 aa  209  5e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  44.19 
 
 		 648 aa  208  6e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  53.37 
 
 		 246 aa  207  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  43.98 
 
 		 252 aa  206  2e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  47.11 
 
 		 261 aa  207  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  44.3 
 
 		 257 aa  202  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  41.35 
 
 		 263 aa  203  3e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  44.3 
 
 		 257 aa  202  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  44.3 
 
 		 257 aa  202  3e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  42.8 
 
 		 266 aa  201  9e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  41 
 
 		 244 aa  199  1.9999999999999998e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  43.64 
 
 		 242 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  43.1 
 
 		 261 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  42.39 
 
 		 261 aa  198  6e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  43.75 
 
 		 225 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  43.1 
 
 		 260 aa  196  3e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  46.12 
 
 		 245 aa  195  7e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  39.75 
 
 		 241 aa  193  2e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  44.8 
 
 		 265 aa  193  3e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  44.05 
 
 		 244 aa  190  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  42.41 
 
 		 228 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  40.59 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  41.45 
 
 		 234 aa  189  4e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  45.57 
 
 		 249 aa  189  4e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  40.59 
 
 		 260 aa  188  7e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  40.59 
 
 		 260 aa  188  7e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  40.59 
 
 		 260 aa  188  7e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  40.59 
 
 		 260 aa  188  7e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  40.59 
 
 		 260 aa  188  7e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  40.59 
 
 		 260 aa  188  7e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  40.59 
 
 		 260 aa  188  7e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  40.59 
 
 		 260 aa  188  7e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  41.84 
 
 		 256 aa  186  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  40 
 
 		 261 aa  186  3e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 258 aa  181  9.000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  40.08 
 
 		 256 aa  180  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  39.33 
 
 		 260 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  39.33 
 
 		 260 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  40.51 
 
 		 256 aa  177  1e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  39.33 
 
 		 260 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  39.33 
 
 		 260 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  39.33 
 
 		 260 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  36.3 
 
 		 304 aa  174  9e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  46.12 
 
 		 319 aa  173  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 242 aa  169  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  47.62 
 
 		 268 aa  169  4e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  47.62 
 
 		 268 aa  169  4e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  42.17 
 
 		 238 aa  163  3e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  44.61 
 
 		 277 aa  161  7e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 253 aa  155  8e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  35.19 
 
 		 541 aa  116  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  33.33 
 
 		 200 aa  110  2.0000000000000002e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  34.27 
 
 		 560 aa  110  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  34.32 
 
 		 303 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  34.89 
 
 		 525 aa  108  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  31.91 
 
 		 327 aa  106  4e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  33.73 
 
 		 578 aa  106  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  34.14 
 
 		 320 aa  104  1e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  33.62 
 
 		 346 aa  103  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02470  conserved hypothetical protein  37.84 
 
 		 520 aa  103  3e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0281406  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.35 
 
 		 354 aa  103  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.08 
 
 		 328 aa  103  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  31.43 
 
 		 331 aa  102  6e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.44 
 
 		 316 aa  102  8e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.17 
 
 		 332 aa  101  8e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  32.37 
 
 		 334 aa  101  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  35.66 
 
 		 339 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  31.42 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  30.74 
 
 		 306 aa  101  1e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  29.92 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  33.74 
 
 		 339 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2080  pseudouridine synthase  38.36 
 
 		 241 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  36.07 
 
 		 339 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.8 
 
 		 332 aa  100  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  36.17 
 
 		 334 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.25 
 
 		 339 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.33 
 
 		 327 aa  100  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0912  pseudouridine synthase, RluA family  32.9 
 
 		 558 aa  100  3e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00634483 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_10250  predicted protein  36.57 
 
 		 243 aa  99.8  4e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0592029  normal  0.114227 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>