More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3052 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_3052  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 2942 aa  5949    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  29.96 
 
 		 1942 aa  305  9e-81  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  28.15 
 
 		 1840 aa  297  2e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  29.44 
 
 		 1917 aa  295  9e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  29.44 
 
 		 1669 aa  290  2e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  26.45 
 
 		 1959 aa  285  1e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  26.41 
 
 		 3027 aa  251  2e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  28.67 
 
 		 1271 aa  233  4e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  27.71 
 
 		 2096 aa  221  2e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  26.04 
 
 		 2035 aa  209  7e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  28.85 
 
 		 1485 aa  194  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  32.65 
 
 		 678 aa  185  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1130  wall-associated protein  32.2 
 
 		 2225 aa  181  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.490053  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  27.77 
 
 		 1352 aa  176  3.9999999999999995e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1253  wall-associated protein  31.37 
 
 		 765 aa  169  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  26.66 
 
 		 1600 aa  169  9e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  24.83 
 
 		 3273 aa  169  1.0000000000000001e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  24.18 
 
 		 3689 aa  168  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1201  wall associated protein, putative  31.68 
 
 		 2246 aa  164  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.491377  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1275  wall-associated protein, putative  31.06 
 
 		 2221 aa  164  3e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3445  wall-associated protein  32 
 
 		 2178 aa  163  5e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.837931  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  25.19 
 
 		 1464 aa  161  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1022  wall-associated protein  32.14 
 
 		 2224 aa  159  8e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1094  wall-associated protein  32.14 
 
 		 2224 aa  159  8e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1178  putative wall-associated protein  31.38 
 
 		 2224 aa  158  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.811104 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  25.52 
 
 		 1953 aa  154  3e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  22.87 
 
 		 2731 aa  150  3e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  26.88 
 
 		 903 aa  150  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  23.57 
 
 		 2149 aa  142  7e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  23.67 
 
 		 1614 aa  142  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1967  YD repeat-containing protein  25.19 
 
 		 2486 aa  140  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  25.19 
 
 		 3073 aa  140  4e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  26.38 
 
 		 889 aa  140  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2153  YD repeat protein  31.31 
 
 		 550 aa  140  5e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0957707  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  27.3 
 
 		 2277 aa  139  6.0000000000000005e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  25.85 
 
 		 1384 aa  137  5e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  22.57 
 
 		 1586 aa  132  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  22.57 
 
 		 1595 aa  132  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  25.71 
 
 		 1834 aa  132  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1703  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.22 
 
 		 2094 aa  130  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  25.71 
 
 		 1576 aa  128  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1325  YD repeat protein  25.99 
 
 		 2350 aa  127  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1097  Kelch repeat-containing protein  33.1 
 
 		 1557 aa  126  8e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.612946  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1206  cell wall-associated protein, putative  37.64 
 
 		 400 aa  124  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00333262  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  22.94 
 
 		 1520 aa  124  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  23.4 
 
 		 1467 aa  123  3.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1255  wall-associated protein  35.16 
 
 		 504 aa  123  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  23.42 
 
 		 1550 aa  123  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  23.62 
 
 		 1390 aa  122  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  25.53 
 
 		 927 aa  122  9e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0874  YD repeat protein  28.26 
 
 		 1732 aa  120  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.409966  normal  0.012689 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  26.44 
 
 		 2003 aa  119  6e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  25.45 
 
 		 2294 aa  119  6.9999999999999995e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  26.61 
 
 		 3193 aa  119  6.9999999999999995e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  24.13 
 
 		 1381 aa  119  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6268  YD repeat-containing protein  24.07 
 
 		 1623 aa  118  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  24.27 
 
 		 1572 aa  116  6e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  24.94 
 
 		 1348 aa  114  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  24.43 
 
 		 1568 aa  114  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  24.35 
 
 		 924 aa  114  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  23.29 
 
 		 1547 aa  113  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  23.28 
 
 		 1362 aa  112  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  23.86 
 
 		 1551 aa  111  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  22.79 
 
 		 1976 aa  110  4e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0657  Kelch repeat-containing protein  28.88 
 
 		 312 aa  109  6e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.951134  normal  0.331381 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2325  YD repeat-containing protein  24.65 
 
 		 6109 aa  110  6e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0257646 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0108  Kelch repeat protein  30.74 
 
 		 445 aa  109  8e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000075462  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  22.2 
 
 		 1599 aa  109  9e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  23.62 
 
 		 1527 aa  108  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  22.47 
 
 		 1434 aa  108  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1132  wall-associated protein  41.04 
 
 		 382 aa  108  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0407345  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  22.2 
 
 		 1586 aa  108  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  23.54 
 
 		 1485 aa  107  3e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  23.12 
 
 		 1528 aa  107  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3469  hypothetical protein  40.98 
 
 		 364 aa  107  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  25.21 
 
 		 1517 aa  106  7e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1899  YD repeat-containing protein  29.17 
 
 		 423 aa  106  7e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.126482  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  24.21 
 
 		 1147 aa  106  8e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2050  YD repeat-containing protein  24.12 
 
 		 1935 aa  106  8e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  24.18 
 
 		 1611 aa  105  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1844  metallophosphoesterase  30.71 
 
 		 776 aa  103  5e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.213592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  21.26 
 
 		 1626 aa  102  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0132  YD repeat protein  32.9 
 
 		 2349 aa  102  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1923  peptidoglycan-binding LysM  21.78 
 
 		 5189 aa  102  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3683  peptidoglycan-binding LysM  21.66 
 
 		 5236 aa  102  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  22.09 
 
 		 1379 aa  100  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  24.97 
 
 		 1433 aa  100  5e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0876  YD repeat protein  34.1 
 
 		 396 aa  100  5e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249892 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1046  YD repeat protein  28.54 
 
 		 902 aa  100  6e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.101993  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  22.13 
 
 		 1417 aa  99.8  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  21.89 
 
 		 1620 aa  99  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2290  YD repeat protein  23.61 
 
 		 6272 aa  99  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  23.17 
 
 		 1531 aa  99  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  25.99 
 
 		 690 aa  99  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4937  Rhs family protein  24.06 
 
 		 1998 aa  98.6  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.363198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  29.55 
 
 		 628 aa  98.2  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  23.39 
 
 		 1517 aa  97.8  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4370  YD repeat-containing protein  26.15 
 
 		 869 aa  97.1  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4063  NHL repeat-containing protein  27.48 
 
 		 1763 aa  97.1  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512891  normal  0.666526 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7436  Rhs family protein-like protein  24.06 
 
 		 2076 aa  96.7  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>