More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cmaq_0155 on replicon NC_009954
Organism: Caldivirga maquilingensis IC-167



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009954  Cmaq_0155  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  100 
 
 
335 aa  681    Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0054  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  54.27 
 
 
333 aa  382  1e-105  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0089  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  52.73 
 
 
331 aa  379  1e-104  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0080  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  53.94 
 
 
331 aa  378  1e-104  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.178289 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1128  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  54.38 
 
 
328 aa  375  1e-103  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000787218 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0082  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  51.08 
 
 
338 aa  347  2e-94  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.576501  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1702  putative rRNA pseudouridine synthase  50.8 
 
 
321 aa  328  5.0000000000000004e-89  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.438885  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0961  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  47.96 
 
 
333 aa  324  1e-87  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1720  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  47.96 
 
 
333 aa  324  2e-87  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0985  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  47.96 
 
 
333 aa  322  4e-87  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0128242  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0461  putative rRNA pseudouridine synthase  48.19 
 
 
338 aa  321  9.000000000000001e-87  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0028  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  48.56 
 
 
331 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000488795  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0988  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  47.5 
 
 
359 aa  312  4.999999999999999e-84  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0406  pseudouridylate synthase subunit TruB  47.19 
 
 
332 aa  295  9e-79  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1494  pseudouridylate synthase TruB domain protein  48.96 
 
 
286 aa  294  2e-78  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1222  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.21 
 
 
331 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20773  predicted protein  42.35 
 
 
484 aa  259  4e-68  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08851  Centromere/microtubule-binding protein CBF5 (Centromere-binding factor 5)(Small nucleolar RNP protein CBF5)(H/ACA snoRNP protein CBF5)(rRNA pseudouridine synthase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O43100]  43.65 
 
 
481 aa  257  2e-67  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.842396  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND02940  centromere/microtubule binding protein cbf5, putative  42.48 
 
 
503 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.701159  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_64832  nucleolar pseuduridine synthase and putative microtubule binding protein  42.48 
 
 
475 aa  251  9.000000000000001e-66  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0513  pseudouridylate synthase  43.49 
 
 
322 aa  248  1e-64  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2268  pseudouridylate synthase  42.86 
 
 
310 aa  242  7.999999999999999e-63  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.570966  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0072  hypothetical protein  46.38 
 
 
282 aa  239  4e-62  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.00484212 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0538  pseudouridylate synthase  43.06 
 
 
302 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0902248  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1369  pseudouridylate synthase TruB domain protein  44.58 
 
 
251 aa  231  2e-59  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.862548  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2750  pseudouridylate synthase TruB domain protein  44.29 
 
 
299 aa  229  5e-59  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_30197  predicted protein  40.72 
 
 
411 aa  228  8e-59  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2322  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.33 
 
 
295 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.713223  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0057  PUA domain-containing protein  44.21 
 
 
233 aa  213  2.9999999999999995e-54  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.510728 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2256  pseudouridylate synthase TruB domain protein  38.31 
 
 
304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1812  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  37.74 
 
 
343 aa  208  1e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.572421  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1733  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  38.77 
 
 
299 aa  202  5e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.17014 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0271  pseudouridylate synthase TruB domain protein  36.07 
 
 
314 aa  200  3e-50  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  32.36 
 
 
302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  30.9 
 
 
309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  33.2 
 
 
310 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  34.55 
 
 
302 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  34.36 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  33.84 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  31.15 
 
 
299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  34.75 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  34.33 
 
 
305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  30.63 
 
 
317 aa  133  5e-30  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  32.35 
 
 
306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  32.09 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  32.42 
 
 
310 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  32.81 
 
 
310 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  32.42 
 
 
310 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  32.46 
 
 
309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  32.45 
 
 
310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  34.11 
 
 
301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  30.88 
 
 
304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  32.81 
 
 
310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  30.88 
 
 
304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  33.84 
 
 
305 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  31.5 
 
 
292 aa  130  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  33.46 
 
 
305 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  34.59 
 
 
304 aa  130  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  32.81 
 
 
311 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  31.53 
 
 
304 aa  130  3e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  31.99 
 
 
305 aa  130  5.0000000000000004e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  33.08 
 
 
309 aa  130  5.0000000000000004e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  32.69 
 
 
309 aa  129  9.000000000000001e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  31.3 
 
 
299 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  30.97 
 
 
311 aa  126  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  32.2 
 
 
322 aa  126  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  30.6 
 
 
300 aa  126  6e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  28.79 
 
 
309 aa  126  7e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  32.91 
 
 
371 aa  124  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  31.38 
 
 
295 aa  124  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  30.82 
 
 
328 aa  123  4e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  36.19 
 
 
304 aa  122  6e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  33.08 
 
 
303 aa  122  7e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  31.85 
 
 
311 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  31.85 
 
 
321 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  31.85 
 
 
321 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  32.42 
 
 
302 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  32.69 
 
 
295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  32.22 
 
 
311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  32.89 
 
 
302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  32.73 
 
 
294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  32.42 
 
 
302 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  32.42 
 
 
302 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  32.42 
 
 
302 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  28.17 
 
 
309 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  30.86 
 
 
303 aa  120  4.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  32.88 
 
 
315 aa  119  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  30.31 
 
 
307 aa  119  7.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  29.62 
 
 
314 aa  119  9e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  32.18 
 
 
314 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2687  tRNA pseudouridine synthase B  30.15 
 
 
303 aa  118  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  31.21 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  30.84 
 
 
366 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  28.57 
 
 
300 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  28.43 
 
 
297 aa  117  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  29.82 
 
 
314 aa  117  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  35.48 
 
 
354 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  30.26 
 
 
307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  29.43 
 
 
307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  29.09 
 
 
339 aa  116  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>