More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_6079 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_6079  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 206 aa  411  1e-114  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.615867 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  40.3 
 
 		 211 aa  148  5e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5693  transcriptional regulator, TetR family  38.78 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0563608  normal  0.866587 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 215 aa  103  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1287  regulatory protein, TetR  35.43 
 
 		 234 aa  103  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5257  TetR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 215 aa  103  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 215 aa  103  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0828  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5710  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10078  transcriptional regulator  35.18 
 
 		 201 aa  98.2  8e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.105796 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 195 aa  92.8  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4543  putative transcriptional regulator, TetR family  32.94 
 
 		 205 aa  87.4  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0569885  normal  0.220748 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  37.11 
 
 		 195 aa  86.3  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2788  transcriptional regulator, TetR family  36.48 
 
 		 201 aa  85.9  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0858  regulatory protein TetR  35.04 
 
 		 201 aa  85.5  5e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00117784  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3520  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 198 aa  82.8  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2925  transcriptional regulator, TetR family  35.75 
 
 		 198 aa  82.8  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  36.62 
 
 		 192 aa  82.8  0.000000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1811  TetR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 209 aa  82  0.000000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2482  transcriptional regulator, TetR family  35.22 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1778  transcriptional regulator, TetR family  35.91 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 196 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0781  transcriptional regulator, TetR family  32.56 
 
 		 197 aa  80.5  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5717  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 197 aa  79.3  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2508  TetR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 195 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332011  normal  0.924216 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 201 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 201 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47520  putative transcriptional regulator  27.84 
 
 		 197 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  36.11 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1736  transcriptional regulator TetR family  34.48 
 
 		 197 aa  74.3  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4654  transcriptional regulator, TetR family  31.09 
 
 		 199 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2209  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 205 aa  73.2  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.539658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4165  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 198 aa  72.8  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.774051  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  38.05 
 
 		 202 aa  72  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0235  transcriptional regulator, TetR family  33.86 
 
 		 199 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0309861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3783  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 197 aa  68.9  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.539516 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 197 aa  67  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3742  transcriptional regulator, TetR family  36.97 
 
 		 192 aa  67  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4359  regulatory protein, TetR  35 
 
 		 196 aa  66.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2845  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 197 aa  64.3  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.735257  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5045  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 197 aa  62.4  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.820553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  44.93 
 
 		 218 aa  61.6  0.000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  44.93 
 
 		 218 aa  61.6  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  44.93 
 
 		 218 aa  61.6  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0999  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 204 aa  60.1  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.372995  normal  0.0457994 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 198 aa  60.1  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1594  TetR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000148614  unclonable  0.000000209189 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1225  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.657492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2693  regulatory protein TetR  31.93 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0770653  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3694  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 201 aa  58.9  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.735281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 240 aa  58.5  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  39.24 
 
 		 287 aa  58.2  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3493  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729173  normal  0.75311 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 256 aa  57  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10159  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  52.46 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5987  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  38.81 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4218  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.135159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0972  transcriptional regulator, TetR family  34.97 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0921311  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  25.87 
 
 		 223 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  41.79 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.31 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10920  transcriptional regulator  38.75 
 
 		 201 aa  55.5  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0917166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  42.03 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2497  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.55388 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38380  putative transcriptional regulator  37.89 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0126427 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.81 
 
 		 213 aa  55.1  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.03 
 
 		 217 aa  55.1  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.03 
 
 		 217 aa  55.1  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.03 
 
 		 217 aa  55.1  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.03 
 
 		 217 aa  55.1  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.03 
 
 		 217 aa  55.1  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4700  transcriptional regulator, TetR family  39.71 
 
 		 224 aa  54.7  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0565878  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03122  DNA-binding transcriptional regulator  44.44 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0442  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.671353  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0111  transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 		 207 aa  54.7  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.482364  normal  0.0755622 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4041  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 182 aa  54.3  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.449289  normal  0.0505107 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3559  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  44.44 
 
 		 220 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00735263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2537  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 87 aa  53.9  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  44.44 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03073  hypothetical protein  44.44 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.807649  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3664  regulatory protein, TetR  52.27 
 
 		 182 aa  54.3  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0312  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 182 aa  54.7  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  39.19 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28480  transcriptional regulator  50 
 
 		 326 aa  54.7  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.552525 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  44.44 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00305215  normal  0.159786 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3749  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  44.44 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000431628  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0442  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  44.44 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 226 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4194  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0931  transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.588864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3457  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  44.44 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000315342  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>