104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A0223 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  100 
 
 
438 aa  899  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  50.85 
 
 
483 aa  472  1e-132  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  56.35 
 
 
425 aa  350  2e-95  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  47.79 
 
 
436 aa  305  8e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  50.17 
 
 
418 aa  287  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  50.17 
 
 
418 aa  287  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  36.28 
 
 
416 aa  238  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  40.62 
 
 
412 aa  227  3e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  38.27 
 
 
412 aa  207  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  39.26 
 
 
451 aa  205  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  33.43 
 
 
385 aa  182  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  41.5 
 
 
415 aa  179  9e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  37.88 
 
 
422 aa  174  2e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0873  restriction modification system DNA specificity subunit  35.5 
 
 
375 aa  171  3e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  29.14 
 
 
401 aa  146  7e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.4 
 
 
428 aa  143  6e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  28.48 
 
 
447 aa  139  7e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  30.2 
 
 
440 aa  136  8e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  27.76 
 
 
549 aa  133  7e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  30.21 
 
 
411 aa  132  9e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  26.19 
 
 
485 aa  127  4e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  32.01 
 
 
416 aa  126  9e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0035  hypothetical protein  37.43 
 
 
400 aa  125  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.89444 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  27.37 
 
 
419 aa  125  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  31.21 
 
 
417 aa  125  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.46 
 
 
433 aa  121  2e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  6.77276e-06 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  30.23 
 
 
398 aa  120  4e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.4 
 
 
412 aa  119  9e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.64 
 
 
429 aa  117  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  31.56 
 
 
430 aa  116  7e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  28.07 
 
 
424 aa  115  2e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  23.63 
 
 
453 aa  115  2e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  26.55 
 
 
404 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  25.74 
 
 
397 aa  103  8e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  26.92 
 
 
471 aa  102  9e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.53 
 
 
428 aa  93.6  6e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  23.77 
 
 
420 aa  92.4  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  23.46 
 
 
380 aa  91.7  3e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  23.25 
 
 
432 aa  84.3  4e-15  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  22.22 
 
 
428 aa  83.2  8e-15  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.05 
 
 
620 aa  81.3  3e-14  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2122  hypothetical protein  58.06 
 
 
163 aa  80.9  4e-14  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  28.62 
 
 
411 aa  78.2  2e-13  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  28.62 
 
 
411 aa  78.2  2e-13  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  29.9 
 
 
561 aa  78.2  3e-13  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  7.95371e-05 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  25.6 
 
 
373 aa  74.3  4e-12  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  25.4 
 
 
412 aa  74.3  4e-12  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  34.07 
 
 
479 aa  74.3  4e-12  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  26.4 
 
 
285 aa  73.2  9e-12  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  24.86 
 
 
405 aa  71.2  3e-11  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  24.38 
 
 
414 aa  70.9  4e-11  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.32 
 
 
378 aa  69.3  1e-10  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  23.24 
 
 
413 aa  67.4  4e-10  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  29.21 
 
 
419 aa  67.8  4e-10  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  27.75 
 
 
595 aa  67.4  4e-10  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  20.88 
 
 
435 aa  67  6e-10  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  21.84 
 
 
417 aa  66.2  1e-09  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  25.44 
 
 
405 aa  65.5  2e-09  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  22.59 
 
 
453 aa  64.7  3e-09  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  22.83 
 
 
391 aa  63.5  7e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  24.91 
 
 
412 aa  62.4  1e-08  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  25 
 
 
1343 aa  62.8  1e-08  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  21.43 
 
 
454 aa  62  2e-08  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  26.53 
 
 
374 aa  62  2e-08  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  21.54 
 
 
425 aa  61.6  3e-08  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  23.46 
 
 
446 aa  60.5  6e-08  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.75 
 
 
423 aa  60.1  7e-08  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  20.75 
 
 
439 aa  59.3  1e-07  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  22.09 
 
 
547 aa  58.5  2e-07  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  25.84 
 
 
429 aa  57.8  4e-07  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  22.43 
 
 
438 aa  57.8  4e-07  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  23.35 
 
 
432 aa  57.4  5e-07  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  23.64 
 
 
351 aa  56.6  8e-07  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  24.44 
 
 
401 aa  56.2  1e-06  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  26.35 
 
 
380 aa  55.5  2e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.58 
 
 
400 aa  55.1  3e-06  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  21.85 
 
 
395 aa  54.3  5e-06  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  21.24 
 
 
436 aa  53.9  6e-06  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  27.32 
 
 
402 aa  53.1  9e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  24.43 
 
 
451 aa  53.1  1e-05  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  21.12 
 
 
428 aa  53.1  1e-05  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  25.24 
 
 
577 aa  52.4  1e-05  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  23.66 
 
 
457 aa  52  2e-05  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.15 
 
 
384 aa  51.6  3e-05  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  37.04 
 
 
412 aa  50.4  6e-05  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  19.03 
 
 
433 aa  49.7  9e-05  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  24.29 
 
 
442 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  20.12 
 
 
427 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  22.94 
 
 
422 aa  48.5  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  21.11 
 
 
383 aa  48.5  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  28.08 
 
 
413 aa  48.5  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  30.95 
 
 
585 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  31.88 
 
 
420 aa  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  9.62716e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  21.11 
 
 
423 aa  48.5  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  22.54 
 
 
435 aa  47.4  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  20.8 
 
 
396 aa  46.2  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  6.81459e-08  hitchhiker  1.69581e-06 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  22.39 
 
 
388 aa  46.2  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.73 
 
 
415 aa  45.4  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17660  restriction endonuclease S subunit  20.91 
 
 
416 aa  44.7  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  21.28 
 
 
263 aa  44.7  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>