More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4100 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  100 
 
 
236 aa  470  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  50.43 
 
 
253 aa  229  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  51.75 
 
 
249 aa  228  6e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  51.75 
 
 
249 aa  227  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  50.43 
 
 
253 aa  226  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  50.43 
 
 
253 aa  226  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  52.86 
 
 
255 aa  226  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  50.86 
 
 
274 aa  226  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  50.43 
 
 
253 aa  225  5e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  49.79 
 
 
249 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  51.95 
 
 
270 aa  221  6e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  50.22 
 
 
249 aa  221  1e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  49.36 
 
 
254 aa  221  1e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  49.36 
 
 
249 aa  220  1e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  50.22 
 
 
249 aa  221  1e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  50.22 
 
 
249 aa  221  1e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  49.79 
 
 
247 aa  219  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  49.79 
 
 
247 aa  219  4e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  48.94 
 
 
249 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  50.44 
 
 
253 aa  216  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  49.33 
 
 
251 aa  216  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  51.11 
 
 
273 aa  216  3e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  9.57079e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 
268 aa  213  2e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  49.78 
 
 
272 aa  213  2e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  49.12 
 
 
251 aa  213  3e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  51.57 
 
 
262 aa  212  4e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  50.43 
 
 
272 aa  211  6e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  49.12 
 
 
251 aa  211  7e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  46.29 
 
 
268 aa  209  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  46.19 
 
 
273 aa  209  4e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  50.88 
 
 
247 aa  208  5e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  50 
 
 
252 aa  202  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  44.34 
 
 
248 aa  186  4e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  44.74 
 
 
248 aa  185  4e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  42.17 
 
 
244 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  43.12 
 
 
232 aa  175  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  45.78 
 
 
237 aa  175  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  45.78 
 
 
237 aa  175  7e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  48.46 
 
 
244 aa  172  4e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  45.33 
 
 
237 aa  162  6e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  44.55 
 
 
259 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  8.56086e-05  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  44.55 
 
 
233 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  44.55 
 
 
233 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  41.49 
 
 
260 aa  146  2e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  42.06 
 
 
230 aa  146  3e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  39.01 
 
 
245 aa  139  4e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
247 aa  136  3e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 
288 aa  135  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  39.01 
 
 
238 aa  135  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  37.34 
 
 
246 aa  134  1e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  38.12 
 
 
236 aa  133  2e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  39.65 
 
 
242 aa  132  4e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  37.71 
 
 
234 aa  132  4e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  37.67 
 
 
236 aa  129  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  35.81 
 
 
250 aa  129  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  33.63 
 
 
246 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
240 aa  122  6e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  36.16 
 
 
249 aa  121  9e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
234 aa  121  1e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  33.18 
 
 
248 aa  120  2e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  37.93 
 
 
264 aa  118  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 
274 aa  115  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  35.84 
 
 
234 aa  114  1e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  37.67 
 
 
238 aa  114  1e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  37.67 
 
 
253 aa  114  1e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
234 aa  113  2e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
251 aa  113  2e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 
252 aa  113  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  37.17 
 
 
243 aa  112  4e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4884  GntR family transcriptional regulator  37 
 
 
258 aa  112  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  34.35 
 
 
266 aa  111  1e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1298  GntR domain protein  37.05 
 
 
242 aa  109  3e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0878835  normal  0.515032 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  35.53 
 
 
299 aa  109  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  33.91 
 
 
239 aa  108  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0593714 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1469  GntR domain protein  34.65 
 
 
250 aa  108  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.934444  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
239 aa  108  5e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  32.44 
 
 
241 aa  108  5e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  34.82 
 
 
275 aa  108  7e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  32.74 
 
 
254 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
255 aa  107  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  39.04 
 
 
233 aa  106  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
249 aa  106  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  33.19 
 
 
254 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  33.04 
 
 
229 aa  105  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  36.56 
 
 
240 aa  105  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  32.6 
 
 
229 aa  105  8e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  32.29 
 
 
235 aa  105  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8124  GntR domain protein  32.89 
 
 
250 aa  105  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  32.17 
 
 
241 aa  104  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 
255 aa  103  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  1.69252e-07 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  33.91 
 
 
252 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  31.72 
 
 
244 aa  102  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  35.11 
 
 
264 aa  102  7e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  33.8 
 
 
215 aa  102  7e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  37.91 
 
 
230 aa  101  9e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2484  GntR domain-containing protein  31.39 
 
 
238 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120596  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  31.28 
 
 
244 aa  100  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5539  regulatory protein GntR HTH  33.48 
 
 
237 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
256 aa  100  3e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5347  transcriptional regulator GntR family  32.86 
 
 
242 aa  99.4  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>