90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4715 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4715  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 		 127 aa  261  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4521  hypothetical protein  79.2 
 
 		 129 aa  209  9e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4456  hypothetical protein  76.19 
 
 		 129 aa  206  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0285903  normal  0.0443513 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0177  cupin 2 domain-containing protein  68.29 
 
 		 148 aa  180  7e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178476 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3674  cupin 2 domain-containing protein  57.03 
 
 		 131 aa  160  5.0000000000000005e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.206207  normal  0.126063 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8561  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.19 
 
 		 140 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853837  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3988  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.95 
 
 		 146 aa  62  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.507618  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0837  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.58 
 
 		 130 aa  56.2  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3858  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.95 
 
 		 133 aa  54.7  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3146  cupin 2 domain-containing protein  28.83 
 
 		 134 aa  54.3  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3867  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.9 
 
 		 145 aa  52  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.468547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1816  cupin 2 domain-containing protein  28.43 
 
 		 123 aa  51.2  0.000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.337557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0837  cupin 2 domain-containing protein  34.83 
 
 		 125 aa  50.4  0.000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168826 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5786  cupin 2 conserved barrel domain protein  32.99 
 
 		 135 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.242076  normal  0.0379764 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2409  cupin family protein  32.43 
 
 		 114 aa  49.7  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116838  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7008  hypothetical protein  41.67 
 
 		 163 aa  48.9  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0126624  hitchhiker  0.000933462 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1504  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.67 
 
 		 111 aa  48.9  0.00003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.220487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0731  cupin 2 domain-containing protein  33.05 
 
 		 112 aa  47.8  0.00005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00910188  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0204  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.67 
 
 		 160 aa  47  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 181 aa  46.2  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5854  cupin 2 domain-containing protein  25.19 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.154077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5217  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.94 
 
 		 112 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.181963  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3273  cupin 2 domain-containing protein  31.15 
 
 		 155 aa  45.8  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3716  cupin 2, barrel  25 
 
 		 129 aa  45.8  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000701811  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5131  cupin 2 domain-containing protein  31.15 
 
 		 155 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.720465  normal  0.658143 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1474  hypothetical protein  32.26 
 
 		 154 aa  45.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.208655  normal  0.292696 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0144  cupin 2 domain-containing protein  29.85 
 
 		 165 aa  45.4  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3695  cupin region  42.37 
 
 		 127 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 227 aa  45.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  37.74 
 
 		 215 aa  45.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 234 aa  44.7  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1714  cupin 2 domain-containing protein  37.7 
 
 		 150 aa  44.7  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259313 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2932  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.19 
 
 		 121 aa  44.7  0.0005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2969  cupin 2  29 
 
 		 171 aa  44.7  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0381  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.31 
 
 		 103 aa  44.3  0.0006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.754668  normal  0.233584 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0906  cupin region  34.09 
 
 		 142 aa  43.9  0.0007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.168616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0825  cupin 2 domain-containing protein  33.67 
 
 		 136 aa  43.9  0.0008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1779  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.98 
 
 		 131 aa  43.9  0.0008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3363  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.31 
 
 		 181 aa  43.9  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.331871 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1605  cupin 2, barrel  38.03 
 
 		 127 aa  42.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.843392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0866  cupin 2 domain-containing protein  30.69 
 
 		 333 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.647462  normal  0.208586 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1767  cupin 2, barrel  38.98 
 
 		 127 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0773162  normal  0.597439 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3706  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.17 
 
 		 163 aa  43.5  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5386  hypothetical protein  44.07 
 
 		 127 aa  43.5  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272839  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3657  cupin 2, barrel  32.95 
 
 		 142 aa  42.7  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.230089  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2629  Cupin 2 conserved barrel domain protein  23.02 
 
 		 138 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0760  cupin 2 domain-containing protein  29.85 
 
 		 178 aa  43.5  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.26011  normal  0.519438 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0832  cupin 2 domain-containing protein  34.41 
 
 		 139 aa  43.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0452  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.33 
 
 		 136 aa  43.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  41.94 
 
 		 219 aa  42.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2908  hypothetical protein  30.25 
 
 		 155 aa  42.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3346  cupin 2 domain-containing protein  31.67 
 
 		 155 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4169  cupin 2 domain-containing protein  31.67 
 
 		 155 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0937  hypothetical protein  34.41 
 
 		 170 aa  42.7  0.002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4993  Cupin 2 conserved barrel domain protein  23.66 
 
 		 137 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.391501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 227 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 184 aa  42.4  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4126  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0595  cupin 2 domain-containing protein  28.36 
 
 		 165 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4820  cupin 2, barrel  31.67 
 
 		 155 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0604  cupin 2, barrel  28.36 
 
 		 165 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.398371  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0617  cupin 2 domain-containing protein  28.36 
 
 		 165 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.546436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0925  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 205 aa  42  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5567  cupin 2 domain-containing protein  24.1 
 
 		 201 aa  41.6  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.0495662 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 190 aa  42  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2249  cupin 2, barrel  27.19 
 
 		 143 aa  42  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05332  AraC-like ligand binding domain protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G14370)  37.5 
 
 		 203 aa  42  0.003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.484672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5435  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.93 
 
 		 149 aa  41.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.657648 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1493  cupin:cupin region  32.71 
 
 		 155 aa  41.6  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3405  Cupin 2 conserved barrel domain protein  25 
 
 		 156 aa  41.6  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5012  hypothetical protein  26.21 
 
 		 155 aa  41.6  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0120588  normal  0.173507 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 202 aa  41.6  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2960  cupin 2 domain-containing protein  46.34 
 
 		 112 aa  41.2  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  39.29 
 
 		 188 aa  41.2  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13508  hypothetical protein  25.26 
 
 		 177 aa  41.2  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  31.76 
 
 		 190 aa  40.8  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2936  cupin 2 protein  38.46 
 
 		 151 aa  40.8  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0225077  hitchhiker  0.00286289 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0737  cupin 2 domain-containing protein  28.57 
 
 		 207 aa  40.8  0.007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 205 aa  40.4  0.007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5005  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.78 
 
 		 255 aa  40.4  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.158315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0432  cupin region  33.33 
 
 		 117 aa  40.8  0.007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.583729  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0079  DNA-binding protein  25.2 
 
 		 191 aa  40.4  0.007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3908  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.67 
 
 		 186 aa  40.4  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.399642  normal  0.0760956 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2004  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 173 aa  40.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5234  cupin 2 domain-containing protein  26.23 
 
 		 172 aa  40.4  0.009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0933989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 183 aa  40.4  0.009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4829  cupin 2 domain-containing protein  33.93 
 
 		 182 aa  40.4  0.009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0191257  normal  0.0141237 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3191  cupin 2, barrel  37.5 
 
 		 179 aa  40  0.01  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000053457  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  30.59 
 
 		 173 aa  40  0.01  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>