81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1605 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1605  cupin 2, barrel  100 
 
 		 127 aa  251  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.843392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1767  cupin 2, barrel  74.8 
 
 		 127 aa  197  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0773162  normal  0.597439 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3695  cupin region  75.4 
 
 		 127 aa  193  6e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1779  Cupin 2 conserved barrel domain protein  79.25 
 
 		 131 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5386  hypothetical protein  63.78 
 
 		 127 aa  153  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272839  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4460  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.71 
 
 		 140 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0766179  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4530  cupin 2 domain-containing protein  44.23 
 
 		 140 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.812738  normal  0.896938 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2205  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.83 
 
 		 141 aa  87  9e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4123  hypothetical protein  41.38 
 
 		 129 aa  83.2  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.685288  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3737  cupin 2 domain-containing protein  38.98 
 
 		 135 aa  82.4  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.107824  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2440  hypothetical protein  40.68 
 
 		 129 aa  77.4  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0542121  normal  0.878166 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5381  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.37 
 
 		 132 aa  75.5  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0116  cupin 2 domain-containing protein  36.64 
 
 		 136 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4006  cupin 2 domain-containing protein  41.51 
 
 		 137 aa  74.3  0.0000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.244405  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3906  cupin 2 domain-containing protein  38.28 
 
 		 133 aa  72.8  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000227782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2329  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.16 
 
 		 128 aa  68.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0016638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2444  hypothetical protein  36.79 
 
 		 141 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.406383  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1491  cupin:protein of unknown function DUF861  39.81 
 
 		 133 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2654  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.54 
 
 		 128 aa  63.5  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5056  Cupin 2 conserved barrel domain protein  43.04 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370159 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4890  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.4 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.625882 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0540  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.33 
 
 		 113 aa  55.1  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4316  cupin 2  32.03 
 
 		 146 aa  54.3  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2932  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.33 
 
 		 121 aa  54.3  0.0000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1426  hypothetical protein  33.86 
 
 		 130 aa  53.5  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.416507  normal  0.349881 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5346  cupin 2 domain-containing protein  30.49 
 
 		 171 aa  50.8  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0870556 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4505  cupin 2 domain-containing protein  34.41 
 
 		 145 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1504  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.43 
 
 		 111 aa  46.2  0.0001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.220487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0735  cupin 2 domain-containing protein  29.77 
 
 		 178 aa  46.2  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0868  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.78 
 
 		 142 aa  45.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3293  cupin 2 domain-containing protein  27.14 
 
 		 141 aa  45.4  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.661006 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7642  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.01 
 
 		 138 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0261511  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2041  cupin 2 domain-containing protein  47.17 
 
 		 110 aa  44.7  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.267736 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1710  Cupin 2 conserved barrel domain protein  43.33 
 
 		 121 aa  44.7  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1314  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.74 
 
 		 166 aa  45.1  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000442476  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4274  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.51 
 
 		 150 aa  44.7  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.680617 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2066  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  40.62 
 
 		 185 aa  44.3  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3716  cupin 2, barrel  31.94 
 
 		 129 aa  44.3  0.0006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000701811  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0909  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 137 aa  43.9  0.0007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167326  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2285  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.25 
 
 		 173 aa  43.9  0.0008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3217  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  44.62 
 
 		 185 aa  43.5  0.0009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931444 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1726  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.15 
 
 		 150 aa  43.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.680674  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0348  hypothetical protein  26.98 
 
 		 135 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 211 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4715  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.03 
 
 		 127 aa  42.7  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 211 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4742  cupin 2 domain-containing protein  47.62 
 
 		 111 aa  43.5  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000930389 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0623  cupin 2 domain-containing protein  28.57 
 
 		 148 aa  43.5  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.339889  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0731  cupin 2 domain-containing protein  38.46 
 
 		 112 aa  42.4  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00910188  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5435  hypothetical protein  30 
 
 		 145 aa  42.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.534413  normal  0.706923 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0995  cupin region  32.5 
 
 		 138 aa  42.4  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1831  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30 
 
 		 149 aa  42.4  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00137972  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2102  cupin 2 domain-containing protein  32.61 
 
 		 134 aa  42.4  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0973  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.47 
 
 		 118 aa  42.4  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0825  cupin 2 domain-containing protein  37.5 
 
 		 136 aa  42.4  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2037  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.7 
 
 		 112 aa  42  0.003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0486792  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5642  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.57 
 
 		 179 aa  41.6  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5450  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.09 
 
 		 137 aa  41.6  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.341388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1503  cupin 2 domain-containing protein  30.67 
 
 		 133 aa  41.2  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 201 aa  41.6  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2626  cupin 2, barrel  40.82 
 
 		 135 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.542859  normal  0.174872 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3788  cupin 2 domain-containing protein  30.67 
 
 		 133 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.140912  normal  0.456948 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 181 aa  41.2  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  34.57 
 
 		 202 aa  41.2  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  30.14 
 
 		 175 aa  41.2  0.005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2281  protein of unknown function DUF861 cupin_3  39.73 
 
 		 117 aa  41.2  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.309355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 234 aa  40.8  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  50 
 
 		 185 aa  40.4  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4674  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.77 
 
 		 138 aa  40.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.3213  normal  0.701172 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 182 aa  40.4  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4282  cupin 2 domain-containing protein  29.07 
 
 		 137 aa  40.4  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5822  cupin 2 domain-containing protein  34.15 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.186045 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 185 aa  40.4  0.009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  50 
 
 		 185 aa  40.4  0.009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  50 
 
 		 185 aa  40.4  0.009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  50 
 
 		 185 aa  40.4  0.009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  50 
 
 		 185 aa  40.4  0.009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  50 
 
 		 185 aa  40.4  0.009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  50 
 
 		 185 aa  40.4  0.009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  50 
 
 		 185 aa  40.4  0.009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6168  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.57 
 
 		 172 aa  40.4  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>