79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1779 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1779  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 		 131 aa  262  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1767  cupin 2, barrel  86.29 
 
 		 127 aa  219  8e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0773162  normal  0.597439 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3695  cupin region  85.48 
 
 		 127 aa  219  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1605  cupin 2, barrel  73.39 
 
 		 127 aa  192  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.843392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5386  hypothetical protein  62.1 
 
 		 127 aa  145  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272839  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4460  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.17 
 
 		 140 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0766179  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4123  hypothetical protein  42.06 
 
 		 129 aa  91.7  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.685288  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4530  cupin 2 domain-containing protein  38.46 
 
 		 140 aa  89  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.812738  normal  0.896938 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2205  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.6 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0116  cupin 2 domain-containing protein  38.76 
 
 		 136 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3737  cupin 2 domain-containing protein  40.37 
 
 		 135 aa  80.9  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.107824  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5381  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.59 
 
 		 132 aa  75.5  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2440  hypothetical protein  38.76 
 
 		 129 aa  75.1  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0542121  normal  0.878166 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4006  cupin 2 domain-containing protein  40.57 
 
 		 137 aa  73.2  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.244405  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3906  cupin 2 domain-containing protein  37.04 
 
 		 133 aa  69.7  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000227782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2329  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.77 
 
 		 128 aa  67.8  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0016638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1491  cupin:protein of unknown function DUF861  35.82 
 
 		 133 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2654  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.05 
 
 		 128 aa  63.9  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2444  hypothetical protein  35.14 
 
 		 141 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.406383  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5056  Cupin 2 conserved barrel domain protein  43.04 
 
 		 133 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370159 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4890  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.07 
 
 		 134 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.625882 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1426  hypothetical protein  34.29 
 
 		 130 aa  50.8  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.416507  normal  0.349881 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5346  cupin 2 domain-containing protein  27.03 
 
 		 171 aa  50.4  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0870556 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0540  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 113 aa  49.3  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0735  cupin 2 domain-containing protein  34.04 
 
 		 178 aa  49.3  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4282  cupin 2 domain-containing protein  35.23 
 
 		 137 aa  47  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4316  cupin 2  27.91 
 
 		 146 aa  45.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2037  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.98 
 
 		 112 aa  45.8  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0486792  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3788  cupin 2 domain-containing protein  36 
 
 		 133 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.140912  normal  0.456948 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5435  hypothetical protein  32.1 
 
 		 145 aa  45.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.534413  normal  0.706923 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4505  cupin 2 domain-containing protein  32.26 
 
 		 145 aa  45.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3293  cupin 2 domain-containing protein  28.47 
 
 		 141 aa  45.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.661006 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2932  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.67 
 
 		 121 aa  45.1  0.0003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1503  cupin 2 domain-containing protein  34.67 
 
 		 133 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1504  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.08 
 
 		 111 aa  44.3  0.0006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.220487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0303  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.79 
 
 		 121 aa  43.5  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  48 
 
 		 185 aa  42.7  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385308 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 185 aa  43.5  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4715  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.98 
 
 		 127 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  50 
 
 		 185 aa  43.5  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  50 
 
 		 185 aa  43.5  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  50 
 
 		 185 aa  43.5  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  50 
 
 		 185 aa  43.5  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2626  cupin 2, barrel  39.22 
 
 		 135 aa  42.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.542859  normal  0.174872 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  50 
 
 		 185 aa  43.5  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  50 
 
 		 185 aa  43.5  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  50 
 
 		 185 aa  43.5  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0623  cupin 2 domain-containing protein  25 
 
 		 148 aa  42.4  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.339889  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1710  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.44 
 
 		 121 aa  42.4  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2285  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.87 
 
 		 173 aa  42.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0731  cupin 2 domain-containing protein  40.38 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00910188  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0847  cupin 2 domain-containing protein  36.11 
 
 		 116 aa  42.4  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0973  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.78 
 
 		 118 aa  42.7  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2066  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  47.06 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4274  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.88 
 
 		 150 aa  42  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.680617 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3496  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.25 
 
 		 140 aa  41.6  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2041  cupin 2 domain-containing protein  43.1 
 
 		 110 aa  42  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.267736 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4742  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 		 111 aa  41.6  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000930389 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6168  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.19 
 
 		 172 aa  41.6  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4521  hypothetical protein  37.29 
 
 		 129 aa  41.6  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2409  cupin family protein  39.39 
 
 		 114 aa  41.2  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116838  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  45.24 
 
 		 181 aa  40.8  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5435  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.21 
 
 		 149 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.657648 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5642  Cupin 2 conserved barrel domain protein  25.76 
 
 		 179 aa  41.2  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1314  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.59 
 
 		 166 aa  41.2  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000442476  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2731  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.84 
 
 		 113 aa  41.2  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.497805  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0995  cupin region  29.51 
 
 		 138 aa  41.2  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0812  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.42 
 
 		 91 aa  40.8  0.006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000379382  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1488  cupin 2 domain-containing protein  33.8 
 
 		 115 aa  40.8  0.007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00804045  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2121  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.3 
 
 		 121 aa  40.8  0.007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.625862  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1532  cupin 2 domain-containing protein  35.21 
 
 		 115 aa  40.4  0.007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2778  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32 
 
 		 128 aa  40.4  0.007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.492542  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3175  cupin 2 domain-containing protein  30.43 
 
 		 135 aa  40.4  0.008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3638  cupin 2 domain-containing protein  34.21 
 
 		 152 aa  40.4  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.588869  normal  0.0557412 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0348  hypothetical protein  27.64 
 
 		 135 aa  40.4  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0909  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.21 
 
 		 137 aa  40  0.009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 234 aa  40.4  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2102  cupin 2 domain-containing protein  30.43 
 
 		 134 aa  40.4  0.009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3716  cupin 2, barrel  31.94 
 
 		 129 aa  40  0.01  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000701811  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>