98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3788 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3788  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 133 aa  270  7e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.140912  normal  0.456948 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1503  cupin 2 domain-containing protein  93.23 
 
 		 133 aa  252  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3204  cupin region  50.94 
 
 		 150 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0134576 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4316  cupin 2  44.35 
 
 		 146 aa  112  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1742  hypothetical protein  50.45 
 
 		 141 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0525377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4264  cupin 2 domain-containing protein  47.75 
 
 		 139 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.209517  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4102  cupin 2, barrel  47.75 
 
 		 139 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.470129  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0195  cupin domain-containing protein  49.52 
 
 		 318 aa  103  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.579249  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3253  cupin 2 domain-containing protein  47.71 
 
 		 139 aa  103  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.641495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1684  cupin domain-containing protein  49.52 
 
 		 155 aa  101  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5737  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50.47 
 
 		 139 aa  100  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0348  hypothetical protein  41.41 
 
 		 135 aa  100  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1206  hypothetical protein  49.09 
 
 		 152 aa  100  7e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1602  cupin domain-containing protein  50 
 
 		 150 aa  99.4  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.433121  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4326  cupin 2 domain-containing protein  45.05 
 
 		 140 aa  97.1  7e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.785226  normal  0.151311 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03510  hypothetical protein  42.99 
 
 		 135 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866507  hitchhiker  0.00000000000000348857 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4739  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50 
 
 		 137 aa  94.4  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234364  normal  0.716595 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5629  cupin 2 domain-containing protein  45.19 
 
 		 145 aa  93.6  9e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2420  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.36 
 
 		 135 aa  93.2  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796075 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5430  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.86 
 
 		 139 aa  92  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6385  cupin 2 domain-containing protein  42.37 
 
 		 138 aa  92  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.128861 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6088  cupin 2 domain-containing protein  42.37 
 
 		 138 aa  91.3  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2343  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.36 
 
 		 139 aa  90.5  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6639  cupin 2 domain-containing protein  47.78 
 
 		 135 aa  90.5  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0292958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5795  cupin 2 domain-containing protein  39.6 
 
 		 135 aa  89.4  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.732811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2017  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50.57 
 
 		 143 aa  88.2  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0367587 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5578  cupin 2 domain-containing protein  38.61 
 
 		 134 aa  87.8  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5450  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.87 
 
 		 137 aa  87.4  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.341388 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8435  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.98 
 
 		 139 aa  87  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2274  cupin region  45.71 
 
 		 137 aa  86.7  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.921638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1425  hypothetical protein  49.43 
 
 		 143 aa  86.3  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.18183  normal  0.0452464 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2920  cupin 2, barrel  37.59 
 
 		 134 aa  85.9  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.288591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4282  cupin 2 domain-containing protein  44.09 
 
 		 137 aa  85.1  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3950  cupin 2 domain-containing protein  41.6 
 
 		 138 aa  84.7  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.319807 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0995  cupin region  50.57 
 
 		 138 aa  84.7  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6134  cupin region  45.98 
 
 		 138 aa  84.7  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3724  hypothetical protein  39.8 
 
 		 157 aa  84  6e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0092  hypothetical protein  43.18 
 
 		 134 aa  83.6  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3553  cupin 2 domain-containing protein  44.83 
 
 		 147 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.562201 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5602  cupin 2 domain-containing protein  42.05 
 
 		 131 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.418121 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5257  cupin 2, barrel  42.05 
 
 		 131 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6988  cupin 2 domain-containing protein  43.48 
 
 		 138 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1999  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.4 
 
 		 134 aa  82.4  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2789  cupin 2 domain-containing protein  41.59 
 
 		 141 aa  82  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4626  cupin 2 domain-containing protein  42.05 
 
 		 134 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000448523 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7642  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.28 
 
 		 138 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0261511  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1346  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.3 
 
 		 150 aa  80.9  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.787585  hitchhiker  0.0000000363501 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1318  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.3 
 
 		 150 aa  80.9  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3157  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.53 
 
 		 129 aa  80.5  0.000000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.737145  normal  0.282512 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1578  cupin region  36.63 
 
 		 134 aa  80.5  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.489903  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3402  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.13 
 
 		 144 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5168  cupin 2, barrel  45.65 
 
 		 143 aa  79.3  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.244444 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4674  Cupin 2 conserved barrel domain protein  43.88 
 
 		 138 aa  78.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.3213  normal  0.701172 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5642  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.21 
 
 		 179 aa  78.2  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2973  hypothetical protein  44.19 
 
 		 133 aa  78.6  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.909683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5822  cupin 2 domain-containing protein  39.2 
 
 		 141 aa  76.3  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.186045 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5346  cupin 2 domain-containing protein  37.63 
 
 		 171 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0870556 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2518  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.8 
 
 		 138 aa  72.8  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2774  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.8 
 
 		 138 aa  72  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.283614  normal  0.900413 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6168  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.78 
 
 		 172 aa  72  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2440  hypothetical protein  31.3 
 
 		 129 aa  65.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0542121  normal  0.878166 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08614  cupin domain protein (AFU_orthologue; AFUA_3G13620)  34.34 
 
 		 150 aa  62.8  0.000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2654  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.36 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5435  hypothetical protein  32.67 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.534413  normal  0.706923 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1491  cupin:protein of unknown function DUF861  36.54 
 
 		 133 aa  58.2  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2329  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.14 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0016638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3906  cupin 2 domain-containing protein  31.3 
 
 		 133 aa  55.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000227782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5381  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.31 
 
 		 132 aa  55.1  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2444  hypothetical protein  31.03 
 
 		 141 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.406383  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3737  cupin 2 domain-containing protein  28.35 
 
 		 135 aa  52.4  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.107824  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5062  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.56 
 
 		 136 aa  51.6  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4006  cupin 2 domain-containing protein  31.31 
 
 		 137 aa  51.6  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.244405  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4460  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.7 
 
 		 140 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0766179  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2285  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.71 
 
 		 173 aa  50.1  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4505  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 145 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2102  cupin 2 domain-containing protein  30.28 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4123  hypothetical protein  36 
 
 		 129 aa  47.8  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.685288  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2205  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.23 
 
 		 141 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4486  cupin 2 domain-containing protein  28.42 
 
 		 135 aa  46.2  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.801691  normal  0.97198 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2685  Cupin 2 conserved barrel domain protein  24.37 
 
 		 170 aa  45.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.000141118  normal  0.192385 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1779  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36 
 
 		 131 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1706  cupin 2 protein  25.4 
 
 		 136 aa  45.4  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2380  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.5 
 
 		 231 aa  44.7  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4530  cupin 2 domain-containing protein  28.28 
 
 		 140 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.812738  normal  0.896938 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3695  cupin region  36.76 
 
 		 127 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1831  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.85 
 
 		 149 aa  43.5  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00137972  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5435  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.34 
 
 		 149 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.657648 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1767  cupin 2, barrel  35.29 
 
 		 127 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0773162  normal  0.597439 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3175  cupin 2 domain-containing protein  33.75 
 
 		 135 aa  42.7  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0623  cupin 2 domain-containing protein  29.5 
 
 		 148 aa  42.4  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.339889  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2628  cupin 2 domain-containing protein  31.34 
 
 		 157 aa  41.6  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.074736  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1605  cupin 2, barrel  30.67 
 
 		 127 aa  41.6  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.843392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3496  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.49 
 
 		 140 aa  41.6  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0300  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.6 
 
 		 152 aa  41.2  0.004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0895835 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0248  cupin 2 domain-containing protein  29.46 
 
 		 165 aa  40.8  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2157  cupin 2, barrel  32 
 
 		 147 aa  40.4  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0974853 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3656  cupin 2, barrel  34 
 
 		 148 aa  40.4  0.008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.110053  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3569  hypothetical protein  33.68 
 
 		 146 aa  40  0.01  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>