88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3204 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3204  cupin region  100 
 
 		 150 aa  304  3e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0134576 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1503  cupin 2 domain-containing protein  50 
 
 		 133 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3788  cupin 2 domain-containing protein  47.93 
 
 		 133 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.140912  normal  0.456948 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5737  Cupin 2 conserved barrel domain protein  43.97 
 
 		 139 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0195  cupin domain-containing protein  46.94 
 
 		 318 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.579249  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4316  cupin 2  41.61 
 
 		 146 aa  104  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8435  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.3 
 
 		 139 aa  103  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1684  cupin domain-containing protein  45.92 
 
 		 155 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03510  hypothetical protein  43.12 
 
 		 135 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866507  hitchhiker  0.00000000000000348857 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0348  hypothetical protein  41.94 
 
 		 135 aa  100  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1206  hypothetical protein  43.88 
 
 		 152 aa  99.4  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5430  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.74 
 
 		 139 aa  98.2  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6385  cupin 2 domain-containing protein  39.01 
 
 		 138 aa  97.8  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.128861 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6639  cupin 2 domain-containing protein  42.97 
 
 		 135 aa  97.4  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0292958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1602  cupin domain-containing protein  48.31 
 
 		 150 aa  97.4  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.433121  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4282  cupin 2 domain-containing protein  42.65 
 
 		 137 aa  97.4  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5602  cupin 2 domain-containing protein  38.1 
 
 		 131 aa  95.9  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.418121 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5257  cupin 2, barrel  38.1 
 
 		 131 aa  95.9  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5629  cupin 2 domain-containing protein  44.95 
 
 		 145 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4626  cupin 2 domain-containing protein  37.3 
 
 		 134 aa  94  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000448523 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2343  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.44 
 
 		 139 aa  94  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2420  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.06 
 
 		 135 aa  93.2  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796075 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3157  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.8 
 
 		 129 aa  93.2  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.737145  normal  0.282512 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4102  cupin 2, barrel  44.68 
 
 		 139 aa  92.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.470129  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3253  cupin 2 domain-containing protein  44.68 
 
 		 139 aa  92.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.641495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4264  cupin 2 domain-containing protein  44.68 
 
 		 139 aa  92.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.209517  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1742  hypothetical protein  43.62 
 
 		 141 aa  90.9  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0525377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6088  cupin 2 domain-containing protein  39.67 
 
 		 138 aa  90.1  9e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4739  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.83 
 
 		 137 aa  89.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234364  normal  0.716595 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3724  hypothetical protein  38.24 
 
 		 157 aa  90.1  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0092  hypothetical protein  40.95 
 
 		 134 aa  89.4  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4326  cupin 2 domain-containing protein  38.06 
 
 		 140 aa  88.6  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.785226  normal  0.151311 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5168  cupin 2, barrel  36.43 
 
 		 143 aa  88.2  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.244444 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2789  cupin 2 domain-containing protein  44 
 
 		 141 aa  87  7e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5795  cupin 2 domain-containing protein  35.94 
 
 		 135 aa  87  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.732811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5822  cupin 2 domain-containing protein  40.56 
 
 		 141 aa  86.3  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.186045 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2017  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.71 
 
 		 143 aa  86.7  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0367587 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6988  cupin 2 domain-containing protein  43.14 
 
 		 138 aa  86.3  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6134  cupin region  45 
 
 		 138 aa  86.3  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7642  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.28 
 
 		 138 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0261511  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0995  cupin region  40.16 
 
 		 138 aa  85.9  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1578  cupin region  37.74 
 
 		 134 aa  85.5  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.489903  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2274  cupin region  41.18 
 
 		 137 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.921638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5578  cupin 2 domain-containing protein  36.96 
 
 		 134 aa  84.3  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3950  cupin 2 domain-containing protein  42.72 
 
 		 138 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.319807 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2920  cupin 2, barrel  38.53 
 
 		 134 aa  82.8  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.288591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3553  cupin 2 domain-containing protein  38.74 
 
 		 147 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.562201 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5346  cupin 2 domain-containing protein  36.08 
 
 		 171 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0870556 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6168  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.04 
 
 		 172 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2973  hypothetical protein  32.73 
 
 		 133 aa  80.1  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.909683  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5642  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.2 
 
 		 179 aa  79.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1425  hypothetical protein  37.12 
 
 		 143 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.18183  normal  0.0452464 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1346  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.94 
 
 		 150 aa  78.2  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.787585  hitchhiker  0.0000000363501 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1318  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.94 
 
 		 150 aa  78.2  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4674  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.31 
 
 		 138 aa  77.4  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.3213  normal  0.701172 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3402  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.9 
 
 		 144 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2774  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.59 
 
 		 138 aa  76.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.283614  normal  0.900413 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2329  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 128 aa  76.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0016638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1999  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.63 
 
 		 134 aa  73.6  0.0000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2518  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.53 
 
 		 138 aa  72.4  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3906  cupin 2 domain-containing protein  32.54 
 
 		 133 aa  72  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000227782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2654  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.32 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2444  hypothetical protein  29.6 
 
 		 141 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.406383  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2440  hypothetical protein  36.14 
 
 		 129 aa  62  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0542121  normal  0.878166 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5450  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.65 
 
 		 137 aa  61.6  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.341388 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5381  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.08 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08614  cupin domain protein (AFU_orthologue; AFUA_3G13620)  30.19 
 
 		 150 aa  59.3  0.00000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5435  hypothetical protein  30.77 
 
 		 145 aa  57.8  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.534413  normal  0.706923 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4505  cupin 2 domain-containing protein  32.08 
 
 		 145 aa  57.8  0.00000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2490  hypothetical protein  27.35 
 
 		 132 aa  55.8  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440666  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1491  cupin:protein of unknown function DUF861  27.78 
 
 		 133 aa  56.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1706  cupin 2 protein  28.09 
 
 		 136 aa  55.5  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4486  cupin 2 domain-containing protein  29.81 
 
 		 135 aa  54.7  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.801691  normal  0.97198 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4006  cupin 2 domain-containing protein  32.53 
 
 		 137 aa  52.8  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.244405  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2102  cupin 2 domain-containing protein  30.19 
 
 		 134 aa  52  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2285  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.31 
 
 		 173 aa  51.2  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4460  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.95 
 
 		 140 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0766179  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3496  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.56 
 
 		 140 aa  48.9  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3737  cupin 2 domain-containing protein  29.77 
 
 		 135 aa  48.9  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.107824  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5062  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.57 
 
 		 136 aa  46.2  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1426  hypothetical protein  33.7 
 
 		 130 aa  44.7  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.416507  normal  0.349881 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1980  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.8 
 
 		 130 aa  43.9  0.0007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5003  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.32 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.190773  normal  0.813691 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5056  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.7 
 
 		 133 aa  43.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370159 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2380  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.5 
 
 		 231 aa  42  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0116  cupin 2 domain-containing protein  31.58 
 
 		 136 aa  42  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0623  cupin 2 domain-containing protein  29.41 
 
 		 148 aa  41.2  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.339889  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0735  cupin 2 domain-containing protein  27.07 
 
 		 178 aa  41.2  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>