88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4456 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4456  hypothetical protein  100 
 
 		 129 aa  265  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0285903  normal  0.0443513 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4521  hypothetical protein  77.34 
 
 		 129 aa  215  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4715  Cupin 2 conserved barrel domain protein  76.19 
 
 		 127 aa  206  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0177  cupin 2 domain-containing protein  68.85 
 
 		 148 aa  177  5.999999999999999e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178476 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3674  cupin 2 domain-containing protein  55.47 
 
 		 131 aa  151  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.206207  normal  0.126063 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2409  cupin family protein  37.97 
 
 		 114 aa  57.8  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116838  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3988  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.93 
 
 		 146 aa  57  0.00000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.507618  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0837  cupin 2 domain-containing protein  37.08 
 
 		 125 aa  56.6  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168826 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0837  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.09 
 
 		 130 aa  51.2  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7008  hypothetical protein  38.33 
 
 		 163 aa  50.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0126624  hitchhiker  0.000933462 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3146  cupin 2 domain-containing protein  28.95 
 
 		 134 aa  49.7  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13508  hypothetical protein  26.37 
 
 		 177 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3858  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.68 
 
 		 133 aa  48.9  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2969  cupin 2  28 
 
 		 171 aa  47.4  0.00006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 181 aa  47  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2444  hypothetical protein  34.78 
 
 		 141 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.406383  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8561  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.42 
 
 		 140 aa  47  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853837  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1504  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.04 
 
 		 111 aa  47  0.0001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.220487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1816  cupin 2 domain-containing protein  28.57 
 
 		 123 aa  46.2  0.0002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.337557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0731  cupin 2 domain-containing protein  32.61 
 
 		 112 aa  45.4  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00910188  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1685  cupin 2 domain-containing protein  36.51 
 
 		 141 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2932  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.14 
 
 		 121 aa  45.4  0.0003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2004  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.1 
 
 		 141 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0633  cupin 2 domain-containing protein  29.41 
 
 		 158 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.643791  normal  0.229137 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4169  cupin 2 domain-containing protein  32.77 
 
 		 155 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5786  cupin 2 conserved barrel domain protein  34.09 
 
 		 135 aa  44.7  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.242076  normal  0.0379764 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0144  cupin 2 domain-containing protein  32.84 
 
 		 165 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1305  cupin 2, barrel  32.84 
 
 		 115 aa  44.7  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0335072  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1207  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.91 
 
 		 152 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.830198  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3346  cupin 2 domain-containing protein  32.77 
 
 		 155 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4820  cupin 2, barrel  32.77 
 
 		 155 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0595  cupin 2 domain-containing protein  31.34 
 
 		 165 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0617  cupin 2 domain-containing protein  31.34 
 
 		 165 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.546436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0925  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 205 aa  44.3  0.0006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1074  pirin domain-containing protein  47.27 
 
 		 290 aa  44.3  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0604  cupin 2, barrel  31.34 
 
 		 165 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.398371  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  35.09 
 
 		 183 aa  43.9  0.0007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2241  pirin domain-containing protein  47.27 
 
 		 290 aa  43.9  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2120  pirin domain-containing protein  47.27 
 
 		 290 aa  43.5  0.0009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3405  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.7 
 
 		 156 aa  43.5  0.0009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4108  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.79 
 
 		 165 aa  43.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0204  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.92 
 
 		 160 aa  42.7  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5531  Pirin-like protein  45.45 
 
 		 290 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0381  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.88 
 
 		 103 aa  42.7  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.754668  normal  0.233584 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4126  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 119 aa  42.7  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2148  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.38 
 
 		 133 aa  42.4  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.0024464  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3363  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.37 
 
 		 181 aa  42.4  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.331871 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 202 aa  42.7  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3638  cupin 2 domain-containing protein  34.72 
 
 		 152 aa  42.7  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.588869  normal  0.0557412 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2249  cupin 2, barrel  22.77 
 
 		 143 aa  41.6  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1928  pirin family protein  47.27 
 
 		 290 aa  41.6  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0780  pirin domain-containing protein  47.27 
 
 		 290 aa  42  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1509  pirin family protein  47.27 
 
 		 290 aa  42  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.589692  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0516  pirin domain-containing protein  47.27 
 
 		 290 aa  41.6  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0614  pirin domain-containing protein  47.27 
 
 		 290 aa  41.6  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3706  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.31 
 
 		 163 aa  42  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2096  pirin family protein  47.27 
 
 		 290 aa  42  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1041  cupin 2 domain-containing protein  29.67 
 
 		 311 aa  41.6  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.421449  normal  0.0580221 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0266  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.2 
 
 		 130 aa  41.6  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.465169  normal  0.12222 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5217  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.67 
 
 		 112 aa  41.2  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.181963  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2141  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 159 aa  41.2  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 190 aa  41.2  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2268  cupin 2 domain-containing protein  27.47 
 
 		 111 aa  41.6  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3023  cupin 2, barrel  29.49 
 
 		 113 aa  41.2  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3273  cupin 2 domain-containing protein  28.46 
 
 		 155 aa  41.2  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2227  pirin domain-containing protein  44.44 
 
 		 290 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.929804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1603  cupin 2 domain-containing protein  28.87 
 
 		 123 aa  41.2  0.005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5386  hypothetical protein  42.37 
 
 		 127 aa  41.2  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272839  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1243  transcriptional regulator  27.35 
 
 		 184 aa  41.2  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0320  cupin 2 domain-containing protein  31.94 
 
 		 146 aa  41.2  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.864661  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3678  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 118 aa  40.8  0.006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1786  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.68 
 
 		 246 aa  40.8  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.106894  normal  0.350828 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0832  cupin 2 domain-containing protein  32.26 
 
 		 139 aa  40.8  0.006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5131  cupin 2 domain-containing protein  28.46 
 
 		 155 aa  40.8  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.720465  normal  0.658143 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1009  cupin family protein  22.11 
 
 		 119 aa  40.8  0.006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3867  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.87 
 
 		 145 aa  40.8  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.468547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3191  cupin 2, barrel  32.63 
 
 		 179 aa  40.8  0.007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000053457  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2781  cupin 2, barrel  32.14 
 
 		 338 aa  40.8  0.007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.402218  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  38.16 
 
 		 192 aa  40.8  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0432  cupin region  31.82 
 
 		 117 aa  40.4  0.007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.583729  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2960  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 		 112 aa  40.4  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3906  cupin 2 domain-containing protein  31.68 
 
 		 133 aa  40.4  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000227782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3695  cupin region  40.68 
 
 		 127 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0540  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.76 
 
 		 113 aa  40.4  0.009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3404  cupin 2 domain-containing protein  36.67 
 
 		 215 aa  40.4  0.009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5012  hypothetical protein  28.77 
 
 		 155 aa  40.4  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0120588  normal  0.173507 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4007  hypothetical protein  40.54 
 
 		 128 aa  40.4  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 184 aa  40  0.01  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>