40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3023 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3023  cupin 2, barrel  100 
 
 		 113 aa  234  4e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4126  cupin 2 domain-containing protein  56.64 
 
 		 119 aa  139  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2662  cupin 2 domain-containing protein  57.14 
 
 		 119 aa  138  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0652  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50 
 
 		 112 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00345  cupin domain protein  46.02 
 
 		 121 aa  115  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00219915  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1444  cupin 2 domain-containing protein  42.16 
 
 		 132 aa  92  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2852  cupin 2  42.86 
 
 		 156 aa  52.4  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2327  cupin 2 domain-containing protein  29.41 
 
 		 150 aa  52  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000139899 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1085  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.86 
 
 		 168 aa  51.6  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4038  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  32.32 
 
 		 475 aa  48.9  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.747306 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2501  cupin 2 domain-containing protein  45.83 
 
 		 135 aa  48.5  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.342935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1459  hypothetical protein  29.41 
 
 		 332 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0434689  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33680  Protein of unknown function (DUF861)  44.9 
 
 		 147 aa  46.6  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.741976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0147  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.67 
 
 		 141 aa  46.2  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2392  cupin 2 domain-containing protein  39.29 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.232938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2685  cupin 2 domain-containing protein  42 
 
 		 134 aa  46.6  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.477579  hitchhiker  0.0004758 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2403  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.06 
 
 		 332 aa  44.3  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8561  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.87 
 
 		 140 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853837  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2161  cupin 2 domain-containing protein  32.94 
 
 		 152 aa  43.5  0.0009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0191913  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2672  hypothetical protein  30.16 
 
 		 159 aa  43.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311364  normal  0.391613 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2629  Cupin 2 conserved barrel domain protein  25.3 
 
 		 138 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3001  cupin 2 domain-containing protein  30.26 
 
 		 124 aa  43.5  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2409  cupin family protein  28.83 
 
 		 114 aa  43.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116838  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4297  cupin 2 domain-containing protein  24.75 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4149  hypothetical protein  44.23 
 
 		 150 aa  43.5  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26535  decreased coverage  0.0023385 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7008  hypothetical protein  32.91 
 
 		 163 aa  43.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0126624  hitchhiker  0.000933462 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0121  hypothetical protein  41.46 
 
 		 242 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2908  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.31 
 
 		 159 aa  41.6  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1023  cupin 2 domain-containing protein  29.51 
 
 		 120 aa  41.6  0.004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0950  cupin 2 domain-containing protein  29.63 
 
 		 158 aa  41.2  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6233  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.89 
 
 		 163 aa  41.2  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398434  normal  0.379299 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4456  hypothetical protein  29.49 
 
 		 129 aa  41.2  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0285903  normal  0.0443513 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3988  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.75 
 
 		 146 aa  41.2  0.005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.507618  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0834  mannose-1-phosphate guanylyltransferase (GDP)  26.74 
 
 		 484 aa  41.2  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.855143  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2502  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.31 
 
 		 159 aa  40.8  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.529336 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2491  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  26.74 
 
 		 484 aa  40.8  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.303599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4146  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  27.91 
 
 		 474 aa  40.8  0.007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.469733 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14331  mannose-1-phosphate guanylyltransferase  33.33 
 
 		 482 aa  40.4  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.556051  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0193  Cupin 2 conserved barrel domain protein  23.38 
 
 		 126 aa  40.8  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.539282  normal  0.99492 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0865  cupin 2 domain-containing protein  30.67 
 
 		 152 aa  40  0.009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.151953  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>