60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3657 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3657  cupin 2, barrel  100 
 
 		 142 aa  294  3e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.230089  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0906  cupin region  90.14 
 
 		 142 aa  271  2.0000000000000002e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.168616  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3294  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.03 
 
 		 137 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53927  normal  0.0737316 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3039  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.44 
 
 		 137 aa  128  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2368  cupin 2 domain-containing protein  42.86 
 
 		 137 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.034272  normal  0.382558 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4554  cupin 2 domain-containing protein  44.44 
 
 		 137 aa  122  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0071761 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3966  cupin 2 domain-containing protein  41.27 
 
 		 131 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3228  mannose-6-phosphate isomerase  41.27 
 
 		 131 aa  121  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5069  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.22 
 
 		 137 aa  120  6e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.666012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5014  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.96 
 
 		 137 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0559417  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0396  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.41 
 
 		 145 aa  112  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.337758  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0937  hypothetical protein  42.4 
 
 		 170 aa  110  7.000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0832  cupin 2 domain-containing protein  42.4 
 
 		 139 aa  110  8.000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2215  cupin 2 domain-containing protein  41.18 
 
 		 145 aa  108  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.556926  normal  0.0146751 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3615  cupin 2 domain-containing protein  38.1 
 
 		 136 aa  105  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0243585  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3461  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.52 
 
 		 130 aa  83.6  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430569 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1493  cupin:cupin region  34.45 
 
 		 155 aa  79.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0153  cupin 2 domain-containing protein  35.2 
 
 		 146 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.621652  normal  0.0698288 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1911  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.47 
 
 		 131 aa  75.5  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997303  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2238  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.04 
 
 		 127 aa  74.7  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0230076  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6600  cupin 2 domain-containing protein  34.21 
 
 		 138 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4674  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.83 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3156  cupin 2 domain-containing protein  29.23 
 
 		 160 aa  57.8  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4843  cupin 2 domain-containing protein  30.15 
 
 		 182 aa  57  0.00000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.45501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4894  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.08 
 
 		 177 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1173  cupin 2 domain-containing protein  29.1 
 
 		 180 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0388903  normal  0.0358477 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3018  cupin 2 domain-containing protein  27.69 
 
 		 165 aa  53.9  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.609339  normal  0.0617685 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1333  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.32 
 
 		 180 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.861025  normal  0.798178 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5111  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.07 
 
 		 167 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5003  cupin 2 domain-containing protein  26.73 
 
 		 168 aa  50.4  0.000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4895  cupin 2 domain-containing protein  25.58 
 
 		 167 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.664893 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3473  cupin 2 domain-containing protein  26.89 
 
 		 162 aa  48.9  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.017049  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3115  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.26 
 
 		 157 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.768633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3387  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.19 
 
 		 157 aa  48.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.895408  normal  0.219685 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0220  hypothetical protein  25.25 
 
 		 156 aa  47  0.00009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4209  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.21 
 
 		 166 aa  47  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2202  hypothetical protein  25.96 
 
 		 172 aa  47  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3173  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26 
 
 		 171 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457718 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0602  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.97 
 
 		 118 aa  46.2  0.0001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0792  hypothetical protein  26 
 
 		 170 aa  47  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0560  cupin 2 domain-containing protein  26 
 
 		 161 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172519  hitchhiker  0.000823195 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1709  cupin 2, barrel  39.08 
 
 		 163 aa  46.2  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.448021 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3463  cupin 2, barrel  27.88 
 
 		 172 aa  46.6  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1354  cupin 2, barrel  24.51 
 
 		 169 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.688932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5299  hypothetical protein  29.55 
 
 		 166 aa  44.7  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.148055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2157  cupin 2, barrel  32.11 
 
 		 147 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0974853 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0303  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.65 
 
 		 147 aa  44.7  0.0005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.693609  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4993  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.5 
 
 		 137 aa  43.9  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.391501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2761  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.17 
 
 		 139 aa  43.9  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.668807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4715  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.95 
 
 		 127 aa  42.7  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2731  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.94 
 
 		 113 aa  43.5  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.497805  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2453  cupin domain-containing protein  29.58 
 
 		 137 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2589  pectin degradation protein KdgF  28.17 
 
 		 137 aa  42  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.933509  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.63 
 
 		 166 aa  41.6  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.760355  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0571  pectin degradation protein kdgF  30.77 
 
 		 138 aa  42  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0889  hypothetical protein  28.17 
 
 		 169 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3363  Cupin 2 conserved barrel domain protein  23.91 
 
 		 181 aa  41.6  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.331871 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3191  cupin 2, barrel  33.98 
 
 		 179 aa  41.2  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000053457  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3711  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.63 
 
 		 138 aa  41.2  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1382  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.32 
 
 		 169 aa  40.4  0.009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336877  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>