70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4895 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4895  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 167 aa  342  2e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.664893 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5003  cupin 2 domain-containing protein  86 
 
 		 168 aa  271  3e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3018  cupin 2 domain-containing protein  82.61 
 
 		 165 aa  270  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.609339  normal  0.0617685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5111  Cupin 2 conserved barrel domain protein  79.76 
 
 		 167 aa  266  8e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4843  cupin 2 domain-containing protein  82.89 
 
 		 182 aa  259  8.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.45501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4894  Cupin 2 conserved barrel domain protein  75.88 
 
 		 177 aa  257  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1173  cupin 2 domain-containing protein  75.9 
 
 		 180 aa  255  2e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0388903  normal  0.0358477 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1333  Cupin 2 conserved barrel domain protein  75.9 
 
 		 180 aa  255  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.861025  normal  0.798178 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2202  hypothetical protein  74.34 
 
 		 172 aa  239  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3463  cupin 2, barrel  72.61 
 
 		 172 aa  234  4e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4209  Cupin 2 conserved barrel domain protein  69.51 
 
 		 166 aa  231  4.0000000000000004e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3473  cupin 2 domain-containing protein  72.37 
 
 		 162 aa  228  3e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.017049  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0792  hypothetical protein  72.02 
 
 		 170 aa  227  5e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3173  Cupin 2 conserved barrel domain protein  71.6 
 
 		 171 aa  225  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457718 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1354  cupin 2, barrel  68.15 
 
 		 169 aa  224  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.688932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0560  cupin 2 domain-containing protein  78.52 
 
 		 161 aa  224  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172519  hitchhiker  0.000823195 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3387  Cupin 2 conserved barrel domain protein  70.13 
 
 		 157 aa  222  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.895408  normal  0.219685 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3115  Cupin 2 conserved barrel domain protein  69.48 
 
 		 157 aa  219  9e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.768633  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0220  hypothetical protein  68.46 
 
 		 156 aa  215  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3156  cupin 2 domain-containing protein  65.54 
 
 		 160 aa  203  1e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2761  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.31 
 
 		 139 aa  102  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.668807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1382  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.06 
 
 		 169 aa  102  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336877  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5642  cupin 2 domain-containing protein  41.46 
 
 		 156 aa  95.5  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3711  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.23 
 
 		 138 aa  95.1  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7217  hypothetical protein  33.33 
 
 		 206 aa  80.9  0.000000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0303  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.07 
 
 		 147 aa  75.1  0.0000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.693609  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2772  cupin 2 domain-containing protein  39.64 
 
 		 178 aa  61.6  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4554  cupin 2 domain-containing protein  30.19 
 
 		 137 aa  60.5  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0071761 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0832  cupin 2 domain-containing protein  36.19 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5014  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.25 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0559417  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5069  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.19 
 
 		 137 aa  58.9  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.666012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0937  hypothetical protein  36.19 
 
 		 170 aa  58.9  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2238  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.83 
 
 		 127 aa  58.5  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0230076  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3228  mannose-6-phosphate isomerase  31.71 
 
 		 131 aa  58.2  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1911  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.36 
 
 		 131 aa  57.8  0.00000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997303  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3966  cupin 2 domain-containing protein  30.49 
 
 		 131 aa  57  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3461  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.77 
 
 		 130 aa  56.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430569 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0906  cupin region  29.07 
 
 		 142 aa  54.7  0.0000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.168616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6600  cupin 2 domain-containing protein  28.85 
 
 		 138 aa  53.9  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0396  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.54 
 
 		 145 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.337758  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4674  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.57 
 
 		 138 aa  52.4  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2215  cupin 2 domain-containing protein  31.06 
 
 		 145 aa  52  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.556926  normal  0.0146751 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1493  cupin:cupin region  30.53 
 
 		 155 aa  50.4  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3098  cupin 2 protein  30.56 
 
 		 122 aa  50.4  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.798535  normal  0.375824 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3657  cupin 2, barrel  25.58 
 
 		 142 aa  49.3  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.230089  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0571  pectin degradation protein kdgF  30.23 
 
 		 138 aa  48.1  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0153  cupin 2 domain-containing protein  32.38 
 
 		 146 aa  47.4  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.621652  normal  0.0698288 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3615  cupin 2 domain-containing protein  26.88 
 
 		 136 aa  47  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0243585  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3039  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.3 
 
 		 137 aa  46.2  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3294  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.3 
 
 		 137 aa  46.6  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53927  normal  0.0737316 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2453  cupin domain-containing protein  29.07 
 
 		 137 aa  45.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2589  pectin degradation protein KdgF  29.07 
 
 		 137 aa  44.7  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.933509  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0602  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.91 
 
 		 118 aa  44.3  0.0008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0889  hypothetical protein  29.07 
 
 		 169 aa  43.9  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2368  cupin 2 domain-containing protein  30.85 
 
 		 137 aa  43.5  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.034272  normal  0.382558 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3140  conserved hypothetical phosphomannose protein  37.5 
 
 		 137 aa  43.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3572  cupin region  30.84 
 
 		 178 aa  43.1  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0140245  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0655  Carboxymuconolactone decarboxylase  40 
 
 		 398 aa  43.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47766  normal  0.236933 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4640  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.97 
 
 		 178 aa  41.6  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.650295  normal  0.123647 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4508  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.97 
 
 		 178 aa  41.6  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3171  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.5 
 
 		 182 aa  41.6  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.480255  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0819  cupin 2 domain-containing protein  30.39 
 
 		 123 aa  41.2  0.006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4235  cupin 2 domain-containing protein  30.28 
 
 		 179 aa  41.2  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4101  cupin 2 domain-containing protein  29.36 
 
 		 175 aa  41.2  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.170919 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3146  cupin 2 domain-containing protein  31.4 
 
 		 134 aa  41.2  0.007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1107  hypothetical protein  27.03 
 
 		 175 aa  41.2  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.049501  normal  0.353862 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3691  cupin 2, barrel  29.67 
 
 		 178 aa  41.2  0.008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.224723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4453  carboxymuconolactone decarboxylase  33.33 
 
 		 396 aa  40.8  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0765828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4566  cupin 2 domain-containing protein  29.36 
 
 		 175 aa  40.8  0.008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464338  hitchhiker  0.000237614 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1499  hypothetical protein  33.03 
 
 		 175 aa  40.4  0.01  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>