87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2368 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2368  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 137 aa  282  1.0000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.034272  normal  0.382558 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3039  Cupin 2 conserved barrel domain protein  72.26 
 
 		 137 aa  218  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3294  Cupin 2 conserved barrel domain protein  72.99 
 
 		 137 aa  216  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53927  normal  0.0737316 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3966  cupin 2 domain-containing protein  62.02 
 
 		 131 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0396  Cupin 2 conserved barrel domain protein  66.17 
 
 		 145 aa  171  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.337758  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3228  mannose-6-phosphate isomerase  62.02 
 
 		 131 aa  171  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5069  Cupin 2 conserved barrel domain protein  64.34 
 
 		 137 aa  169  7.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.666012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4554  cupin 2 domain-containing protein  63.57 
 
 		 137 aa  169  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0071761 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5014  Cupin 2 conserved barrel domain protein  62.02 
 
 		 137 aa  166  9e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0559417  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0832  cupin 2 domain-containing protein  57.03 
 
 		 139 aa  159  2e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3615  cupin 2 domain-containing protein  57.36 
 
 		 136 aa  159  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0243585  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0937  hypothetical protein  56.25 
 
 		 170 aa  157  7e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2215  cupin 2 domain-containing protein  60.77 
 
 		 145 aa  153  9e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.556926  normal  0.0146751 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0906  cupin region  45.24 
 
 		 142 aa  131  3e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.168616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3657  cupin 2, barrel  42.86 
 
 		 142 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.230089  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3461  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.11 
 
 		 130 aa  117  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430569 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0153  cupin 2 domain-containing protein  57.26 
 
 		 146 aa  114  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.621652  normal  0.0698288 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2238  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.38 
 
 		 127 aa  107  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0230076  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6600  cupin 2 domain-containing protein  47.01 
 
 		 138 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1493  cupin:cupin region  45.22 
 
 		 155 aa  104  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1911  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.38 
 
 		 131 aa  103  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997303  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4674  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.41 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4894  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.58 
 
 		 177 aa  58.2  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1354  cupin 2, barrel  37.11 
 
 		 169 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.688932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2202  hypothetical protein  36.08 
 
 		 172 aa  57.8  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3173  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.37 
 
 		 171 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457718 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0792  hypothetical protein  37.37 
 
 		 170 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1382  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.39 
 
 		 169 aa  57.4  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336877  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0560  cupin 2 domain-containing protein  37.37 
 
 		 161 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172519  hitchhiker  0.000823195 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1173  cupin 2 domain-containing protein  34.62 
 
 		 180 aa  57  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0388903  normal  0.0358477 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1333  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.95 
 
 		 180 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.861025  normal  0.798178 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5111  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.95 
 
 		 167 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3156  cupin 2 domain-containing protein  34.02 
 
 		 160 aa  55.5  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3018  cupin 2 domain-containing protein  35.71 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.609339  normal  0.0617685 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4843  cupin 2 domain-containing protein  34.62 
 
 		 182 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.45501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0303  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.9 
 
 		 147 aa  53.9  0.0000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.693609  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2761  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.64 
 
 		 139 aa  53.9  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.668807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3711  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 138 aa  52.8  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4209  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.99 
 
 		 166 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3387  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.02 
 
 		 157 aa  50.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.895408  normal  0.219685 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3115  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.08 
 
 		 157 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.768633  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0220  hypothetical protein  30.88 
 
 		 156 aa  48.9  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3440  cupin 2 domain-containing protein  30.59 
 
 		 167 aa  49.3  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5003  cupin 2 domain-containing protein  34.04 
 
 		 168 aa  48.9  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3463  cupin 2, barrel  32.99 
 
 		 172 aa  49.3  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0602  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.8 
 
 		 118 aa  48.5  0.00003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3473  cupin 2 domain-containing protein  31.13 
 
 		 162 aa  46.6  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.017049  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2731  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.11 
 
 		 113 aa  47  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.497805  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0389  cupin 2 domain-containing protein  30.77 
 
 		 122 aa  45.1  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1709  cupin 2, barrel  37.33 
 
 		 163 aa  45.4  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.448021 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0571  pectin degradation protein kdgF  33.33 
 
 		 138 aa  45.4  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2453  cupin domain-containing protein  33.33 
 
 		 137 aa  44.7  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5642  cupin 2 domain-containing protein  32.38 
 
 		 156 aa  44.7  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0565  hypothetical protein  30.4 
 
 		 155 aa  44.3  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.916683  normal  0.52627 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2589  pectin degradation protein KdgF  32.26 
 
 		 137 aa  44.3  0.0006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.933509  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1161  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.04 
 
 		 165 aa  44.3  0.0006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000592158  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1080  hypothetical protein  37.08 
 
 		 164 aa  44.3  0.0006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1181  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.58 
 
 		 192 aa  43.9  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.229288 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0889  hypothetical protein  32.1 
 
 		 169 aa  43.9  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3191  cupin 2, barrel  33.75 
 
 		 179 aa  43.9  0.0007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000053457  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0303  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.32 
 
 		 121 aa  43.9  0.0008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2260  polyketide synthesis domain protein  31.65 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0666056 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3018  cupin domain-containing protein  31.65 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.117139  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3858  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.7 
 
 		 133 aa  43.5  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4895  cupin 2 domain-containing protein  30.85 
 
 		 167 aa  43.5  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.664893 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2775  cupin 2 domain-containing protein  31.65 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.108544  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2982  polyketide synthesis domain protein  31.65 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3139  hypothetical protein  26.32 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2770  cupin domain-containing protein  31.65 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2719  hypothetical protein  31.65 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2978  polyketide synthesis domain protein  31.65 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000628046 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2981  cupin domain-containing protein  31.65 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0402  bicupin, oxalate decarboxylase family  35.06 
 
 		 404 aa  42  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.861289  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2699  hypothetical protein  31.65 
 
 		 120 aa  42  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.615203  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1011  hypothetical protein  35.29 
 
 		 152 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2514  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.66 
 
 		 174 aa  41.6  0.004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0103732  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2790  cupin 2 domain-containing protein  34.12 
 
 		 153 aa  41.6  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2193  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40 
 
 		 171 aa  41.2  0.005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3273  cupin 2 domain-containing protein  36.05 
 
 		 155 aa  41.2  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6792  cupin 2 domain-containing protein  34.44 
 
 		 158 aa  41.2  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.699759  normal  0.518208 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3020  polyketide synthesis domain protein  30.38 
 
 		 120 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0144  cupin 2 domain-containing protein  34.15 
 
 		 165 aa  40.8  0.006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3988  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.67 
 
 		 146 aa  40.8  0.006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.507618  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0837  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.09 
 
 		 130 aa  40.8  0.007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1623  hypothetical protein  29.67 
 
 		 135 aa  40.8  0.007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5786  cupin 2 conserved barrel domain protein  30.1 
 
 		 135 aa  40.4  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.242076  normal  0.0379764 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8561  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.79 
 
 		 140 aa  40  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853837  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>