58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1354 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1354  cupin 2, barrel  100 
 
 		 169 aa  345  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.688932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2202  hypothetical protein  85.53 
 
 		 172 aa  280  6.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3463  cupin 2, barrel  75.64 
 
 		 172 aa  250  8.000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4209  Cupin 2 conserved barrel domain protein  74.68 
 
 		 166 aa  246  8e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3018  cupin 2 domain-containing protein  70.25 
 
 		 165 aa  232  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.609339  normal  0.0617685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5111  Cupin 2 conserved barrel domain protein  69.7 
 
 		 167 aa  231  3e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1173  cupin 2 domain-containing protein  68.75 
 
 		 180 aa  229  9e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0388903  normal  0.0358477 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4894  Cupin 2 conserved barrel domain protein  68.94 
 
 		 177 aa  229  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1333  Cupin 2 conserved barrel domain protein  68.12 
 
 		 180 aa  227  6e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.861025  normal  0.798178 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3387  Cupin 2 conserved barrel domain protein  67.53 
 
 		 157 aa  227  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.895408  normal  0.219685 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3115  Cupin 2 conserved barrel domain protein  66.88 
 
 		 157 aa  224  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.768633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4895  cupin 2 domain-containing protein  68.15 
 
 		 167 aa  224  5.0000000000000005e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.664893 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4843  cupin 2 domain-containing protein  68.42 
 
 		 182 aa  223  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.45501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5003  cupin 2 domain-containing protein  68.39 
 
 		 168 aa  222  2e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0560  cupin 2 domain-containing protein  74 
 
 		 161 aa  221  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172519  hitchhiker  0.000823195 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3473  cupin 2 domain-containing protein  64.15 
 
 		 162 aa  219  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.017049  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0792  hypothetical protein  71.24 
 
 		 170 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3173  Cupin 2 conserved barrel domain protein  72 
 
 		 171 aa  217  7e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457718 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0220  hypothetical protein  64.52 
 
 		 156 aa  210  7e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3156  cupin 2 domain-containing protein  63.27 
 
 		 160 aa  200  7e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2761  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.4 
 
 		 139 aa  90.5  9e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.668807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1382  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.06 
 
 		 169 aa  90.1  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336877  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5642  cupin 2 domain-containing protein  39.68 
 
 		 156 aa  90.1  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3711  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.4 
 
 		 138 aa  83.2  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7217  hypothetical protein  31.37 
 
 		 206 aa  73.9  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3228  mannose-6-phosphate isomerase  35.05 
 
 		 131 aa  63.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2772  cupin 2 domain-containing protein  36.45 
 
 		 178 aa  63.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3461  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.93 
 
 		 130 aa  63.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430569 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0303  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.36 
 
 		 147 aa  62.4  0.000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.693609  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0832  cupin 2 domain-containing protein  38.14 
 
 		 139 aa  62.4  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3966  cupin 2 domain-containing protein  34.02 
 
 		 131 aa  62.4  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0937  hypothetical protein  38.14 
 
 		 170 aa  62  0.000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5069  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.99 
 
 		 137 aa  62  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.666012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4554  cupin 2 domain-containing protein  34.02 
 
 		 137 aa  61.2  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0071761 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2238  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.56 
 
 		 127 aa  60.1  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0230076  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6600  cupin 2 domain-containing protein  29.51 
 
 		 138 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5014  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.99 
 
 		 137 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0559417  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1493  cupin:cupin region  31.4 
 
 		 155 aa  58.5  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2368  cupin 2 domain-containing protein  37.11 
 
 		 137 aa  58.2  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.034272  normal  0.382558 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3615  cupin 2 domain-containing protein  27.5 
 
 		 136 aa  57.8  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0243585  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1911  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.78 
 
 		 131 aa  57.8  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997303  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4674  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.53 
 
 		 138 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0396  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.07 
 
 		 145 aa  54.3  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.337758  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2215  cupin 2 domain-containing protein  30.21 
 
 		 145 aa  52.4  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.556926  normal  0.0146751 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0906  cupin region  26.47 
 
 		 142 aa  51.2  0.000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.168616  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3294  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.93 
 
 		 137 aa  50.8  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53927  normal  0.0737316 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3039  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.93 
 
 		 137 aa  50.4  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3098  cupin 2 protein  30.36 
 
 		 122 aa  49.7  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.798535  normal  0.375824 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3657  cupin 2, barrel  24.51 
 
 		 142 aa  46.2  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.230089  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0571  pectin degradation protein kdgF  31.58 
 
 		 138 aa  46.6  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0153  cupin 2 domain-containing protein  35.05 
 
 		 146 aa  45.1  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.621652  normal  0.0698288 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0889  hypothetical protein  31.58 
 
 		 169 aa  44.7  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2453  cupin domain-containing protein  31.58 
 
 		 137 aa  44.7  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2589  pectin degradation protein KdgF  31.58 
 
 		 137 aa  44.3  0.0007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.933509  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1173  cupin 2, barrel  31.25 
 
 		 177 aa  43.5  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.540815 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3140  conserved hypothetical phosphomannose protein  35.59 
 
 		 137 aa  41.6  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0389  cupin 2 domain-containing protein  29 
 
 		 122 aa  41.6  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2140  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.62 
 
 		 288 aa  40.8  0.01  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>