58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1173 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_1173  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 180 aa  366  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0388903  normal  0.0358477 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1333  Cupin 2 conserved barrel domain protein  98.89 
 
 		 180 aa  362  2e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.861025  normal  0.798178 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4894  Cupin 2 conserved barrel domain protein  90 
 
 		 177 aa  322  1e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4843  cupin 2 domain-containing protein  92 
 
 		 182 aa  288  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.45501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3018  cupin 2 domain-containing protein  85.89 
 
 		 165 aa  282  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.609339  normal  0.0617685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5111  Cupin 2 conserved barrel domain protein  83.44 
 
 		 167 aa  273  9e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4895  cupin 2 domain-containing protein  75.9 
 
 		 167 aa  255  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.664893 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5003  cupin 2 domain-containing protein  81.58 
 
 		 168 aa  254  4e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3173  Cupin 2 conserved barrel domain protein  77.11 
 
 		 171 aa  240  9e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457718 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0792  hypothetical protein  75.76 
 
 		 170 aa  238  4e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4209  Cupin 2 conserved barrel domain protein  71.25 
 
 		 166 aa  234  4e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2202  hypothetical protein  73.33 
 
 		 172 aa  234  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3473  cupin 2 domain-containing protein  72.33 
 
 		 162 aa  231  3e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.017049  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3463  cupin 2, barrel  69.41 
 
 		 172 aa  229  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1354  cupin 2, barrel  68.75 
 
 		 169 aa  229  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.688932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0560  cupin 2 domain-containing protein  79.19 
 
 		 161 aa  229  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172519  hitchhiker  0.000823195 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3387  Cupin 2 conserved barrel domain protein  68.1 
 
 		 157 aa  222  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.895408  normal  0.219685 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3115  Cupin 2 conserved barrel domain protein  71.43 
 
 		 157 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.768633  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0220  hypothetical protein  69.13 
 
 		 156 aa  214  5.9999999999999996e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3156  cupin 2 domain-containing protein  65.79 
 
 		 160 aa  207  9e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2761  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.31 
 
 		 139 aa  108  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.668807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1382  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.53 
 
 		 169 aa  105  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336877  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3711  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.75 
 
 		 138 aa  99.4  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5642  cupin 2 domain-containing protein  41.86 
 
 		 156 aa  96.3  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7217  hypothetical protein  36.54 
 
 		 206 aa  90.5  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0303  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.4 
 
 		 147 aa  75.1  0.0000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.693609  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3228  mannose-6-phosphate isomerase  35.71 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3966  cupin 2 domain-containing protein  34.82 
 
 		 131 aa  72  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5069  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.93 
 
 		 137 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.666012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4554  cupin 2 domain-containing protein  33.93 
 
 		 137 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0071761 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5014  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.04 
 
 		 137 aa  68.9  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0559417  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0832  cupin 2 domain-containing protein  36.67 
 
 		 139 aa  68.2  0.00000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0937  hypothetical protein  36.67 
 
 		 170 aa  67.4  0.00000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2772  cupin 2 domain-containing protein  42.06 
 
 		 178 aa  66.2  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3461  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.61 
 
 		 130 aa  62  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430569 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0153  cupin 2 domain-containing protein  36.61 
 
 		 146 aa  62  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.621652  normal  0.0698288 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2238  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.96 
 
 		 127 aa  61.6  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0230076  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0396  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.62 
 
 		 145 aa  60.5  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.337758  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2215  cupin 2 domain-containing protein  34.91 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.556926  normal  0.0146751 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3615  cupin 2 domain-containing protein  30.36 
 
 		 136 aa  58.5  0.00000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0243585  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3039  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.14 
 
 		 137 aa  58.5  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3294  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.14 
 
 		 137 aa  58.5  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53927  normal  0.0737316 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0906  cupin region  30.6 
 
 		 142 aa  57.8  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.168616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1493  cupin:cupin region  32.63 
 
 		 155 aa  57.4  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6600  cupin 2 domain-containing protein  31.11 
 
 		 138 aa  57  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2368  cupin 2 domain-containing protein  34.62 
 
 		 137 aa  57  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.034272  normal  0.382558 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1911  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.65 
 
 		 131 aa  56.6  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997303  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3657  cupin 2, barrel  29.1 
 
 		 142 aa  54.7  0.0000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.230089  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3098  cupin 2 protein  34.55 
 
 		 122 aa  53.1  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.798535  normal  0.375824 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4674  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.32 
 
 		 138 aa  50.4  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3146  cupin 2 domain-containing protein  31.73 
 
 		 134 aa  47  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0571  pectin degradation protein kdgF  33.33 
 
 		 138 aa  45.4  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2453  cupin domain-containing protein  31.88 
 
 		 137 aa  43.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2140  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.36 
 
 		 288 aa  43.5  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2589  pectin degradation protein KdgF  31.88 
 
 		 137 aa  42.7  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.933509  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0889  hypothetical protein  31.88 
 
 		 169 aa  42.7  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3712  cupin region  30.77 
 
 		 172 aa  41.2  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.963003  normal  0.584711 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0134  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.44 
 
 		 118 aa  41.2  0.009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>