62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4209 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4209  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 		 166 aa  341  2.9999999999999997e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3463  cupin 2, barrel  86.59 
 
 		 172 aa  291  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2202  hypothetical protein  84.14 
 
 		 172 aa  261  4e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5111  Cupin 2 conserved barrel domain protein  76.54 
 
 		 167 aa  247  4e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1354  cupin 2, barrel  74.68 
 
 		 169 aa  246  8e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.688932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3018  cupin 2 domain-containing protein  75.31 
 
 		 165 aa  246  1e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.609339  normal  0.0617685 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4894  Cupin 2 conserved barrel domain protein  71.88 
 
 		 177 aa  238  4e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3387  Cupin 2 conserved barrel domain protein  72.67 
 
 		 157 aa  237  5e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.895408  normal  0.219685 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0792  hypothetical protein  74.7 
 
 		 170 aa  236  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1173  cupin 2 domain-containing protein  71.25 
 
 		 180 aa  234  3e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0388903  normal  0.0358477 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3115  Cupin 2 conserved barrel domain protein  72.05 
 
 		 157 aa  234  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.768633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1333  Cupin 2 conserved barrel domain protein  71.25 
 
 		 180 aa  234  4e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.861025  normal  0.798178 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4843  cupin 2 domain-containing protein  76.35 
 
 		 182 aa  234  4e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.45501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3173  Cupin 2 conserved barrel domain protein  74.25 
 
 		 171 aa  234  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457718 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5003  cupin 2 domain-containing protein  73.03 
 
 		 168 aa  234  5.0000000000000005e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4895  cupin 2 domain-containing protein  69.51 
 
 		 167 aa  231  4.0000000000000004e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.664893 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3473  cupin 2 domain-containing protein  70.62 
 
 		 162 aa  230  8.000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.017049  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0220  hypothetical protein  71.71 
 
 		 156 aa  226  9e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0560  cupin 2 domain-containing protein  78.91 
 
 		 161 aa  224  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172519  hitchhiker  0.000823195 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3156  cupin 2 domain-containing protein  67.11 
 
 		 160 aa  216  1e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2761  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.06 
 
 		 139 aa  102  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.668807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1382  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.45 
 
 		 169 aa  100  8e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336877  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3711  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.5 
 
 		 138 aa  92.8  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5642  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 		 156 aa  91.7  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7217  hypothetical protein  32.28 
 
 		 206 aa  76.3  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0303  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.33 
 
 		 147 aa  70.5  0.000000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.693609  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5069  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.14 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.666012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4554  cupin 2 domain-containing protein  36.04 
 
 		 137 aa  68.9  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0071761 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5014  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.14 
 
 		 137 aa  67.4  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0559417  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2238  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.7 
 
 		 127 aa  66.2  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0230076  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1911  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.98 
 
 		 131 aa  65.1  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997303  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1493  cupin:cupin region  28.57 
 
 		 155 aa  63.9  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2772  cupin 2 domain-containing protein  37.38 
 
 		 178 aa  63.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0832  cupin 2 domain-containing protein  39.18 
 
 		 139 aa  63.5  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0937  hypothetical protein  39.18 
 
 		 170 aa  62.8  0.000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3228  mannose-6-phosphate isomerase  34.02 
 
 		 131 aa  61.6  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3461  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.52 
 
 		 130 aa  61.2  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430569 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3966  cupin 2 domain-containing protein  32.99 
 
 		 131 aa  60.8  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6600  cupin 2 domain-containing protein  31.73 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3098  cupin 2 protein  33.91 
 
 		 122 aa  57.8  0.00000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.798535  normal  0.375824 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3615  cupin 2 domain-containing protein  29.73 
 
 		 136 aa  57.4  0.00000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0243585  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0396  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.42 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.337758  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0153  cupin 2 domain-containing protein  40.66 
 
 		 146 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.621652  normal  0.0698288 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2215  cupin 2 domain-containing protein  32.69 
 
 		 145 aa  54.3  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.556926  normal  0.0146751 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4674  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.72 
 
 		 138 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0906  cupin region  28.16 
 
 		 142 aa  52.4  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.168616  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3294  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.96 
 
 		 137 aa  51.2  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53927  normal  0.0737316 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3039  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.93 
 
 		 137 aa  50.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0571  pectin degradation protein kdgF  32.11 
 
 		 138 aa  49.7  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2368  cupin 2 domain-containing protein  32.99 
 
 		 137 aa  49.7  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.034272  normal  0.382558 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3657  cupin 2, barrel  26.21 
 
 		 142 aa  47  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.230089  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2589  pectin degradation protein KdgF  30.28 
 
 		 137 aa  47  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.933509  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0889  hypothetical protein  30.28 
 
 		 169 aa  47  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2453  cupin domain-containing protein  30.28 
 
 		 137 aa  47.4  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0134  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.39 
 
 		 118 aa  43.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0974  hypothetical protein  37.18 
 
 		 175 aa  41.2  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1236  cupin domain-containing protein  37.18 
 
 		 175 aa  41.2  0.007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1309  cupin domain-containing protein  37.18 
 
 		 175 aa  41.2  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3623  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0593  hypothetical protein  37.18 
 
 		 175 aa  41.2  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.133951  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0317  hypothetical protein  37.18 
 
 		 177 aa  41.2  0.007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.453914  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2496  hypothetical protein  37.18 
 
 		 175 aa  41.2  0.007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1334  hypothetical protein  37.18 
 
 		 175 aa  41.2  0.007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>