54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4554 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4554  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 137 aa  280  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0071761 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5014  Cupin 2 conserved barrel domain protein  97.08 
 
 		 137 aa  276  1e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0559417  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5069  Cupin 2 conserved barrel domain protein  90.51 
 
 		 137 aa  260  4.999999999999999e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.666012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0396  Cupin 2 conserved barrel domain protein  69.77 
 
 		 145 aa  192  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.337758  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2215  cupin 2 domain-containing protein  65.67 
 
 		 145 aa  186  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.556926  normal  0.0146751 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0937  hypothetical protein  62.96 
 
 		 170 aa  181  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0832  cupin 2 domain-containing protein  62.96 
 
 		 139 aa  180  5.0000000000000004e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3294  Cupin 2 conserved barrel domain protein  64.23 
 
 		 137 aa  178  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53927  normal  0.0737316 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3039  Cupin 2 conserved barrel domain protein  63.5 
 
 		 137 aa  178  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2368  cupin 2 domain-containing protein  63.57 
 
 		 137 aa  169  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.034272  normal  0.382558 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3615  cupin 2 domain-containing protein  57.58 
 
 		 136 aa  156  8e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0243585  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3228  mannose-6-phosphate isomerase  53.44 
 
 		 131 aa  150  7e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3966  cupin 2 domain-containing protein  52.67 
 
 		 131 aa  149  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0153  cupin 2 domain-containing protein  62.12 
 
 		 146 aa  143  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.621652  normal  0.0698288 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0906  cupin region  44.44 
 
 		 142 aa  127  5.0000000000000004e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.168616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3657  cupin 2, barrel  44.44 
 
 		 142 aa  122  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.230089  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3461  Cupin 2 conserved barrel domain protein  49.57 
 
 		 130 aa  117  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430569 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2238  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.76 
 
 		 127 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0230076  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4674  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.83 
 
 		 138 aa  97.8  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6600  cupin 2 domain-containing protein  42.74 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1493  cupin:cupin region  42.61 
 
 		 155 aa  95.5  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1911  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.5 
 
 		 131 aa  93.6  7e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997303  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3156  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 160 aa  72  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3018  cupin 2 domain-containing protein  35.45 
 
 		 165 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.609339  normal  0.0617685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5111  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.91 
 
 		 167 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1173  cupin 2 domain-containing protein  33.93 
 
 		 180 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0388903  normal  0.0358477 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4843  cupin 2 domain-containing protein  33.04 
 
 		 182 aa  69.3  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.45501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1333  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.55 
 
 		 180 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.861025  normal  0.798178 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4209  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.04 
 
 		 166 aa  68.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0220  hypothetical protein  37.27 
 
 		 156 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4894  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 177 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2202  hypothetical protein  35.05 
 
 		 172 aa  66.2  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3387  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.14 
 
 		 157 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.895408  normal  0.219685 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3463  cupin 2, barrel  37.11 
 
 		 172 aa  65.1  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0792  hypothetical protein  34.51 
 
 		 170 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3173  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.51 
 
 		 171 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457718 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3473  cupin 2 domain-containing protein  34.23 
 
 		 162 aa  65.1  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.017049  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5003  cupin 2 domain-containing protein  31.86 
 
 		 168 aa  65.1  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0560  cupin 2 domain-containing protein  34.51 
 
 		 161 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172519  hitchhiker  0.000823195 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3115  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.23 
 
 		 157 aa  63.5  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.768633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1354  cupin 2, barrel  34.02 
 
 		 169 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.688932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4895  cupin 2 domain-containing protein  30.19 
 
 		 167 aa  60.5  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.664893 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5642  cupin 2 domain-containing protein  31.36 
 
 		 156 aa  58.5  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1382  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.23 
 
 		 169 aa  57.4  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336877  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0303  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.24 
 
 		 147 aa  54.3  0.0000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.693609  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2761  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.25 
 
 		 139 aa  51.2  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.668807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3711  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.7 
 
 		 138 aa  46.6  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1011  hypothetical protein  31.91 
 
 		 152 aa  43.9  0.0008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2589  pectin degradation protein KdgF  33.8 
 
 		 137 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.933509  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2453  cupin domain-containing protein  33.8 
 
 		 137 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0889  hypothetical protein  33.8 
 
 		 169 aa  42  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0571  pectin degradation protein kdgF  33.8 
 
 		 138 aa  41.6  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7217  hypothetical protein  24.67 
 
 		 206 aa  41.6  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2140  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.19 
 
 		 288 aa  41.2  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>