109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1011 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1011  hypothetical protein  100 
 
 		 152 aa  317  5e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2936  cupin 2 protein  51.59 
 
 		 151 aa  130  5e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0225077  hitchhiker  0.00286289 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7188  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.22 
 
 		 152 aa  107  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4703  cupin 2 domain-containing protein  50 
 
 		 154 aa  103  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.835831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0967  hypothetical protein  43.44 
 
 		 153 aa  98.2  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.410205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02768  cupin region  41.96 
 
 		 129 aa  89  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.711044  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5493  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.02 
 
 		 160 aa  88.2  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.302326  normal  0.111821 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4979  cupin region  39.55 
 
 		 155 aa  87.4  6e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1001  hypothetical protein  43.81 
 
 		 159 aa  87  7e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4561  cupin 2 domain-containing protein  42.96 
 
 		 151 aa  84.3  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0747  hypothetical protein  40.38 
 
 		 160 aa  84  6e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896344 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0304  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.24 
 
 		 156 aa  83.2  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000378551  normal  0.964061 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3146  cupin 2 protein  40.38 
 
 		 160 aa  81.3  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2020  cupin 2, barrel  39.64 
 
 		 155 aa  79.7  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00434776 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4857  cupin domain-containing protein  40.95 
 
 		 157 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0286871 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0865  cupin 2 domain-containing protein  35.51 
 
 		 152 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.151953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0950  cupin 2 domain-containing protein  37.5 
 
 		 157 aa  72.8  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0848  cupin 2 domain-containing protein  35.51 
 
 		 154 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0950  cupin 2 domain-containing protein  32.71 
 
 		 158 aa  70.9  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3086  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.54 
 
 		 159 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.097702  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0751  cupin 2 domain-containing protein  36.07 
 
 		 159 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.204167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2981  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.38 
 
 		 159 aa  68.2  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2894  cupin 2 domain-containing protein  40.38 
 
 		 159 aa  67.8  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4820  cupin 2, barrel  40.82 
 
 		 155 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3346  cupin 2 domain-containing protein  40.82 
 
 		 155 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4169  cupin 2 domain-containing protein  40.82 
 
 		 155 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2908  hypothetical protein  38.78 
 
 		 155 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0551  cupin 2 domain-containing protein  33.9 
 
 		 170 aa  64.3  0.0000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.201828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1474  hypothetical protein  33.88 
 
 		 154 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.208655  normal  0.292696 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3273  cupin 2 domain-containing protein  37.76 
 
 		 155 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5131  cupin 2 domain-containing protein  37.76 
 
 		 155 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.720465  normal  0.658143 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1468  cupin 2 domain-containing protein  33.88 
 
 		 190 aa  61.2  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2501  hypothetical protein  34.95 
 
 		 161 aa  59.7  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0435  cupin domain-containing protein  35.42 
 
 		 160 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2010  cupin domain-containing protein  35.42 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1917  cupin domain-containing protein  35.42 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0580  hypothetical protein  35.42 
 
 		 160 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0887  hypothetical protein  35.42 
 
 		 153 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1854  hypothetical protein  35.42 
 
 		 160 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0971  cupin domain-containing protein  33.65 
 
 		 171 aa  58.5  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.341283  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1882  auxin-binding protein, putative  31.15 
 
 		 167 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1033  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.69 
 
 		 172 aa  57.4  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.714129  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2355  hypothetical protein  33.98 
 
 		 161 aa  57  0.00000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5234  cupin 2 domain-containing protein  34.43 
 
 		 172 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0933989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2431  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.51 
 
 		 161 aa  55.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00370098  hitchhiker  0.00000777225 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2765  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.51 
 
 		 161 aa  55.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.178075 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1188  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.96 
 
 		 172 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.814089  normal  0.762073 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2805  hypothetical protein  30.51 
 
 		 161 aa  55.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.523774  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3169  hypothetical protein  30.51 
 
 		 161 aa  55.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1030  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.04 
 
 		 172 aa  55.5  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2072  auxin-binding protein, putative  30.33 
 
 		 167 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0382674  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1696  cupin 2 protein  33.66 
 
 		 161 aa  54.3  0.0000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0904  hypothetical protein  32.61 
 
 		 160 aa  53.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3425  cupin 2, barrel  32.61 
 
 		 160 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4943  cupin 2 domain-containing protein  32.61 
 
 		 160 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.637992  unclonable  0.0000173858 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3184  cupin region  27.61 
 
 		 162 aa  53.1  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5343  cupin 2 domain-containing protein  32.61 
 
 		 160 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.499051  normal  0.0476873 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1110  cupin 2, barrel  30 
 
 		 170 aa  52.8  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2228  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 166 aa  52.4  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000300974 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3712  cupin region  31.36 
 
 		 172 aa  52  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.963003  normal  0.584711 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2502  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.93 
 
 		 159 aa  51.6  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.529336 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1277  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.7 
 
 		 167 aa  50.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0247695  normal  0.362537 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2908  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.93 
 
 		 159 aa  50.8  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2672  hypothetical protein  31.09 
 
 		 159 aa  50.1  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311364  normal  0.391613 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1607  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.1 
 
 		 158 aa  50.1  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.978873  normal  0.178437 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0971  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.1 
 
 		 166 aa  49.3  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0866  cupin 2 domain-containing protein  36.36 
 
 		 333 aa  49.7  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.647462  normal  0.208586 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1315  cupin 2 domain-containing protein  29.32 
 
 		 163 aa  48.5  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00314344  normal  0.472915 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3249  cupin 2 domain-containing protein  36 
 
 		 166 aa  48.5  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3440  cupin 2 domain-containing protein  31.63 
 
 		 167 aa  48.1  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1459  hypothetical protein  29.13 
 
 		 332 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0434689  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3638  cupin 2 domain-containing protein  37.89 
 
 		 152 aa  48.1  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.588869  normal  0.0557412 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0801  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31 
 
 		 145 aa  48.1  0.00005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0602591  normal  0.755419 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2193  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.19 
 
 		 171 aa  47.8  0.00006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 189 aa  47  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1644  Cupin 2 conserved barrel domain protein  25.47 
 
 		 154 aa  46.2  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.522674  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2403  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.72 
 
 		 332 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1207  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.67 
 
 		 152 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.830198  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2161  cupin 2 domain-containing protein  25.69 
 
 		 152 aa  45.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0191913  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2945  cupin 2 domain-containing protein  26.96 
 
 		 171 aa  45.4  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 190 aa  45.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  34.83 
 
 		 190 aa  45.1  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2265  cupin 2 domain-containing protein  28.72 
 
 		 172 aa  44.7  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.97009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3161  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.13 
 
 		 158 aa  43.9  0.0008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 192 aa  43.9  0.0009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4554  cupin 2 domain-containing protein  31.91 
 
 		 137 aa  43.9  0.0009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0071761 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 192 aa  43.9  0.0009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 193 aa  42.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 192 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 192 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4239  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.14 
 
 		 163 aa  42.4  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.637233  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0320  cupin 2 domain-containing protein  37.5 
 
 		 146 aa  42.7  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.864661  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 193 aa  42.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 192 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5069  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30 
 
 		 137 aa  42.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.666012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2004  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.36 
 
 		 141 aa  42.7  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2368  cupin 2 domain-containing protein  35.29 
 
 		 137 aa  42  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.034272  normal  0.382558 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  33.71 
 
 		 179 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  33.71 
 
 		 179 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  33.71 
 
 		 179 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>