185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2502 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2502  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 		 159 aa  334  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.529336 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2908  Cupin 2 conserved barrel domain protein  98.11 
 
 		 159 aa  328  1e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2672  hypothetical protein  88.68 
 
 		 159 aa  304  3e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311364  normal  0.391613 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1468  cupin 2 domain-containing protein  52.38 
 
 		 190 aa  155  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0866  cupin 2 domain-containing protein  43.4 
 
 		 333 aa  135  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.647462  normal  0.208586 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2403  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.77 
 
 		 332 aa  130  6e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1459  hypothetical protein  42.5 
 
 		 332 aa  126  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0434689  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0551  cupin 2 domain-containing protein  38.03 
 
 		 170 aa  95.5  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.201828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1474  hypothetical protein  35.66 
 
 		 154 aa  91.7  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.208655  normal  0.292696 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2908  hypothetical protein  34.93 
 
 		 155 aa  89.7  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5131  cupin 2 domain-containing protein  36.05 
 
 		 155 aa  90.1  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.720465  normal  0.658143 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2765  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.29 
 
 		 161 aa  87.8  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.178075 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3169  hypothetical protein  36.29 
 
 		 161 aa  87.8  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2431  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.29 
 
 		 161 aa  87.8  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00370098  hitchhiker  0.00000777225 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2805  hypothetical protein  36.29 
 
 		 161 aa  87.8  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.523774  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3273  cupin 2 domain-containing protein  35.37 
 
 		 155 aa  87.4  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4169  cupin 2 domain-containing protein  34.25 
 
 		 155 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4820  cupin 2, barrel  34.25 
 
 		 155 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3346  cupin 2 domain-containing protein  34.25 
 
 		 155 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0435  cupin domain-containing protein  34.23 
 
 		 160 aa  83.6  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0580  hypothetical protein  34.23 
 
 		 160 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1110  cupin 2, barrel  34.07 
 
 		 170 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2265  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 172 aa  82  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.97009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1315  cupin 2 domain-containing protein  41.18 
 
 		 163 aa  81.6  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00314344  normal  0.472915 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5234  cupin 2 domain-containing protein  33.56 
 
 		 172 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0933989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1854  hypothetical protein  33.56 
 
 		 160 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2010  cupin domain-containing protein  33.8 
 
 		 153 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1917  cupin domain-containing protein  33.8 
 
 		 153 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1696  cupin 2 protein  34.81 
 
 		 161 aa  79  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3440  cupin 2 domain-containing protein  34.67 
 
 		 167 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0887  hypothetical protein  33.1 
 
 		 153 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0950  cupin 2 domain-containing protein  33.08 
 
 		 157 aa  71.6  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2161  cupin 2 domain-containing protein  36.19 
 
 		 152 aa  69.3  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0191913  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0751  cupin 2 domain-containing protein  31.51 
 
 		 159 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.204167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0848  cupin 2 domain-containing protein  32.73 
 
 		 154 aa  68.2  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2945  cupin 2 domain-containing protein  29.81 
 
 		 171 aa  67.4  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0950  cupin 2 domain-containing protein  31.82 
 
 		 158 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0865  cupin 2 domain-containing protein  31.58 
 
 		 152 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.151953  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5493  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.06 
 
 		 160 aa  66.2  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.302326  normal  0.111821 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4857  cupin domain-containing protein  31.25 
 
 		 157 aa  64.7  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0286871 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3184  cupin region  32.43 
 
 		 162 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2501  hypothetical protein  30.95 
 
 		 161 aa  63.5  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3712  cupin region  30.36 
 
 		 172 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.963003  normal  0.584711 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1644  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.33 
 
 		 154 aa  62.8  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.522674  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3086  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.83 
 
 		 159 aa  62.8  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.097702  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2981  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.08 
 
 		 159 aa  62  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1030  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.31 
 
 		 172 aa  61.6  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1188  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.58 
 
 		 172 aa  61.6  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.814089  normal  0.762073 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0971  cupin domain-containing protein  35.29 
 
 		 171 aa  61.2  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.341283  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1277  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.58 
 
 		 167 aa  61.6  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0247695  normal  0.362537 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2355  hypothetical protein  30.16 
 
 		 161 aa  60.8  0.000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1033  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.31 
 
 		 172 aa  60.8  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.714129  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4703  cupin 2 domain-containing protein  37.62 
 
 		 154 aa  60.8  0.000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.835831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0904  hypothetical protein  36.14 
 
 		 160 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2894  cupin 2 domain-containing protein  30.83 
 
 		 159 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0304  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.12 
 
 		 156 aa  60.1  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000378551  normal  0.964061 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3146  cupin 2 protein  30.15 
 
 		 160 aa  59.3  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7188  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.96 
 
 		 152 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0967  hypothetical protein  42.17 
 
 		 153 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.410205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2327  cupin 2 domain-containing protein  39.71 
 
 		 150 aa  57.4  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000139899 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3425  cupin 2, barrel  33.73 
 
 		 160 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5343  cupin 2 domain-containing protein  33.73 
 
 		 160 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.499051  normal  0.0476873 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4943  cupin 2 domain-containing protein  33.73 
 
 		 160 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.637992  unclonable  0.0000173858 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1001  hypothetical protein  32.26 
 
 		 159 aa  56.2  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1607  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.71 
 
 		 158 aa  56.2  0.0000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.978873  normal  0.178437 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1331  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.36 
 
 		 158 aa  55.8  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0747  hypothetical protein  27.27 
 
 		 160 aa  56.2  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896344 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4126  cupin 2 domain-containing protein  42.42 
 
 		 119 aa  54.3  0.0000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1882  auxin-binding protein, putative  27.52 
 
 		 167 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3626  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.63 
 
 		 159 aa  53.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.165032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0801  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.93 
 
 		 145 aa  53.1  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0602591  normal  0.755419 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1371  cupin 2 domain-containing protein  32.26 
 
 		 372 aa  52.4  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.898845 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1009  cupin family protein  35.06 
 
 		 119 aa  52.4  0.000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1011  hypothetical protein  31.93 
 
 		 152 aa  51.6  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4979  cupin region  37.93 
 
 		 155 aa  51.6  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2072  auxin-binding protein, putative  27.52 
 
 		 167 aa  51.2  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0382674  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3140  conserved hypothetical phosphomannose protein  35.96 
 
 		 137 aa  50.4  0.000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0971  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.87 
 
 		 166 aa  50.1  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1917  hypothetical protein  29.59 
 
 		 172 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0568  cupin 2 domain-containing protein  28.57 
 
 		 172 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2228  cupin 2 domain-containing protein  27.73 
 
 		 166 aa  49.3  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000300974 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0193  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.76 
 
 		 126 aa  48.9  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.539282  normal  0.99492 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3161  Cupin 2 conserved barrel domain protein  25.74 
 
 		 158 aa  48.1  0.00004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3191  cupin 2, barrel  29.01 
 
 		 179 aa  48.5  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000053457  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3249  cupin 2 domain-containing protein  31.37 
 
 		 166 aa  48.1  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2790  cupin 2 domain-containing protein  33.85 
 
 		 153 aa  47.8  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1181  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.14 
 
 		 192 aa  47.8  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.229288 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3988  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.93 
 
 		 146 aa  47.8  0.00006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.507618  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1277  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  28.37 
 
 		 485 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4572  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  28.37 
 
 		 485 aa  47.8  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.544612 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4448  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  28.37 
 
 		 485 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.283136  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1232  alginate biosynthesis protein AlgA  32.32 
 
 		 483 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.714262  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1052  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  32.32 
 
 		 483 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.397552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  33.82 
 
 		 186 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0389  cupin 2 domain-containing protein  37.5 
 
 		 122 aa  47  0.0001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3146  cupin 2 domain-containing protein  31.76 
 
 		 134 aa  45.8  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0878  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  27.66 
 
 		 484 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13508  hypothetical protein  30.77 
 
 		 177 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1023  cupin 2 domain-containing protein  29.36 
 
 		 120 aa  45.8  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0105  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.56 
 
 		 204 aa  45.8  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>