More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2730 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  85.25 
 
 		 1342 aa  2380    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.105802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4008  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  85.25 
 
 		 1342 aa  2380    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0589  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.9 
 
 		 1252 aa  1159    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.23 
 
 		 1370 aa  1603    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0447  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  71.35 
 
 		 1357 aa  2004    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.4615  unclonable  0.00000104807 
 
 
-
 
NC_002950  PG0394  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.36 
 
 		 1269 aa  1059    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2421  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.35 
 
 		 1167 aa  816    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.142717  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1066  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  70.44 
 
 		 1358 aa  1980    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.369234  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0024  DNA-directed RNA polymerase subunit beta/beta'  49.43 
 
 		 2837 aa  1129    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3034  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.92 
 
 		 1368 aa  1798    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0207324 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4769  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  77.12 
 
 		 1342 aa  2160    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0528  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.63 
 
 		 1378 aa  1231    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0160  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.55 
 
 		 1191 aa  758    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1243  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.08 
 
 		 1377 aa  1608    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.510388  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0224  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  79.78 
 
 		 1345 aa  2229    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0619  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  71.35 
 
 		 1357 aa  1994    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.739155  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.14 
 
 		 1284 aa  674    Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0387  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  68.53 
 
 		 1368 aa  1910    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0362  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  68.53 
 
 		 1368 aa  1913    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4555  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  71.28 
 
 		 1357 aa  1993    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00695009 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1887  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  68.22 
 
 		 1372 aa  1873    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  70.11 
 
 		 1427 aa  1328    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0286177 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2654  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.17 
 
 		 1155 aa  699    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.679256  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3189  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.5 
 
 		 1368 aa  1801    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.544144  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0169  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  51.64 
 
 		 1380 aa  1410    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.410065  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0398  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  65.64 
 
 		 1359 aa  1835    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0653652  normal  0.0371296 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1350  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.14 
 
 		 1380 aa  1619    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0511813  normal  0.845887 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3786  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.77 
 
 		 1368 aa  1811    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2331  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  68.77 
 
 		 1359 aa  1900    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5086  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  71.72 
 
 		 1357 aa  2009    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0807983  normal  0.53434 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1699  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.59 
 
 		 1377 aa  1599    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.09 
 
 		 1368 aa  1592    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.46808  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3439  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.77 
 
 		 1368 aa  1818    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.39818 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1962  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.28 
 
 		 1301 aa  1105    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.768715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0357  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.94 
 
 		 1300 aa  1099    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0619  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.45 
 
 		 1370 aa  1607    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000502856 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2997  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.38 
 
 		 1375 aa  1446    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0288  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  67.06 
 
 		 1352 aa  1896    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0353  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.17 
 
 		 1381 aa  1223    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0759  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.07 
 
 		 1357 aa  1828    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0070  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.33 
 
 		 1287 aa  677    Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2695  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.81 
 
 		 1393 aa  1673    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.08 
 
 		 1141 aa  744    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3076  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.69 
 
 		 1368 aa  1812    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1592  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.98 
 
 		 1422 aa  1558    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.657994  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0573  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.86 
 
 		 1141 aa  707    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.38 
 
 		 1390 aa  1609    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0576876  normal  0.366235 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0024  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.96 
 
 		 1392 aa  1592    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0678  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  49.7 
 
 		 1358 aa  1291    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.299005  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0952  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  52.15 
 
 		 1380 aa  1432    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0568  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.8 
 
 		 1385 aa  1573    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.941099 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3592  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  62.15 
 
 		 1350 aa  1727    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.115444  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0924  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  70.51 
 
 		 1361 aa  1989    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.235944  hitchhiker  0.0000468436 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3458  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.99 
 
 		 1373 aa  1614    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0272  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.15 
 
 		 1390 aa  1842    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000261806 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4442  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  62.63 
 
 		 1370 aa  1757    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0306  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.18 
 
 		 1368 aa  1804    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  79.45 
 
 		 1343 aa  2218    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0257445  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3195  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.21 
 
 		 1374 aa  1625    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  71.72 
 
 		 1358 aa  2022    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.431195  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1531  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.99 
 
 		 1380 aa  1617    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2177  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  68.22 
 
 		 1372 aa  1860    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0502999 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3334  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.13 
 
 		 1368 aa  1793    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0502  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  77.42 
 
 		 1340 aa  2156    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.60191  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4676  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  50.44 
 
 		 1489 aa  1401    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.765247  hitchhiker  0.00735061 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0234  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.01 
 
 		 1379 aa  1600    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1486  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.97 
 
 		 1392 aa  1628    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.792933  normal  0.131501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2767  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.84 
 
 		 1368 aa  1816    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0969  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.33 
 
 		 1166 aa  706    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2162  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  49.25 
 
 		 1141 aa  668    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.906254  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  78.61 
 
 		 1342 aa  2174    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.487208  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1819  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.28 
 
 		 1379 aa  1610    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3169  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.22 
 
 		 1291 aa  1119    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2722  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.7 
 
 		 1234 aa  830    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.304828  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2408  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.7 
 
 		 1234 aa  830    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0154863  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1565  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  81.67 
 
 		 1342 aa  2289    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  79.32 
 
 		 1325 aa  2188    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.167231  hitchhiker  0.000258915 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0187  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  79.55 
 
 		 1345 aa  2227    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.248481  normal  0.0219546 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0451  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  69.39 
 
 		 1355 aa  1962    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0141  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  79.08 
 
 		 1343 aa  2206    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.683785  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2341  DNA-directed RNA polymerase  57.4 
 
 		 1107 aa  714    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1802  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.08 
 
 		 1357 aa  1596    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.817598  normal  0.172687 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0259  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.84 
 
 		 1368 aa  1821    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.84046  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08760  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  71.67 
 
 		 1357 aa  2016    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00338261 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1375  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit/140 kD subunit  46.44 
 
 		 1197 aa  770    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1845  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.03 
 
 		 1193 aa  781    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2984  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.93 
 
 		 1171 aa  702    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.816436  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.84 
 
 		 1368 aa  1816    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1549  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  54.8 
 
 		 1370 aa  1507    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0840  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  58.99 
 
 		 1360 aa  1626    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00386613 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  79.7 
 
 		 1345 aa  2227    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.409883  hitchhiker  0.000180599 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.59 
 
 		 1169 aa  705    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.289387 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1316  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.28 
 
 		 1379 aa  1200    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0378497  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0673  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.06 
 
 		 1499 aa  1174    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0233  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.69 
 
 		 1312 aa  1115    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0747  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.45 
 
 		 1382 aa  1583    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712795  decreased coverage  0.00979449 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0711  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.22 
 
 		 1166 aa  685    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0206  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  80.18 
 
 		 1342 aa  2219    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.255589  hitchhiker  0.000288245 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0987  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.33 
 
 		 1172 aa  706    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.65546 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3446  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  76.49 
 
 		 1346 aa  2135    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00428905 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>