More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2178 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2178  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 181 aa  360  4e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000638624  hitchhiker  0.00000363527 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2314  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 213 aa  105  3e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.251224 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0301  transcriptional regulator, TetR family  32.54 
 
 		 199 aa  105  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0864199  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3410  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 196 aa  103  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000655293  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0951  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 196 aa  100  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0223  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 195 aa  100  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000853805  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3709  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 205 aa  98.2  6e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1909  transcriptional regulator, TetR family  32.76 
 
 		 197 aa  95.5  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3466  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 200 aa  90.9  8e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0832  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 196 aa  90.1  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0196  transcriptional regulator, TetR family  26.59 
 
 		 200 aa  87.4  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1833  TetR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 202 aa  86.7  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal  0.286062 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1684  transcriptional regulator, TetR family  27.84 
 
 		 202 aa  85.5  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0520  transcriptional regulator, TetR family  22.99 
 
 		 197 aa  85.1  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.711752  normal  0.521102 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3704  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 202 aa  84.3  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1045  transcriptional regulator, TetR family  28.74 
 
 		 203 aa  84  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00830488  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3254  TetR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 199 aa  82.8  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1903  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 197 aa  78.2  0.00000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000201758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1046  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 201 aa  78.2  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0355  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 		 195 aa  76.3  0.0000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3302  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.696216 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2838  hypothetical protein  32.86 
 
 		 186 aa  75.9  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209272 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2878  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 202 aa  74.7  0.0000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1674  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 201 aa  73.9  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.997457 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1307  transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 		 202 aa  73.2  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1250  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 202 aa  73.2  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3835  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 202 aa  72.8  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3852  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 202 aa  72.8  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0144  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1920  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 202 aa  72.8  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2686  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0616794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3622  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 236 aa  72  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.311842  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1334  TetR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 241 aa  69.3  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  22.1 
 
 		 195 aa  68.9  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1926  transcriptional regulator, TetR family  26.45 
 
 		 202 aa  68.2  0.00000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.930045  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1022  transcriptional regulator, TetR family  26.95 
 
 		 202 aa  67  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1283  transcriptional regulator, TetR family  24.2 
 
 		 199 aa  66.2  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0104  transcriptional regulator, TetR family  28.87 
 
 		 198 aa  65.5  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1059  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.659814 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  20.44 
 
 		 194 aa  63.9  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2367  TetR family transcriptional regulator  22.35 
 
 		 202 aa  63.5  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.445055  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  24.85 
 
 		 242 aa  62.8  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001824  transcriptional regulator  27.17 
 
 		 196 aa  62  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000410739  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1012  hypothetical protein  34.83 
 
 		 194 aa  61.6  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00651  nucleoid occlusion protein  27.17 
 
 		 196 aa  61.6  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1915  transcriptional regulator, TetR family  26.35 
 
 		 200 aa  61.2  0.000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2593  nucleoid occlusion protein  27.01 
 
 		 210 aa  61.2  0.000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000323733  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4542  transcriptional regulator, TetR family  21.62 
 
 		 201 aa  60.5  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.204937  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11567  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 196 aa  58.9  0.00000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1325  transcriptional regulator, TetR family  23.56 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.161657  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1362  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 139 aa  57.8  0.00000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3094  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0194  nucleoid occlusion protein  27.01 
 
 		 196 aa  56.6  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000213488  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3674  nucleoid occlusion protein  31.31 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00408157  normal  0.151909 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0501  nucleoid occlusion protein  26.16 
 
 		 220 aa  56.6  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.957497  normal  0.22516 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  24.68 
 
 		 197 aa  55.8  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0073  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0142  nucleoid occlusion protein  24.1 
 
 		 216 aa  55.5  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4111  regulatory protein, TetR  25.86 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.856223  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  20.93 
 
 		 188 aa  55.5  0.0000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1784  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 242 aa  55.1  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.12964 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 212 aa  54.7  0.0000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 212 aa  54.7  0.0000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  26.75 
 
 		 221 aa  54.7  0.0000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  25.79 
 
 		 218 aa  54.7  0.0000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0182  nucleoid occlusion protein  24.1 
 
 		 220 aa  54.3  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.847466  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0620  nucleoid occlusion protein  25.68 
 
 		 197 aa  54.3  0.0000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000140669 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  23.12 
 
 		 205 aa  53.9  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0092  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.367108  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4445  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 191 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.142911  normal  0.471705 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 219 aa  53.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0319  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 206 aa  53.1  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1909  transcriptional regulator, TetR family  24.02 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0574085  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0987  regulatory protein TetR  32.14 
 
 		 192 aa  53.1  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.383045  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0141  nucleoid occlusion protein  25.79 
 
 		 219 aa  53.5  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.102052  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2120  TetR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 234 aa  53.1  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.249669 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2775  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 228 aa  53.1  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0212844  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 215 aa  53.5  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2113  transcriptional regulator, TetR family  22.6 
 
 		 194 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.508898 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  27.13 
 
 		 220 aa  52.8  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1777  regulatory protein TetR  22.6 
 
 		 195 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.731609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3543  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 223 aa  52.8  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0364286 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3225  TetR family transcriptional regulator  20.12 
 
 		 195 aa  52.8  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0889  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 192 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.760524  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0665  TetR family transcriptional regulator  21.47 
 
 		 195 aa  52.8  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0176  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 263 aa  52  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3278  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 219 aa  51.6  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0998  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 191 aa  52  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000315127  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1240  TetR family transcriptional regulator  21.28 
 
 		 201 aa  52  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1734  transcriptional regulator, TetR family  22.6 
 
 		 191 aa  52  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.390922 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0777  nucleoid occlusion protein  26.63 
 
 		 217 aa  51.6  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0743  TetR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 192 aa  51.6  0.000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.019038  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0730  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 192 aa  51.6  0.000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.110462  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0746  TetR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 190 aa  51.6  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1053  transcriptional regulator, TetR family  20.9 
 
 		 193 aa  51.6  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  25.75 
 
 		 196 aa  51.6  0.000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0927  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 191 aa  51.2  0.000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.165233  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0794  TetR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 192 aa  51.2  0.000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0156861  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0834  TetR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 191 aa  51.2  0.000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00423826  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>