More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3254 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3254  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 199 aa  391  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2686  TetR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 202 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0616794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3835  TetR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 202 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3852  TetR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 202 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1920  TetR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 202 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1250  TetR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 202 aa  173  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3622  TetR family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 236 aa  171  5e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.311842  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1684  transcriptional regulator, TetR family  48.99 
 
 		 202 aa  171  7.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1833  TetR family transcriptional regulator  48.72 
 
 		 202 aa  169  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal  0.286062 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3704  TetR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 202 aa  167  8e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1059  TetR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 212 aa  166  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.659814 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0144  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 202 aa  165  5e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1307  transcriptional regulator, TetR family  48.45 
 
 		 202 aa  158  6e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1325  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 203 aa  157  9e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.161657  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2878  TetR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 202 aa  157  9e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1046  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 201 aa  154  6e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1240  TetR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 201 aa  153  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1926  transcriptional regulator, TetR family  45.03 
 
 		 202 aa  152  4e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.930045  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3094  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 212 aa  150  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1915  transcriptional regulator, TetR family  48.17 
 
 		 200 aa  149  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1674  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 201 aa  149  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.997457 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1022  transcriptional regulator, TetR family  48.21 
 
 		 202 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1283  transcriptional regulator, TetR family  38.25 
 
 		 199 aa  138  7e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1362  TetR family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 139 aa  134  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2838  hypothetical protein  48.52 
 
 		 186 aa  129  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209272 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3466  TetR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 200 aa  103  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0520  transcriptional regulator, TetR family  33.73 
 
 		 197 aa  99  5e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.711752  normal  0.521102 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0301  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 199 aa  93.2  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0864199  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2178  TetR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 181 aa  93.6  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000638624  hitchhiker  0.00000363527 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2314  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 213 aa  92  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.251224 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3302  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 215 aa  90.9  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.696216 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1909  transcriptional regulator, TetR family  27.13 
 
 		 197 aa  84.7  7e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3410  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 196 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000655293  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0196  transcriptional regulator, TetR family  25.53 
 
 		 200 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3709  TetR family transcriptional regulator  22.8 
 
 		 205 aa  77.4  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0832  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 196 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1903  TetR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 197 aa  70.9  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000201758  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0951  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 196 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0355  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 195 aa  70.1  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0223  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 195 aa  67.4  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000853805  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1045  transcriptional regulator, TetR family  26.42 
 
 		 203 aa  65.1  0.0000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00830488  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1012  hypothetical protein  30.66 
 
 		 194 aa  63.5  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4029  transcriptional regulator, TetR family  36.21 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.697639  normal  0.116148 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 195 aa  60.8  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 257 aa  60.5  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 197 aa  60.5  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3543  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 223 aa  58.5  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0364286 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 198 aa  57.4  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0024  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30540  transcriptional regulator, TetR family  30.71 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1384  TetR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00670258  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0030  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 193 aa  55.5  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.19641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  21.43 
 
 		 195 aa  55.1  0.0000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1405  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.408275 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1053  transcriptional regulator, TetR family  28.24 
 
 		 193 aa  53.9  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  29.86 
 
 		 287 aa  53.5  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3508  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 227 aa  53.1  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343043  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  26.86 
 
 		 219 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1731  transcriptional regulator, TetR family  31.69 
 
 		 196 aa  52.8  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0465827  normal  0.0150851 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0810  transcriptional regulator  28.9 
 
 		 206 aa  53.1  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  0.19914 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  26.86 
 
 		 223 aa  52  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0481  transcriptional regulator, TetR family  40.4 
 
 		 223 aa  51.6  0.000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0140  TetR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 182 aa  51.6  0.000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2948  TetR family transcriptional regulator  21.82 
 
 		 191 aa  51.2  0.000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5004  transcriptional regulator, TetR family  27.34 
 
 		 194 aa  51.2  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0270987  normal  0.0251839 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1473  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 207 aa  50.8  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.245471  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2389  nucleoid occlusion protein  27.03 
 
 		 204 aa  51.2  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.102395  normal  0.522775 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  22.47 
 
 		 199 aa  50.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0476  transcriptional regulator, TetR family  40.4 
 
 		 223 aa  50.8  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.36714  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0620  nucleoid occlusion protein  28 
 
 		 197 aa  51.2  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000140669 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0059  nucleoid occlusion protein  22.73 
 
 		 200 aa  50.8  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0445493  normal  0.11202 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1922  transcriptional regulator, TetR family  28.36 
 
 		 201 aa  50.8  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3958  transcriptional regulator, TetR family  28.46 
 
 		 242 aa  50.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3439  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 239 aa  50.4  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4003  transcriptional regulator, TetR family  28.46 
 
 		 242 aa  50.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3637  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.262942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0448  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  22.53 
 
 		 193 aa  50.1  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3632  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0141  nucleoid occlusion protein  24 
 
 		 219 aa  50.4  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.102052  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 205 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4052  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 160 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587614  normal  0.259475 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3705  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3456  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 196 aa  50.4  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.659534  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2823  transcriptional regulator, TetR family  27.01 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00548665  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0293  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 230 aa  49.7  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4564  nucleoid occlusion protein  22.95 
 
 		 197 aa  49.3  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000269162  unclonable  0.0000000294752 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1653  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 248 aa  49.7  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0324  nucleoid occlusion protein  23.49 
 
 		 197 aa  49.7  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1469  transcriptional regulator, TetR family  31.33 
 
 		 197 aa  49.7  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1169  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 202 aa  49.3  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4092  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 206 aa  49.3  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02185  transcriptional regulator  22.09 
 
 		 196 aa  49.7  0.00003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.69519  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0905  transcriptional regulator, TetR family  30.28 
 
 		 253 aa  49.3  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.938127  normal  0.145255 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3494  transcriptional regulator, TetR family  28.73 
 
 		 208 aa  49.3  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6485  regulatory protein, TetR  30.09 
 
 		 278 aa  49.3  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.521213  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2996  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 193 aa  49.3  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.542374  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 228 aa  49.3  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 197 aa  48.9  0.00005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2539  transcriptional regulator, TetR family  34.09 
 
 		 196 aa  48.9  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>