More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2686 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_2686  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
202 aa  412  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0616794  normal 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3835  TetR family transcriptional regulator  99.01 
 
 
202 aa  408  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3852  TetR family transcriptional regulator  99.01 
 
 
202 aa  408  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1920  TetR family transcriptional regulator  99.01 
 
 
202 aa  408  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1250  TetR family transcriptional regulator  99.5 
 
 
202 aa  409  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0144  TetR family transcriptional regulator  74.13 
 
 
202 aa  316  2e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1684  transcriptional regulator, TetR family  68.81 
 
 
202 aa  282  2.0000000000000002e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1833  TetR family transcriptional regulator  69.7 
 
 
202 aa  280  8.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal  0.286062 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3704  TetR family transcriptional regulator  66.83 
 
 
202 aa  275  3e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2878  TetR family transcriptional regulator  64 
 
 
202 aa  274  6e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1915  transcriptional regulator, TetR family  68.37 
 
 
200 aa  271  4.0000000000000004e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1307  transcriptional regulator, TetR family  67.5 
 
 
202 aa  259  2e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1046  TetR family transcriptional regulator  62.05 
 
 
201 aa  240  1e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1022  transcriptional regulator, TetR family  67.68 
 
 
202 aa  239  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1325  transcriptional regulator, TetR family  55.15 
 
 
203 aa  237  1e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.161657  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1240  TetR family transcriptional regulator  57.51 
 
 
201 aa  235  3e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1926  transcriptional regulator, TetR family  52.26 
 
 
202 aa  226  1e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.930045  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1059  TetR family transcriptional regulator  50.78 
 
 
212 aa  217  1e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.659814 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1362  TetR family transcriptional regulator  75.56 
 
 
139 aa  215  2.9999999999999998e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1283  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 
199 aa  194  5.000000000000001e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3094  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
212 aa  177  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1674  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 
201 aa  167  7e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.997457 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3622  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
236 aa  156  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.311842  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3254  TetR family transcriptional regulator  45.36 
 
 
199 aa  152  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2838  hypothetical protein  47.55 
 
 
186 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209272 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3466  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 
200 aa  94  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0301  transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 
199 aa  94.4  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0864199  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2314  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 
213 aa  93.6  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.251224 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0520  transcriptional regulator, TetR family  31.93 
 
 
197 aa  90.1  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.711752  normal  0.521102 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3709  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 
205 aa  85.1  7e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0196  transcriptional regulator, TetR family  29.09 
 
 
200 aa  82  0.000000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3410  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 
196 aa  81.6  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000655293  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3302  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
215 aa  80.1  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.696216 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0223  transcriptional regulator, TetR family  29.3 
 
 
195 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000853805  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0832  transcriptional regulator, TetR family  24.7 
 
 
196 aa  79  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0620  nucleoid occlusion protein  24.84 
 
 
197 aa  75.1  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000140669 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1909  transcriptional regulator, TetR family  27.44 
 
 
197 aa  74.7  0.0000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2389  nucleoid occlusion protein  27.82 
 
 
204 aa  73.6  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.102395  normal  0.522775 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2178  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 
181 aa  72.4  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000638624  hitchhiker  0.00000363527 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1903  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
197 aa  71.6  0.000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000201758  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0951  TetR family transcriptional regulator  25.56 
 
 
196 aa  70.5  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1045  transcriptional regulator, TetR family  22.28 
 
 
203 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00830488  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1012  hypothetical protein  31.82 
 
 
194 aa  66.6  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0194  nucleoid occlusion protein  26.49 
 
 
196 aa  67  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000213488  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2593  nucleoid occlusion protein  25.34 
 
 
210 aa  66.6  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000323733  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00047  nucleoid occlusion protein  23.31 
 
 
195 aa  63.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00651  nucleoid occlusion protein  24.66 
 
 
196 aa  63.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6449  nucleoid occlusion protein  23.53 
 
 
221 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.695285  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3114  nucleoid occlusion protein  23.45 
 
 
221 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001824  transcriptional regulator  24.66 
 
 
196 aa  64.3  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000410739  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2484  nucleoid occlusion protein  23.45 
 
 
220 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.11022  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3098  nucleoid occlusion protein  23.45 
 
 
220 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.170288  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  30.18 
 
 
203 aa  64.3  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0355  transcriptional regulator, TetR family  26.43 
 
 
195 aa  63.5  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3094  nucleoid occlusion protein  26.47 
 
 
221 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.483047 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3007  nucleoid occlusion protein  24.83 
 
 
221 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.8305 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0044  nucleoid occlusion protein  22.01 
 
 
197 aa  62.8  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00442405  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0459  nucleoid occlusion protein  21.82 
 
 
197 aa  61.6  0.000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0126678  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3674  nucleoid occlusion protein  23.56 
 
 
199 aa  61.6  0.000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00408157  normal  0.151909 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1467  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 
217 aa  61.2  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4251  nucleoid occlusion protein  21.82 
 
 
197 aa  61.2  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2985  nucleoid occlusion protein  23.97 
 
 
205 aa  61.2  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111899  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3600  nucleoid occlusion protein  21.82 
 
 
197 aa  60.8  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.741133  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0356  nucleoid occlusion protein  21.82 
 
 
197 aa  60.8  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3773  nucleoid occlusion protein  21.82 
 
 
197 aa  60.8  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.461125 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0501  nucleoid occlusion protein  20.75 
 
 
220 aa  60.8  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.957497  normal  0.22516 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0385  nucleoid occlusion protein  21.21 
 
 
197 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000224895  hitchhiker  0.00861349 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0399  nucleoid occlusion protein  21.21 
 
 
197 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0627309  hitchhiker  0.000000000130483 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0373  nucleoid occlusion protein  21.21 
 
 
197 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0485263  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0374  nucleoid occlusion protein  21.21 
 
 
197 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000212742  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3502  nucleoid occlusion protein  24.4 
 
 
195 aa  60.1  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.284468  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3440  nucleoid occlusion protein  24.83 
 
 
229 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3247  nucleoid occlusion protein  24.83 
 
 
229 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2181  nucleoid occlusion protein  24.83 
 
 
229 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2908  nucleoid occlusion protein  24.83 
 
 
229 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.946505  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0182  nucleoid occlusion protein  22.15 
 
 
220 aa  59.3  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.847466  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0378  nucleoid occlusion protein  24.14 
 
 
230 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.99909  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0183  nucleoid occlusion protein  24.14 
 
 
229 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.24476  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0158  nucleoid occlusion protein  24.26 
 
 
230 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0193  nucleoid occlusion protein  24.14 
 
 
229 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3921  TetR family transcriptional regulator  26.28 
 
 
201 aa  58.2  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3145  nucleoid occlusion protein  21.6 
 
 
191 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.909533  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3840  nucleoid occlusion protein  22.89 
 
 
197 aa  57.4  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00664895  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0181  nucleoid occlusion protein  20.45 
 
 
198 aa  57.4  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3543  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
223 aa  57  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0364286 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0062  nucleoid occlusion protein  25 
 
 
232 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.249336  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4564  nucleoid occlusion protein  20 
 
 
197 aa  57  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000269162  unclonable  0.0000000294752 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1117  nucleoid occlusion protein  22.15 
 
 
200 aa  56.6  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.862438  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3521  nucleoid occlusion protein  22.51 
 
 
240 aa  57  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4387  nucleoid occlusion protein  23.94 
 
 
233 aa  57  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.449333  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1536  TetR family transcriptional regulator  24.62 
 
 
217 aa  57  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000773904  normal  0.689031 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0111  transcriptional regulator, TetR family  25.71 
 
 
205 aa  56.6  0.0000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00780937  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0142  nucleoid occlusion protein  21.52 
 
 
216 aa  56.2  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0324  nucleoid occlusion protein  22.97 
 
 
197 aa  56.6  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  26.83 
 
 
219 aa  56.2  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0098  nucleoid occlusion protein  25 
 
 
198 aa  55.8  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0100985  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0059  nucleoid occlusion protein  21.95 
 
 
200 aa  55.8  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0445493  normal  0.11202 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7183  TetR family transcriptional regulator  20.75 
 
 
219 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00902217 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2012  nucleoid occlusion protein  27.62 
 
 
216 aa  55.5  0.0000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3494  transcriptional regulator, TetR family  24.12 
 
 
208 aa  55.1  0.0000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>