More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2120 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2120  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 234 aa  471  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.249669 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3361  TetR family transcriptional regulator  73.8 
 
 		 238 aa  339  2.9999999999999998e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.752589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1468  TetR family transcriptional regulator  69.09 
 
 		 260 aa  314  9e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3563  TetR family transcriptional regulator  62.11 
 
 		 254 aa  296  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.473219 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0611  TetR family transcriptional regulator  67.7 
 
 		 248 aa  290  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.287096 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4685  transcriptional regulator, TetR family  62.44 
 
 		 259 aa  290  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0466377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0946  TetR family transcriptional regulator  61.19 
 
 		 258 aa  289  3e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.806854  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0959  TetR family transcriptional regulator  62.44 
 
 		 248 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0776064  normal  0.539269 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1609  TetR family transcriptional regulator  61.19 
 
 		 254 aa  288  6e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0801  TetR family transcriptional regulator  61.19 
 
 		 254 aa  288  6e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0472  TetR family transcriptional regulator  61.19 
 
 		 254 aa  288  6e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1961  TetR family transcriptional regulator  61.19 
 
 		 254 aa  288  6e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.140222  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2057  TetR family transcriptional regulator  61.19 
 
 		 254 aa  288  6e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.649855  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0655  TetR family transcriptional regulator  61.19 
 
 		 254 aa  288  6e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.64003  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0543  TetR family transcriptional regulator  61.19 
 
 		 254 aa  288  6e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.387034  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5031  TetR family transcriptional regulator  59.82 
 
 		 248 aa  287  1e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3126  TetR family transcriptional regulator  59.38 
 
 		 248 aa  285  5e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.068587  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5241  TetR family transcriptional regulator  59.38 
 
 		 248 aa  285  5e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.927318 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0422  TetR family transcriptional regulator  59.38 
 
 		 248 aa  280  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5122  TetR family transcriptional regulator  59.46 
 
 		 240 aa  280  1e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4589  TetR family transcriptional regulator  59.46 
 
 		 248 aa  279  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.954889 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3465  TetR family transcriptional regulator  58.45 
 
 		 248 aa  277  9e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.980317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1393  TetR family transcriptional regulator  52.21 
 
 		 234 aa  248  8e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.733503 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4652  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 195 aa  78.2  0.00000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4353  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 195 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4421  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 195 aa  75.1  0.0000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4260  transcriptional regulator  24.87 
 
 		 195 aa  75.1  0.0000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4272  transcriptional regulator  24.87 
 
 		 195 aa  75.1  0.0000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4633  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 195 aa  75.1  0.0000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.169287  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4653  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 195 aa  75.1  0.0000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4762  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 195 aa  75.1  0.0000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4637  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 195 aa  75.1  0.0000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3225  TetR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 195 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 196 aa  73.9  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0602  transcriptional regulator, TetR family  24.34 
 
 		 195 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  24.18 
 
 		 194 aa  72  0.000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  23.63 
 
 		 195 aa  68.9  0.00000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 210 aa  68.6  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0117  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 225 aa  67.8  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.678219 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 222 aa  67  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0445  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 209 aa  65.9  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  decreased coverage  0.00376288 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0110  transcriptional regulator, TetR family  28.39 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1145  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0293  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 226 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2924  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288766  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1118  transcriptional regulator, TetR family  25.37 
 
 		 201 aa  63.5  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00548751  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  28.24 
 
 		 251 aa  63.5  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2768  TetR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.379756  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 196 aa  63.2  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4533  transcriptional regulator, TetR family  24.05 
 
 		 197 aa  62  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0585795  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 204 aa  61.2  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3979  transcriptional regulator, TetR family  28.93 
 
 		 222 aa  60.5  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.318215  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0851  TetR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 241 aa  60.8  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2592  transcriptional regulator, TetR family  26.94 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.119823  normal  0.0690788 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0116  transcriptional regulator, TetR family  32.56 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2080  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.740876  hitchhiker  0.00831587 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  21.47 
 
 		 198 aa  58.9  0.00000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0022  transcriptional regulator, TetR family  45.61 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 257 aa  58.2  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4066  transcriptional regulator, TetR family  23.37 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1537  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 234 aa  57  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0228  TetR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.728602  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4071  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365856  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2367  TetR family transcriptional regulator  22.28 
 
 		 202 aa  57  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.445055  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2194  regulatory protein, TetR  29.38 
 
 		 218 aa  57  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1053  transcriptional regulator, TetR family  25.14 
 
 		 193 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4824  TetR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03740  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05370  transcriptional regulator, TetR family  43.1 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000643211  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0520  transcriptional regulator, TetR family  26.4 
 
 		 197 aa  56.2  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.711752  normal  0.521102 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0665  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1093  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0694796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  30.2 
 
 		 207 aa  55.8  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2954  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 188 aa  55.5  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1794  TetR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2800  TetR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 224 aa  55.1  0.0000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.697977  decreased coverage  0.000162176 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 263 aa  55.1  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3352  transcriptional regulator, TetR family  25.34 
 
 		 183 aa  55.1  0.0000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0512596  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  25.57 
 
 		 217 aa  55.1  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0167  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 213 aa  55.1  0.0000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  28.93 
 
 		 214 aa  54.7  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 213 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3637  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 228 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2286  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 188 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000280215 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1778  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 199 aa  54.3  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0789135  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 225 aa  54.3  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  42.11 
 
 		 205 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 215 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0235  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 225 aa  54.3  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  38.82 
 
 		 222 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4876  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 209 aa  53.9  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 241 aa  53.9  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2601  regulatory protein, TetR  21.1 
 
 		 224 aa  53.9  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.354794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1551  transcription regulator protein  27.15 
 
 		 205 aa  53.5  0.000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000200418  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0557  TetR family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 297 aa  53.9  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0882  transcriptional regulator, TetR family  31.89 
 
 		 233 aa  53.5  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2269  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 		 207 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.629172  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1039  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 213 aa  53.1  0.000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0390412  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>