More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3622 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3622  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 236 aa  462  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.311842  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1684  transcriptional regulator, TetR family  47.69 
 
 		 202 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1833  TetR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 202 aa  177  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal  0.286062 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3704  TetR family transcriptional regulator  43.98 
 
 		 202 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2838  hypothetical protein  58.48 
 
 		 186 aa  172  3.9999999999999995e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209272 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2686  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 202 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0616794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0144  TetR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 202 aa  170  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3254  TetR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 199 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1250  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 202 aa  171  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3835  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 202 aa  169  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3852  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 202 aa  169  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1920  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 202 aa  169  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1674  TetR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 201 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.997457 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2878  TetR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 202 aa  157  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1046  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 201 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1325  transcriptional regulator, TetR family  38.32 
 
 		 203 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.161657  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1059  TetR family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 212 aa  153  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.659814 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3094  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 212 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1240  TetR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 201 aa  151  8e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1307  transcriptional regulator, TetR family  38.22 
 
 		 202 aa  149  5e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1915  transcriptional regulator, TetR family  38.99 
 
 		 200 aa  148  8e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1283  transcriptional regulator, TetR family  37.96 
 
 		 199 aa  148  9e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1926  transcriptional regulator, TetR family  38.99 
 
 		 202 aa  145  6e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.930045  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1022  transcriptional regulator, TetR family  39.38 
 
 		 202 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1362  TetR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 139 aa  124  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3466  TetR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 200 aa  99.8  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0196  transcriptional regulator, TetR family  27.6 
 
 		 200 aa  94.7  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2314  transcriptional regulator, TetR family  28.71 
 
 		 213 aa  86.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.251224 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2178  TetR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 181 aa  83.2  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000638624  hitchhiker  0.00000363527 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0301  transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 		 199 aa  80.9  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0864199  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0520  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 197 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.711752  normal  0.521102 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3410  TetR family transcriptional regulator  22.57 
 
 		 196 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000655293  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1909  transcriptional regulator, TetR family  22.27 
 
 		 197 aa  74.3  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0832  transcriptional regulator, TetR family  23.94 
 
 		 196 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0223  transcriptional regulator, TetR family  20.55 
 
 		 195 aa  68.2  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000853805  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0951  TetR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 196 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3709  TetR family transcriptional regulator  21.74 
 
 		 205 aa  66.6  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3302  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.696216 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1045  transcriptional regulator, TetR family  26.02 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00830488  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1903  TetR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 197 aa  59.7  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000201758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4600  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0411306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3299  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 307 aa  56.6  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4222  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.42669  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4288  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.458199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0353  transcriptional regulator, TetR family  35.8 
 
 		 191 aa  55.8  0.0000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000439096  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 195 aa  54.3  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02185  transcriptional regulator  22.44 
 
 		 196 aa  53.5  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.69519  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1012  hypothetical protein  29.46 
 
 		 194 aa  53.5  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0141  nucleoid occlusion protein  24.73 
 
 		 219 aa  52.8  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.102052  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 215 aa  52.4  0.000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 215 aa  52.4  0.000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  23.59 
 
 		 218 aa  52.4  0.000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5257  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 215 aa  52.4  0.000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2593  nucleoid occlusion protein  21.32 
 
 		 210 aa  52.4  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000323733  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3674  nucleoid occlusion protein  23.38 
 
 		 199 aa  51.6  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00408157  normal  0.151909 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 310 aa  50.8  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0181  nucleoid occlusion protein  21.32 
 
 		 198 aa  50.8  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001824  transcriptional regulator  21.43 
 
 		 196 aa  50.8  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000410739  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0828  transcriptional regulator, TetR family  38.67 
 
 		 275 aa  50.4  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3742  transcriptional regulator, TetR family  27.63 
 
 		 192 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00047  nucleoid occlusion protein  20.45 
 
 		 195 aa  50.8  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0665  TetR family transcriptional regulator  21.65 
 
 		 195 aa  50.4  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3687  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  21.26 
 
 		 220 aa  50.1  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0386851 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4369  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 204 aa  50.1  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.645452 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3291  TetR family transcriptional regulator  22.07 
 
 		 195 aa  50.1  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1290  AcrR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 199 aa  50.1  0.00003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3703  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  20.45 
 
 		 215 aa  50.1  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83778 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  25.69 
 
 		 221 aa  49.7  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  22.4 
 
 		 211 aa  49.3  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2389  nucleoid occlusion protein  23.68 
 
 		 204 aa  48.9  0.00006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.102395  normal  0.522775 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00651  nucleoid occlusion protein  20.41 
 
 		 196 aa  48.9  0.00006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1731  transcriptional regulator, TetR family  28.03 
 
 		 196 aa  48.9  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0465827  normal  0.0150851 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5494  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 141 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.769028  normal  0.39499 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0142  nucleoid occlusion protein  22.6 
 
 		 216 aa  48.5  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0182  nucleoid occlusion protein  23.35 
 
 		 220 aa  48.5  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.847466  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0740  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 205 aa  48.5  0.00009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.891023  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3502  nucleoid occlusion protein  35.06 
 
 		 195 aa  48.5  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.284468  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3750  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  20.77 
 
 		 220 aa  48.5  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.833551 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1986  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 218 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0191052  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 197 aa  48.1  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3580  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  20.77 
 
 		 220 aa  48.5  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.344721  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0599  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 200 aa  47.8  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000153581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  20.77 
 
 		 220 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3722  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 202 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.869277  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0399  nucleoid occlusion protein  21.64 
 
 		 197 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0627309  hitchhiker  0.000000000130483 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3734  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 202 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0165853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0385  nucleoid occlusion protein  21.64 
 
 		 197 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000224895  hitchhiker  0.00861349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3773  nucleoid occlusion protein  20.47 
 
 		 197 aa  48.1  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.461125 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0374  nucleoid occlusion protein  21.64 
 
 		 197 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000212742  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3653  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  20.77 
 
 		 220 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.451581 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3795  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 202 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796114  normal  0.124585 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0373  nucleoid occlusion protein  21.64 
 
 		 197 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0485263  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4533  transcriptional regulator, TetR family  21.54 
 
 		 198 aa  48.1  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0169871 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2366  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 217 aa  47.8  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.711286  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3543  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 223 aa  47.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0364286 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1283  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 194 aa  47.4  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000248972  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2543  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 217 aa  47.8  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1117  nucleoid occlusion protein  21.02 
 
 		 200 aa  47  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.862438  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2484  nucleoid occlusion protein  23.63 
 
 		 220 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.11022  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>