More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0407 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 246 aa  508  1e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.904753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.68 
 
 		 243 aa  228  5e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320432  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 		 233 aa  198  5e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.324723  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.89 
 
 		 242 aa  197  9e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.47 
 
 		 242 aa  195  5.000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0466  C factor cell-cell signaling protein  41 
 
 		 235 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0523  C factor cell-cell signaling protein  40.42 
 
 		 235 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03636  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  43.8 
 
 		 241 aa  187  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.246288  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45 
 
 		 237 aa  187  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.175261  normal  0.299031 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0457  C factor cell-cell signaling protein  40.59 
 
 		 235 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0440  C factor cell-cell signaling protein  40.83 
 
 		 235 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3873  C factor cell-cell signaling protein  40.59 
 
 		 235 aa  185  5e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000794  cell-cell signaling protein C-factor  39.75 
 
 		 235 aa  181  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3527  C factor cell-cell signaling protein  38.75 
 
 		 236 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0428  C factor cell-cell signaling protein  38.33 
 
 		 236 aa  178  7e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3705  C factor cell-cell signaling protein  39.17 
 
 		 236 aa  177  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4170  C factor cell-cell signaling protein  38.49 
 
 		 236 aa  176  4e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.5 
 
 		 241 aa  175  5e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.210939  normal  0.103918 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06691  C factor cell-cell signaling protein  39.21 
 
 		 235 aa  170  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 		 256 aa  170  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00155018 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3970  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000119913  decreased coverage  0.00103281 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 		 258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.22 
 
 		 247 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.677675  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.79 
 
 		 233 aa  162  7e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2584  short chain dehydrogenase  39.61 
 
 		 254 aa  161  8.000000000000001e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.567266 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2727  C-factor, putative  38.67 
 
 		 256 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 		 256 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3424  hypothetical protein  43.1 
 
 		 264 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 		 248 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1118  C factor cell-cell signaling protein  45.09 
 
 		 259 aa  155  7e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.43 
 
 		 229 aa  155  8e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.39 
 
 		 217 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325387 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3708  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.1 
 
 		 217 aa  153  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.325747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1301  C factor cell-cell signaling protein  43.17 
 
 		 263 aa  152  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0083  C factor  39.04 
 
 		 232 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7188  putative glucose/ribitol dehydrogenase  45.66 
 
 		 254 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_12043  predicted protein  36.5 
 
 		 260 aa  149  3e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4061  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.65 
 
 		 253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.185996  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0516  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.8 
 
 		 244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.567639  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1351  CsgA C-factor signaling protein  44.44 
 
 		 242 aa  144  1e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.430394 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 		 234 aa  144  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0667  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  39.17 
 
 		 256 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2109  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  35.04 
 
 		 252 aa  143  3e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.334946  normal  0.249661 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0074  C factor cell-cell signaling protein  35.41 
 
 		 253 aa  143  3e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1495  hypothetical protein  32.79 
 
 		 235 aa  143  3e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0535918  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0120  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.42 
 
 		 256 aa  142  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.65432 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40154  predicted protein  35.09 
 
 		 282 aa  140  9.999999999999999e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.529098  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3165  hypothetical protein  33.1 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04331  putative short chain dehydrogenase  39.9 
 
 		 234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04641  putative short chain dehydrogenase  39.06 
 
 		 234 aa  139  3e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.139782  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1127  CsgA C-factor signaling protein  36.36 
 
 		 242 aa  139  6e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.596754  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1411  C factor cell-cell signaling protein  38 
 
 		 235 aa  138  8.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10851  hypothetical protein  36.36 
 
 		 239 aa  138  8.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.77001  hitchhiker  0.00492189 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04751  putative short chain dehydrogenase  39.27 
 
 		 234 aa  137  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0395  putative short chain dehydrogenase  36.36 
 
 		 239 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.518242  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3642  CsgA, Rossman fold oxidoreductase  37.19 
 
 		 219 aa  137  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14536 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0409  putative short chain dehydrogenase  38.95 
 
 		 234 aa  136  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.547798  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 		 221 aa  134  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1370  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.21 
 
 		 244 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2496  C factor cell-cell signaling protein  40.62 
 
 		 238 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 		 244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.543229  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4369  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 		 251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.949414 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 		 236 aa  122  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.329508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0930  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  37.06 
 
 		 241 aa  122  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.53 
 
 		 231 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.94 
 
 		 233 aa  96.3  5e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  29.22 
 
 		 229 aa  95.9  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.8 
 
 		 233 aa  90.9  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.39 
 
 		 232 aa  90.1  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 		 231 aa  89  7e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.927324 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05700  conserved hypothetical protein  35.39 
 
 		 199 aa  88.6  9e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.328433 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.22 
 
 		 231 aa  87  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC01180  Rossman fold oxidoreductase, putative  26.95 
 
 		 290 aa  85.1  0.000000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.05 
 
 		 223 aa  84.3  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  27.6 
 
 		 247 aa  82.4  0.000000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.8 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  29.15 
 
 		 193 aa  78.6  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14521  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  29.95 
 
 		 221 aa  77.8  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861762 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.19 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  25.6 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  25.73 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  23.17 
 
 		 221 aa  74.3  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.84 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0722078 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  25.6 
 
 		 232 aa  73.6  0.000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 		 228 aa  72.8  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.176111  normal  0.198058 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.3 
 
 		 223 aa  71.6  0.000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.85459  normal  0.0309227 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  25.7 
 
 		 221 aa  71.2  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0139  short chain dehydrogenase  28.63 
 
 		 226 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1469  short-chain dehydrogenase/reductase  25.79 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 		 228 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122274  normal  0.0405726 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00775431  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0133  short chain dehydrogenase  29.03 
 
 		 237 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07591  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  27.96 
 
 		 221 aa  68.9  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.122507 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.22 
 
 		 221 aa  68.6  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.424112  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.35 
 
 		 233 aa  68.6  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  29.58 
 
 		 219 aa  68.2  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1598  putative oxidoreductase protein  28.57 
 
 		 229 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.299801  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2459  csgA protein  24.18 
 
 		 231 aa  67  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.54228  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25 
 
 		 231 aa  67.4  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.85 
 
 		 235 aa  67  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>