More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4061 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4061  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  100 
 
 		 253 aa  527  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.185996  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03636  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  48.18 
 
 		 241 aa  226  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.246288  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2109  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  46.51 
 
 		 252 aa  211  5.999999999999999e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.334946  normal  0.249661 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0930  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  43.55 
 
 		 241 aa  204  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0516  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.55 
 
 		 244 aa  199  3.9999999999999996e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.567639  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1370  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47 
 
 		 244 aa  186  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3165  hypothetical protein  43.48 
 
 		 294 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3970  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 		 256 aa  179  4.999999999999999e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000119913  decreased coverage  0.00103281 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 		 256 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00155018 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 		 233 aa  170  2e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.324723  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 		 258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3527  C factor cell-cell signaling protein  37.45 
 
 		 236 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0428  C factor cell-cell signaling protein  37.85 
 
 		 236 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2584  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 		 254 aa  160  2e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.567266 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0523  C factor cell-cell signaling protein  35.77 
 
 		 235 aa  157  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 		 242 aa  152  5e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 		 242 aa  151  8e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4170  C factor cell-cell signaling protein  36.95 
 
 		 236 aa  151  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 		 243 aa  150  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320432  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 		 237 aa  150  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.175261  normal  0.299031 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3873  C factor cell-cell signaling protein  35.37 
 
 		 235 aa  149  4e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2727  C-factor, putative  41.9 
 
 		 256 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0457  C factor cell-cell signaling protein  34.82 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3705  C factor cell-cell signaling protein  35.48 
 
 		 236 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 		 246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.904753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0074  C factor cell-cell signaling protein  34.75 
 
 		 253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 		 256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0466  C factor cell-cell signaling protein  34.82 
 
 		 235 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0440  C factor cell-cell signaling protein  34.82 
 
 		 235 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 		 244 aa  143  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.543229  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1127  CsgA C-factor signaling protein  36.69 
 
 		 242 aa  140  9.999999999999999e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.596754  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 		 248 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 		 231 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1351  CsgA C-factor signaling protein  39.5 
 
 		 242 aa  138  8.999999999999999e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.430394 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06691  C factor cell-cell signaling protein  40 
 
 		 235 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4369  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 		 251 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.949414 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0083  C factor  37.3 
 
 		 232 aa  136  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1411  C factor cell-cell signaling protein  41.33 
 
 		 235 aa  135  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 		 236 aa  135  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.329508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000794  cell-cell signaling protein C-factor  33.73 
 
 		 235 aa  135  9e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0395  putative short chain dehydrogenase  36.69 
 
 		 239 aa  134  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.518242  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10851  hypothetical protein  36.69 
 
 		 239 aa  134  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.77001  hitchhiker  0.00492189 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1301  C factor cell-cell signaling protein  38.12 
 
 		 263 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04331  putative short chain dehydrogenase  35.08 
 
 		 234 aa  133  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1118  C factor cell-cell signaling protein  38.12 
 
 		 259 aa  132  5e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04641  putative short chain dehydrogenase  34.68 
 
 		 234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.139782  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0409  putative short chain dehydrogenase  33.87 
 
 		 234 aa  129  5.0000000000000004e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.547798  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0120  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 256 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.65432 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 		 241 aa  128  8.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.210939  normal  0.103918 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 		 247 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.677675  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1495  hypothetical protein  33.99 
 
 		 235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0535918  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.88 
 
 		 229 aa  128  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 		 233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0667  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  37.21 
 
 		 256 aa  125  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04751  putative short chain dehydrogenase  34.27 
 
 		 234 aa  125  5e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40154  predicted protein  30.71 
 
 		 282 aa  125  5e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.529098  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3708  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 		 217 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.325747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7188  putative glucose/ribitol dehydrogenase  39.66 
 
 		 254 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2496  C factor cell-cell signaling protein  38.54 
 
 		 238 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 221 aa  123  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 		 217 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325387 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3424  hypothetical protein  34.68 
 
 		 264 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.56 
 
 		 234 aa  117  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3642  CsgA, Rossman fold oxidoreductase  33.47 
 
 		 219 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14536 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_12043  predicted protein  29.21 
 
 		 260 aa  109  5e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC01180  Rossman fold oxidoreductase, putative  26.85 
 
 		 290 aa  91.3  1e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.9 
 
 		 231 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0975  short-chain dehydrogenase/reductase  30 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.264766  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.64 
 
 		 227 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.2 
 
 		 221 aa  78.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.424112  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.24 
 
 		 223 aa  78.6  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3129  short chain dehydrogenase  29.25 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3270  short chain dehydrogenase  28.85 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  25.2 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05700  conserved hypothetical protein  31.07 
 
 		 199 aa  75.5  0.0000000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.328433 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3390  short chain dehydrogenase  28.85 
 
 		 226 aa  75.1  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.47762 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  24.29 
 
 		 221 aa  74.7  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  24.29 
 
 		 221 aa  75.1  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01860  Short chain dehydrogenase family protein  23.79 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203928  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.25 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.7 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.85459  normal  0.0309227 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  24.29 
 
 		 221 aa  71.6  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.9 
 
 		 223 aa  71.6  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.69 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  25.81 
 
 		 247 aa  70.5  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.88 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2977  short chain dehydrogenase  28.69 
 
 		 225 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2840  short chain dehydrogenase  28.69 
 
 		 225 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.703441  normal  0.858614 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.4 
 
 		 232 aa  68.9  0.00000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.94 
 
 		 232 aa  68.6  0.00000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  26.4 
 
 		 219 aa  68.6  0.00000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14521  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  26.95 
 
 		 221 aa  68.6  0.00000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861762 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6271  short chain dehydrogenase  28.85 
 
 		 225 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  29.63 
 
 		 229 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1087  short-chain dehydrogenase/reductase  28.51 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.236682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01071  Short-chain dehydrogenases of various substrate specificities  26.42 
 
 		 221 aa  67  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.315767  normal  0.657338 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1408  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  26.42 
 
 		 224 aa  67  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.417919  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.71 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0232972  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35363  predicted protein  31.37 
 
 		 253 aa  66.6  0.0000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.267844  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.29 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.909495 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>