More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3527 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3527  C factor cell-cell signaling protein  100 
 
 		 236 aa  494  1e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0428  C factor cell-cell signaling protein  96.19 
 
 		 236 aa  475  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3705  C factor cell-cell signaling protein  92.8 
 
 		 236 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4170  C factor cell-cell signaling protein  88.98 
 
 		 236 aa  443  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0523  C factor cell-cell signaling protein  76.69 
 
 		 235 aa  394  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3873  C factor cell-cell signaling protein  74.58 
 
 		 235 aa  384  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0466  C factor cell-cell signaling protein  74.15 
 
 		 235 aa  381  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0457  C factor cell-cell signaling protein  75 
 
 		 235 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0440  C factor cell-cell signaling protein  74.15 
 
 		 235 aa  380  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000794  cell-cell signaling protein C-factor  61.86 
 
 		 235 aa  316  2e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06691  C factor cell-cell signaling protein  60.36 
 
 		 235 aa  293  2e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1411  C factor cell-cell signaling protein  60.81 
 
 		 235 aa  279  3e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2496  C factor cell-cell signaling protein  62.61 
 
 		 238 aa  268  5e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1495  hypothetical protein  51.05 
 
 		 235 aa  250  2e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0535918  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0074  C factor cell-cell signaling protein  47.95 
 
 		 253 aa  244  9e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1301  C factor cell-cell signaling protein  49.31 
 
 		 263 aa  219  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1118  C factor cell-cell signaling protein  48.85 
 
 		 259 aa  218  5e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 		 256 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00155018 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.57 
 
 		 233 aa  205  5e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.324723  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3970  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 		 256 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000119913  decreased coverage  0.00103281 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1127  CsgA C-factor signaling protein  41.6 
 
 		 242 aa  185  4e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.596754  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.76 
 
 		 243 aa  183  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320432  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1351  CsgA C-factor signaling protein  40.83 
 
 		 242 aa  181  9.000000000000001e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.430394 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.75 
 
 		 246 aa  181  1e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.904753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10851  hypothetical protein  41 
 
 		 239 aa  180  2e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.77001  hitchhiker  0.00492189 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0395  putative short chain dehydrogenase  40.59 
 
 		 239 aa  179  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.518242  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04331  putative short chain dehydrogenase  39.91 
 
 		 234 aa  177  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04641  putative short chain dehydrogenase  39.48 
 
 		 234 aa  175  4e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.139782  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0409  putative short chain dehydrogenase  39.48 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.547798  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2584  short chain dehydrogenase  46.78 
 
 		 254 aa  174  9.999999999999999e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.567266 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04751  putative short chain dehydrogenase  39.08 
 
 		 234 aa  173  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0516  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.47 
 
 		 244 aa  167  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.567639  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1370  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.92 
 
 		 244 aa  167  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2727  C-factor, putative  40.08 
 
 		 256 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4061  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.45 
 
 		 253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.185996  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 		 256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 		 244 aa  161  6e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.543229  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03636  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  36.25 
 
 		 241 aa  161  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.246288  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 		 258 aa  157  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4369  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 		 251 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.949414 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 242 aa  156  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 		 237 aa  154  9e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.175261  normal  0.299031 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0083  C factor  37.13 
 
 		 232 aa  154  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 		 242 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.79 
 
 		 241 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.210939  normal  0.103918 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3165  hypothetical protein  34.04 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0930  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  43.21 
 
 		 241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 		 233 aa  146  3e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2109  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  35.37 
 
 		 252 aa  145  7.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.334946  normal  0.249661 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.63 
 
 		 236 aa  143  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.329508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.42 
 
 		 247 aa  142  4e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.677675  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3424  hypothetical protein  36.71 
 
 		 264 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3708  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 		 217 aa  141  9e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.325747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0120  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 		 256 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.65432 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 		 217 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325387 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40154  predicted protein  35.57 
 
 		 282 aa  137  1e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.529098  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 		 231 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.87 
 
 		 221 aa  135  4e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.19 
 
 		 234 aa  135  5e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0667  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  42.86 
 
 		 256 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_12043  predicted protein  37.37 
 
 		 260 aa  132  5e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3642  CsgA, Rossman fold oxidoreductase  32.91 
 
 		 219 aa  130  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14536 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7188  putative glucose/ribitol dehydrogenase  36.23 
 
 		 254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623309  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  31.25 
 
 		 229 aa  107  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.71 
 
 		 232 aa  103  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 		 233 aa  99.4  5e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.51 
 
 		 231 aa  99.4  5e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 		 232 aa  99  6e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 		 223 aa  94.7  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  28.75 
 
 		 247 aa  93.6  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 		 231 aa  93.2  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 227 aa  89.7  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  30.51 
 
 		 221 aa  89  6e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 		 231 aa  89  6e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 		 231 aa  88.6  8e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.38 
 
 		 223 aa  88.2  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  26.47 
 
 		 219 aa  87.4  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  29.95 
 
 		 231 aa  87.4  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1469  short-chain dehydrogenase/reductase  25.71 
 
 		 234 aa  84.7  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  29.49 
 
 		 221 aa  84.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  29.91 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05700  conserved hypothetical protein  32.61 
 
 		 199 aa  82.4  0.000000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.328433 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  33.57 
 
 		 193 aa  81.6  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  25.3 
 
 		 232 aa  79.7  0.00000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2459  csgA protein  27.69 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.54228  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08791  short-chain dehydrogenase/reductase  29.36 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  26.27 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01071  Short-chain dehydrogenases of various substrate specificities  28.94 
 
 		 221 aa  78.6  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.315767  normal  0.657338 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  24.9 
 
 		 232 aa  78.6  0.00000000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1408  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  28.94 
 
 		 224 aa  78.6  0.00000000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.417919  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02553  hypothetical protein  28.57 
 
 		 244 aa  76.6  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.81 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.909495 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0133  short chain dehydrogenase  28.99 
 
 		 237 aa  75.1  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2840  short chain dehydrogenase  30.29 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.703441  normal  0.858614 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4256  short chain dehydrogenase  31.95 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.55035  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.81 
 
 		 221 aa  73.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.424112  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2943  short chain dehydrogenase  30.29 
 
 		 225 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.885555 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2928  short chain dehydrogenase  30.29 
 
 		 225 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>