More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0428 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0428  C factor cell-cell signaling protein  100 
 
 		 236 aa  494  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3527  C factor cell-cell signaling protein  96.19 
 
 		 236 aa  475  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3705  C factor cell-cell signaling protein  91.95 
 
 		 236 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4170  C factor cell-cell signaling protein  88.14 
 
 		 236 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0523  C factor cell-cell signaling protein  76.27 
 
 		 235 aa  392  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0466  C factor cell-cell signaling protein  73.73 
 
 		 235 aa  377  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0457  C factor cell-cell signaling protein  74.58 
 
 		 235 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3873  C factor cell-cell signaling protein  74.15 
 
 		 235 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0440  C factor cell-cell signaling protein  73.73 
 
 		 235 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000794  cell-cell signaling protein C-factor  61.44 
 
 		 235 aa  313  1.9999999999999998e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06691  C factor cell-cell signaling protein  59.91 
 
 		 235 aa  290  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1411  C factor cell-cell signaling protein  59.01 
 
 		 235 aa  273  1.0000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2496  C factor cell-cell signaling protein  62.61 
 
 		 238 aa  268  5e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1495  hypothetical protein  51.05 
 
 		 235 aa  251  9.000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0535918  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0074  C factor cell-cell signaling protein  45.9 
 
 		 253 aa  234  7e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1301  C factor cell-cell signaling protein  47 
 
 		 263 aa  208  5e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1118  C factor cell-cell signaling protein  47 
 
 		 259 aa  207  1e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 		 256 aa  198  6e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00155018 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3970  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 		 256 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000119913  decreased coverage  0.00103281 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.88 
 
 		 233 aa  194  7e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.324723  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10851  hypothetical protein  41 
 
 		 239 aa  182  3e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.77001  hitchhiker  0.00492189 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1351  CsgA C-factor signaling protein  42.06 
 
 		 242 aa  182  3e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.430394 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0395  putative short chain dehydrogenase  40.59 
 
 		 239 aa  182  5.0000000000000004e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.518242  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1127  CsgA C-factor signaling protein  41.88 
 
 		 242 aa  181  1e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.596754  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 		 246 aa  178  5.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.904753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04331  putative short chain dehydrogenase  39.91 
 
 		 234 aa  177  9e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 243 aa  175  6e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320432  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04641  putative short chain dehydrogenase  39.06 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.139782  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0409  putative short chain dehydrogenase  39.06 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.547798  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2584  short chain dehydrogenase  46.78 
 
 		 254 aa  172  2.9999999999999996e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.567266 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04751  putative short chain dehydrogenase  39.48 
 
 		 234 aa  172  3.9999999999999995e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 		 248 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1370  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.08 
 
 		 244 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2727  C-factor, putative  39.29 
 
 		 256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4369  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.42 
 
 		 251 aa  161  7e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.949414 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03636  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  36.67 
 
 		 241 aa  161  7e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.246288  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 		 256 aa  161  7e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4061  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.85 
 
 		 253 aa  161  7e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.185996  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 		 244 aa  157  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.543229  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0516  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.86 
 
 		 244 aa  155  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.567639  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 		 258 aa  154  8e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 		 242 aa  154  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2109  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  36.55 
 
 		 252 aa  152  5e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.334946  normal  0.249661 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.17 
 
 		 242 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.45 
 
 		 241 aa  150  1e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.210939  normal  0.103918 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0083  C factor  37.55 
 
 		 232 aa  149  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 		 237 aa  149  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.175261  normal  0.299031 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3165  hypothetical protein  33.33 
 
 		 294 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0120  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 		 256 aa  145  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.65432 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3708  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.71 
 
 		 217 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.325747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3424  hypothetical protein  37.13 
 
 		 264 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 		 233 aa  144  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0930  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  41.98 
 
 		 241 aa  142  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 		 217 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325387 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.13 
 
 		 231 aa  141  7e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 		 247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.677675  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.63 
 
 		 236 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.329508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.62 
 
 		 234 aa  138  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0667  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  43.41 
 
 		 256 aa  137  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40154  predicted protein  34.54 
 
 		 282 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.529098  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_12043  predicted protein  35.68 
 
 		 260 aa  125  4.0000000000000003e-28  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3642  CsgA, Rossman fold oxidoreductase  33.19 
 
 		 219 aa  125  7e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14536 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.97 
 
 		 229 aa  120  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7188  putative glucose/ribitol dehydrogenase  36.23 
 
 		 254 aa  115  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623309  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  31.25 
 
 		 229 aa  106  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 		 232 aa  98.6  8e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.51 
 
 		 231 aa  95.5  7e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 		 232 aa  94.4  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.47 
 
 		 233 aa  94.4  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 		 231 aa  89  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  30.51 
 
 		 221 aa  88.6  8e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 231 aa  87  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  26.89 
 
 		 219 aa  87.4  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.96 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  27.5 
 
 		 247 aa  86.3  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  29.95 
 
 		 231 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  29.49 
 
 		 221 aa  84.3  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1469  short-chain dehydrogenase/reductase  25.31 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  29.49 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.05 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2459  csgA protein  28.93 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.54228  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  33.57 
 
 		 193 aa  80.1  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08791  short-chain dehydrogenase/reductase  29.36 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1408  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  28.39 
 
 		 224 aa  79.3  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.417919  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.95 
 
 		 227 aa  79  0.00000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01071  Short-chain dehydrogenases of various substrate specificities  28.39 
 
 		 221 aa  79  0.00000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.315767  normal  0.657338 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  25.3 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  24.9 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05700  conserved hypothetical protein  33.13 
 
 		 199 aa  75.9  0.0000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.328433 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  26.27 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.97 
 
 		 235 aa  73.9  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 		 231 aa  73.6  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.909495 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0133  short chain dehydrogenase  29.29 
 
 		 237 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0975  short-chain dehydrogenase/reductase  33.14 
 
 		 221 aa  72.4  0.000000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.264766  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.38 
 
 		 221 aa  71.6  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.424112  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0125  short chain dehydrogenase  29.05 
 
 		 237 aa  70.9  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.330397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01860  Short chain dehydrogenase family protein  24.58 
 
 		 219 aa  70.1  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203928  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1087  short-chain dehydrogenase/reductase  36.36 
 
 		 221 aa  69.3  0.00000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.236682  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>